PDB-2qlh: mPlum I65L mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2qlh

タイトル

mPlum I65L mutant

要素

Fluorescent protein plum

キーワード

FLUORESCENT PROTEIN / far-red fluorescent protein / acylimine

機能・相同性

機能・相同性情報

bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy
類似検索 - 分子機能

生物種

Discosoma sp. LW-2004 (イソギンチャク)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Shu, X. / Remington, S.J.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural Studies of Far-Red Emission in mPlum, a Monomeric Red Fluorescent Protein
著者: Shu, X. / Wang, L. / Colip, L. / Kallio, K. / Remington, S.J.

履歴

登録	2007年7月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年7月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.4	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2qlh.cif.gz	107.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2qlh.ent.gz	82.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2qlh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2qlh_validation.pdf.gz	452.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2qlh_full_validation.pdf.gz	464.1 KB	表示
XML形式データ	2qlh_validation.xml.gz	25.3 KB	表示
CIF形式データ	2qlh_validation.cif.gz	36.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ql/2qlh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ql/2qlh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2qlgC 2qliC 1g7kS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4kf4-2 5oq9-d 5hzt-10 3ir8-1 6myc-3 2hxz-3 2qlg-1 2vad-d 5hzs-6 5hzt-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (4) #42 - 2003年6月緑色蛍光タンパク質 (Green Fluorescent Protein) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Fluorescent protein plum

B: Fluorescent protein plum

51.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Fluorescent protein plum

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Fluorescent protein plum

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.164, 77.419, 96.328
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Fluorescent protein plum 分子量: 25604.912 Da / 分子数: 2 / 変異: I66L / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Discosoma sp. LW-2004 (イソギンチャク) プラスミド: pBAD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10 / 参照: UniProt: Q5S3G7
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 471 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.76 %
結晶化	pH: 8.5 / 詳細: 200mM NaCl, 100mM Tris pH8.5, 30% PEG 3400

-
データ収集

放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54 Å
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→10 Å / Num. obs: 36504

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
HKL-2000	データ収集
TNT	精密化
HKL-2000	データ削減
HKL-2000	データスケーリング
TNT	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1G7K

1g7k

解像度: 1.9→10 Å

	R_factor	反射数
R_free	0.279	-
R_work	0.182	-
all	0.182	-
obs	0.182	36504

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→10 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3459	0	0	472	3931

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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