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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2qjw | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF A PUTATIVE HYDROLASE OF THE ALPHA/BETA SUPERFAMILY (XCC1541) FROM XANTHOMONAS CAMPESTRIS PV. CAMPESTRIS AT 1.35 A RESOLUTION | ||||||
![]() | Uncharacterized protein XCC1541 | ||||||
![]() | HYDROLASE / PUTATIVE HYDROLASE OF THE ALPHA/BETA SUPERFAMILY / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-2 | ||||||
機能・相同性 | Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / L(+)-TARTARIC ACID / Uncharacterized protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of uncharacterized protein XCC1541 (NP_636912.1) from Xanthomonas campestris at 1.35 A resolution 著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
履歴 |
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Remark 300 | BIOMOLECULE: 1, 2 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF FOUR ... BIOMOLECULE: 1, 2 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF FOUR CHAIN(S). SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE(S). SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY WITH STATIC LIGHT SCATTERING SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A DIMER AS A SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE. | ||||||
Remark 999 | SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ... SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 162 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 130.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 703.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 711.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 36.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 54 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg label comp-ID: ARG / End label comp-ID: LEU / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 3 - 175 / Label seq-ID: 4 - 176
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詳細 | SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY WITH STATIC LIGHT SCATTERING SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A DIMER AS A SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE. |
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要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 18935.289 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 生物種: Xanthomonas campestris / 株: NCPPB 528, LMG 568 / 遺伝子: NP_636912.1, XCC1541 / プラスミド: speedET / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 781分子 ![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/TLA.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/P6G.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/TLA.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/P6G.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-CL / #3: 化合物 | ChemComp-TLA / | #4: 化合物 | ChemComp-PEG / #5: 化合物 | ChemComp-P6G / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.51 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: NANODROP, 0.264M Di-ammonium tartrate, 15.8% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月3日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent (horizontal focusing) プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.35→29.775 Å / Num. obs: 140150 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 19.984 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 10.76 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 TO ACCOUNT FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 3. CHLORIDE IONS, TARTRATE ION AND THE FRAGMENTS OF POLYETHYLENE GLYCOL 400 MOLECULE WITH DIFFERENT MOLECULAR WEIGHT WERE MODELED IN THIS STRUCTURE. 4. RESIDUES 71 TO 75 IN SUBUNIT D ARE DISORDERED AND NOT MODELED IN THE STRUCTURE. 5. UNEXPLAINED ELECTRON DENSITY NEAR RESIDUES A147 AND D147 ARE NOT MODELED. THEY ARE SUGGESTED AS NITROBENZENE (NBZ).
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 12.979 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.35→29.775 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.35→1.384 Å / Total num. of bins used: 20
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