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- PDB-2qio: X-Ray Structure of Enoyl-Acyl Carrier Protein Reductase from Baci... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qio
タイトルX-Ray Structure of Enoyl-Acyl Carrier Protein Reductase from Bacillus Anthracis with Triclosan
要素Enoyl-(Acyl-carrier-protein) reductase
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Enoyl ACP Reductase
機能・相同性
機能・相同性情報


: / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase activity (NAD(P)H) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / fatty acid biosynthetic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / TRICLOSAN / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.44 Å
データ登録者Klein, G.M. / Santarsiero, B.D. / Mesecar, A.D.
引用ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2008
タイトル: Design and synthesis of aryl ether inhibitors of the Bacillus anthracis enoyl-ACP reductase.
著者: Tipparaju, S.K. / Mulhearn, D.C. / Klein, G.M. / Chen, Y. / Tapadar, S. / Bishop, M.H. / Yang, S. / Chen, J. / Ghassemi, M. / Santarsiero, B.D. / Cook, J.L. / Johlfs, M. / Mesecar, A.D. / ...著者: Tipparaju, S.K. / Mulhearn, D.C. / Klein, G.M. / Chen, Y. / Tapadar, S. / Bishop, M.H. / Yang, S. / Chen, J. / Ghassemi, M. / Santarsiero, B.D. / Cook, J.L. / Johlfs, M. / Mesecar, A.D. / Johnson, M.E. / Kozikowski, A.P.
履歴
登録2007年7月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enoyl-(Acyl-carrier-protein) reductase
B: Enoyl-(Acyl-carrier-protein) reductase
C: Enoyl-(Acyl-carrier-protein) reductase
D: Enoyl-(Acyl-carrier-protein) reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,90212
ポリマ－111,0904
非ポリマー3,8128
水7,494416
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21780 Å2
ΔGint-176 kcal/mol
Surface area33700 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)72.367, 89.024, 186.049
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological unit is a tetramer; all four chains are included in the asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質
Enoyl-(Acyl-carrier-protein) reductase


分子量: 27772.426 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: delta-delta-ANR / 遺伝子: fabI / プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q81JF8, UniProt: A0A6L8PBX8*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-TCL / TRICLOSAN / トリクロサン


分子量: 289.542 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H7Cl3O2 / コメント: 抗真菌剤, 抗生剤, 可溶化剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 416 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.39 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 10 mG/mL protein, 20mM TrisHCL, 150mM NaCl, 10% glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年8月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.44→20 Å / Num. all: 44930 / Num. obs: 44865 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 40.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Χ2: 1.689 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 2.44→2.53 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.223 / Num. unique all: 4329 / Χ2: 0.981 / % possible all: 96.1

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位相決定

Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å19.88 Å
Translation2.5 Å19.88 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
MAR345dtbデータ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1C14

1c14


解像度: 2.44→20 Å / FOM work R set: 0.864 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.223 2226 4.9 %random
Rwork0.176 ---
obs-44376 97.6 %-
溶媒の処理Bsol: 27.067 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 28.748 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.008 Å20 Å20 Å2
2---2.262 Å20 Å2
3---2.271 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.25 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.44→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7800 0 244 416 8460
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.476
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.9
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 44

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs
2.44-2.460.22460.198896942
2.46-2.480.264460.211943989
2.48-2.50.286610.206924985
2.5-2.520.193530.17929982
2.52-2.540.308570.229751032
2.54-2.560.298450.2019621007
2.56-2.580.237390.207948987
2.58-2.610.282570.2079691026
2.61-2.630.266520.1959521004
2.63-2.660.23470.29821029
2.66-2.690.259530.184930983
2.69-2.710.304420.199851027
2.71-2.740.251470.1719751022
2.74-2.770.251460.2089561002
2.77-2.80.214350.179671002
2.8-2.840.195450.1749631008
2.84-2.870.258500.19210021052
2.87-2.910.263570.185910967
2.91-2.940.192500.1799741024
2.94-2.980.258500.1799641014
2.98-3.030.238610.186934995
3.03-3.070.209510.1819701021
3.07-3.120.196420.1769611003
3.12-3.170.258530.1919571010
3.17-3.230.291430.1919571000
3.23-3.280.217590.1869621021
3.28-3.350.194560.167931987
3.35-3.410.224540.1779761030
3.41-3.490.233740.189922996
3.49-3.570.234510.1899771028
3.57-3.660.189580.167927985
3.66-3.760.212580.1719611019
3.76-3.870.209520.1639511003
3.87-3.990.244480.1639741022
3.99-4.130.194420.1549601002
4.13-4.30.168470.1449541001
4.3-4.490.2410.1519731014
4.49-4.720.215500.1589561006
4.72-5.010.21600.1629541014
5.01-5.390.193500.179531003
5.39-5.920.239520.1969751027
5.92-6.750.252480.2259711019
6.75-8.40.203430.1539841027
8.4-200.187550.1510041059
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:ion.param
X-RAY DIFFRACTION4nad.param
X-RAY DIFFRACTION5tcl.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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