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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2qli | ||||||
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タイトル | mPlum E16Q mutant | ||||||
要素 | Fluorescent protein plum | ||||||
キーワード | FLUORESCENT PROTEIN / far-red fluorescent protein / acylimine | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Discosoma sp. LW-2004 (イソギンチャク) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO / 解像度: 1.34 Å | ||||||
データ登録者 | Shu, X. / Remington, S.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Structural Studies of Far-Red Emission in mPlum, a Monomeric Red Fluorescent Protein 著者: Shu, X. / Wang, L. / Colip, L. / Kallio, K. / Remington, S.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2qli.cif.gz | 205.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2qli.ent.gz | 164.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2qli.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2qli_validation.pdf.gz | 443.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2qli_full_validation.pdf.gz | 451.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2qli_validation.xml.gz | 24.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2qli_validation.cif.gz | 35.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ql/2qli ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ql/2qli | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25603.928 Da / 分子数: 2 / 変異: E17Q / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Discosoma sp. LW-2004 (イソギンチャク) プラスミド: pBAD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10 / 参照: UniProt: Q5S3G7 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.77 % |
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結晶化 | pH: 8.5 / 詳細: 200mM NaCl, 100mM Tris pH8.5, 30% PEG 3400 |
-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å |
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放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.34→50 Å / Num. obs: 95462 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: AB INITIO 開始モデル: PDB entry 1G7K 解像度: 1.34→10 Å / Num. parameters: 35589 / Num. restraintsaints: 43309 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER 詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF) BY ?
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Refine analyze | Num. disordered residues: 4 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 3935 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.34→10 Å
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拘束条件 |
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