PDB-2qj8: Crystal structure of an aspartoacylase family protein (mlr6093) f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2qj8

タイトル

Crystal structure of an aspartoacylase family protein (mlr6093) from mesorhizobium loti maff303099 at 2.00 A resolution

要素

Mlr6093 protein

キーワード

HYDROLASE / Structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amides / hydrolase activity, acting on ester bonds / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mesorhizobium loti (根粒菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of uncharacterized protein mlr6093 (NP_106651.1) from Mesorhizobium loti at 2.00 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2007年7月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年7月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.4	2019年7月24日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: software / struct_conn Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.5	2023年1月25日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.6	2024年10月30日	Group: Data collection / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

Remark 300

BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAINS ...

Remark 999

SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2qj8.cif.gz	136.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2qj8.ent.gz	106.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2qj8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2qj8_validation.pdf.gz	443.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2qj8_full_validation.pdf.gz	450 KB	表示
XML形式データ	2qj8_validation.xml.gz	25.8 KB	表示
CIF形式データ	2qj8_validation.cif.gz	37.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qj/2qj8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qj/2qj8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3h3p-d 4rwf-d 4f9j-2 6jw7-d 4f9d-1 4f9d-2 6l96-d 4f9j-1 2isd-1 6x6h-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 375129

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Mlr6093 protein

B: Mlr6093 protein

72.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.054, 86.140, 94.632
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / Refine code: 4

Dom-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	ARG	ARG	A	A	2 - 331	3 - 332
2	ALA	ALA	B	B	2 - 330	3 - 331

#1: タンパク質	Mlr6093 protein 分子量: 36032.137 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mesorhizobium loti (根粒菌) / 株: MAFF303099 / 遺伝子: NP_106651.1, mlr6093 / プラスミド: speedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q98AA0
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 282 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.3 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: NANODROP, 20.0% PEG 3350, 0.2M Potassium citrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL1-5 / 波長: 0.978662 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月9日
詳細: 1m long Rh coated bent cylindrical mirror for horizontal and vertical focusing

放射

モノクロメーター: Double-crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.978662 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→29.643 Å / Num. obs: 45402 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.6 % / B_iso Wilson estimate: 26.79 Å² / R_merge(I) obs: 0.105 / R_sym value: 0.105 / Net I/σ(I): 11.5

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
2-2.05	3.8	0.782	1.7	12285	3268	0.782	98.7
2.05-2.11	4.6	0.744	0.6	15029	3241	0.744	100
2.11-2.17	4.8	0.553	1.4	15018	3135	0.553	100
2.17-2.24	4.7	0.499	1.1	14235	3061	0.499	100
2.24-2.31	4.7	0.43	1	13985	2968	0.43	100
2.31-2.39	4.8	0.316	2.4	13709	2864	0.316	100
2.39-2.48	4.8	0.267	1.9	13382	2790	0.267	100
2.48-2.58	4.8	0.211	3.5	12768	2670	0.211	100
2.58-2.7	4.7	0.19	3.4	12094	2584	0.19	100
2.7-2.83	4.8	0.141	5.2	11679	2446	0.141	100
2.83-2.98	4.8	0.114	6.2	11202	2354	0.114	100
2.98-3.16	4.8	0.092	7.5	10605	2219	0.092	100
3.16-3.38	4.7	0.074	9	9965	2122	0.074	100
3.38-3.65	4.6	0.068	8.2	8897	1932	0.068	100
3.65-4	4.6	0.059	10	8325	1827	0.059	100
4-4.47	4.7	0.048	12.6	7713	1652	0.048	100
4.47-5.16	4.6	0.051	11.6	6745	1464	0.051	100
5.16-6.32	4.5	0.058	10.3	5636	1256	0.058	99.8
6.32-8.94	4.3	0.047	13.1	4320	994	0.047	99.6
8.94-29.643	3.9	0.044	13.4	2158	555	0.044	95.9

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
PHENIX		精密化
SHELX		位相決定
MolProbity	3beta29	モデル構築
SCALA		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
MOSFLM		データ削減
SHELXD		位相決定
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2→29.643 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.921 / SU B: 10.618 / SU ML: 0.146 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.194 / ESU R Free: 0.175
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.254	2286	5 %	RANDOM
R_work	0.207	-	-	-
obs	0.209	45330	99.77 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.569 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.57 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.25 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.82 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→29.643 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4499	0	0	282	4781

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	4779
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	3227
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.786	1.976	6544
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.367	3	7947
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.003	5	650
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.683	23.596	178
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.336	15	801
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.075	15	33
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.103	0.2	782
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	5331
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	910
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.165	0.3	854
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.149	0.3	3335
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.16	0.5	2238
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.082	0.5	2507
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.169	0.5	431
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.075	0.3	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.133	0.3	54
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.193	0.5	24
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.792	3	3231
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.663	3	1249
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.53	5	5038
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.346	8	1795
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.896	11	1480

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 3168 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
MEDIUM POSITIONAL	0.71	0.5
MEDIUM THERMAL	1.38	2

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.325	168	-
R_work	0.283	3072	-
obs	-	3240	98.03 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.584	-0.5899	0.2117	1.1526	0.1086	0.066	-0.0256	0.0071	0.1081	0.029	0.0005	0.115	-0.0454	-0.042	0.0251	-0.0732	-0.0067	0.0067	-0.1095	-0.0037	-0.1154	75.1759	58.1777	18.9259
2	5.0263	-0.3734	-0.9071	0.0375	0.0713	0.1652	0.0904	0.079	-0.4393	0.0279	-0.0698	-0.0017	0.0596	0.0138	-0.0206	0.0106	-0.0022	-0.0471	-0.0189	-0.0156	-0.0237	48.5042	37.8733	14.2727

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	2 - 331	3 - 332
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	1 - 330	2 - 331

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