PDB-2qik: Crystal structure of YkqA from Bacillus subtilis. Northeast Struc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2qik

タイトル

Crystal structure of YkqA from Bacillus subtilis. Northeast Structural Genomics Target SR631

要素

UPF0131 protein ykqA

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / UNKNOWN FUNCTION / YKQA / NESG / SR631 / PSI-2 /

Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium

機能・相同性

機能・相同性情報

gamma-glutamylaminecyclotransferase activity /

転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの /

acyltransferase activity /

細胞質基質
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.35 Å

データ登録者

Benach, J. / Chen, Y. / Forouhar, F. / Seetharaman, J. / Baran, M.C. / Cunningham, K. / Ma, L.-C. / Owens, L. / Chen, C.X. / Rong, X. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of YkqA from Bacillus subtilis.
著者: Benach, J. / Chen, Y. / Forouhar, F. / Seetharaman, J. / Baran, M.C. / Cunningham, K. / Ma, L.-C. / Owens, L. / Chen, C.X. / Rong, X. / Janjua, H. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F.

履歴

登録	2007年7月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年7月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2018年1月24日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2qik.cif.gz	142 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2qik.ent.gz	115.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2qik.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qi/2qik ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qi/2qik	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6kj7-d 4bie-2 4bf2-1 2j0t-3 3gv1-2 3gv1-1 4mld-1 4j49-2 4i84-2 4zex-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: SR631

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: UPF0131 protein ykqA

ヘテロ分子

33.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.577, 62.131, 55.527
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 101.690, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

The AU contains the biological assembly

#1: タンパク質	UPF0131 protein ykqA 分子量: 33055.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: 168 / 遺伝子: ykqA, ylxU, yzaB, BSU14500 / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+Magic / 参照: UniProt: P39759
#2: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸 / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 446 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.9125 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.68 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: microbatch under oil 詳細: 0.1 M NaCl, 0.1 Na Citrate, 60% PEG 400, MICROBATCH UNDER OIL, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X4A / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月31日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 3.8 % / Av σ(I) over netI: 18.8 / 数: 414093 / R_merge(I) obs: 0.041 / Χ²: 1.13 / D res high: 1.35 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 109890 / % possible obs: 99

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
2.91	50	90.1	1	0.028	1.038	3.6
2.31	2.91	100	1	0.033	1.138	3.9
2.02	2.31	100	1	0.038	1.148	3.9
1.83	2.02	100	1	0.045	1.126	3.8
1.7	1.83	100	1	0.057	1.108	3.8
1.6	1.7	100	1	0.073	1.193	3.8
1.52	1.6	100	1	0.088	1.142	3.8
1.45	1.52	99.9	1	0.114	1.156	3.7
1.4	1.45	99.8	1	0.143	1.104	3.7
1.35	1.4	99.7	1	0.179	1.095	3.6

反射

解像度: 1.35→50 Å / Num. obs: 55141 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.041 / Χ²: 1.126 / Net I/σ(I): 18.8

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
1.35-1.4	3.6	0.179	11083	1.095	99.7
1.4-1.45	3.7	0.143	11052	1.104	99.8
1.45-1.52	3.7	0.114	11126	1.156	99.9
1.52-1.6	3.8	0.088	11147	1.142	100
1.6-1.7	3.8	0.073	11070	1.193	100
1.7-1.83	3.8	0.057	11102	1.108	100
1.83-2.02	3.8	0.045	11086	1.126	100
2.02-2.31	3.9	0.038	11115	1.148	100
2.31-2.91	3.9	0.033	11090	1.138	100
2.91-50	3.6	0.028	10019	1.038	90.1

-
位相決定

位相決定

手法:

単波長異常分散

Phasing dm

FOM : 0.91 / FOM acentric: 0.91 / FOM centric: 0.83 / 反射: 23209 / Reflection acentric: 22314 / Reflection centric: 895

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
5.1-24.907	0.96	0.96	0.94	861	778	83
3.2-5.1	0.98	0.98	0.97	2926	2765	161
2.6-3.2	0.95	0.95	0.89	3987	3820	167
2.3-2.6	0.93	0.93	0.82	3987	3841	146
1.9-2.3	0.89	0.9	0.77	7085	6867	218
1.8-1.9	0.82	0.83	0.59	4363	4243	120

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE	2.08	位相決定
RESOLVE	2.08	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.35→19.35 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / SU B: 1.436 / SU ML: 0.028 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.056 / ESU R Free: 0.055 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.176	2801	5.1 %	RANDOM
R_work	0.131	-	-	-
obs	0.133	55139	97.83 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.597 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.07 Å²	0 Å²	-0.17 Å²
2-	-	-0.22 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.35→19.35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2227	0	13	446	2686

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.025	0.022	2301
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2044
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.056	1.95	3116
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.973	3	4776
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.376	5	286
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.399	23.596	114
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.158	15	406
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.389	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.145	0.2	328
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	2570
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	499
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.229	0.2	479
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.21	0.2	2070
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.197	0.2	1126
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.09	0.2	1307
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.176	0.2	228
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.32	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.299	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.19	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.04	1.5	1602
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.968	1.5	562
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.506	2	2196
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.173	3	1062
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.405	4.5	910
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.515	3	5071
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	16.723	5	446
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	5.757	5	4284

LS精密化シェル

解像度: 1.35→1.385 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.178	223	-
R_work	0.099	3795	-
obs	-	4018	96.8 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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