PDB-2ql0: Zinc-substituted Rubredoxin from Desulfovibrio Vulgaris

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ql0

タイトル

Zinc-substituted Rubredoxin from Desulfovibrio Vulgaris

要素

Rubredoxin

キーワード

ELECTRON TRANSPORT / [Fe-4S] / Iron / Metal-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

alkane catabolic process / electron transfer activity / iron ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Desulfovibrio vulgaris (バクテリア)

手法

溶液NMR / Automated methods along with torsion angle dynamics were used for backbone chemical shift assignment, iterative noe refinement.

データ登録者

Goodfellow, B.J. / Nunes, S.G. / Volkman, B.F. / Moura, J.G. / Macedo, A.L. / Duarte, I.C. / Markley, J.L. / Moura, I.

引用

ジャーナル: To be published
著者: Goodfellow, B.J. / Nunes, S.G. / Volkman, B.F. / Moura, J.J.G. / Macedo, A.L. / Duarte, I.C. / Markley, J.L. / Moura, I.

履歴

登録	2007年7月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年7月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2022年3月16日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ql0.cif.gz	337.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ql0.ent.gz	282 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ql0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ql/2ql0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ql/2ql0	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2kkd 8rxn
類似構造データ	1hqj-4 2fdn-d 2rdv-2 1hqj-2 1rdg-d 8rxn-d 2k9h-d 1e8j-d 1yk5-3 1rb9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Rubredoxin

ヘテロ分子

5.64 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	target function
代表モデル	モデル #1	closest to the average

#1: タンパク質	Rubredoxin / Rd 分子量: 5578.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Desulfovibrio vulgaris (バクテリア) 株: strain hildenborough / ATCC 29579 / NCIMB 8303 / 遺伝子: rub / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00269
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 15N-separated NOESY
1	2	2	2D NOESY
1	3	2	2D TOCSY
1	4	1	15N-1H HSQC
1	5	1	3D 15N-separated TOCSY

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	2mM Zn-Rubredoxin U-15N; 50mM phosphate buffer	95% H2O/5% D2O
2	2mM Zn-Rubredoxin unlabeled; 50mM phosphate buffer	95% H2O/5% D2O

試料状態

pH: 7.2 / 圧: ambient / 温度: 296 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CYANA	2	G ntert P.	構造決定
NMRPipe	2004	Delagio,F. et al.	解析
XwinNMR	3.5	Bruker	collection
Sparky	3.112	T.D. Goddard, D.G. Kneller	データ解析
CYANA	2	G ntert P.	精密化

精密化

手法: Automated methods along with torsion angle dynamics were used for backbone chemical shift assignment, iterative noe refinement.
ソフトェア番号: 1
詳細: A final total of 581 distance constraints were used (intra 122; short 147; med 121; long 203).

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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