PDB-2qi5: Crystal structure of protease inhibitor, MIT-2-KC08 in complex wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2qi5

タイトル

Crystal structure of protease inhibitor, MIT-2-KC08 in complex with wild type HIV-1 protease

要素

Protease

キーワード

HYDROLASE / Drug design / HIV-1 protease / protease inhibitors

機能・相同性

機能・相同性情報

HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus ...
類似検索 - 分子機能

Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Schiffer, C.A. / Nalam, M.N.L.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2008
タイトル: HIV-1 protease inhibitors from inverse design in the substrate envelope exhibit subnanomolar binding to drug-resistant variants.
著者: Altman, M.D. / Ali, A. / Reddy, G.S. / Nalam, M.N. / Anjum, S.G. / Cao, H. / Chellappan, S. / Kairys, V. / Fernandes, M.X. / Gilson, M.K. / Schiffer, C.A. / Rana, T.M. / Tidor, B.

履歴

登録	2007年7月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年4月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2qi5.cif.gz	57.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2qi5.ent.gz	43.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2qi5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2qi5_validation.pdf.gz	795.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2qi5_full_validation.pdf.gz	796.3 KB	表示
XML形式データ	2qi5_validation.xml.gz	11.4 KB	表示
CIF形式データ	2qi5_validation.cif.gz	15.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qi/2qi5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qi/2qi5	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2qhyC 2qhzC 2qi0C 2qi1C 2qi3C 2qi4C 2qi6C 2qi7C 1f7aS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2fgv-d 2qhz-d 6pjb-d 1b6l-d 1k6t-d 3ucb-d 3eky-d 6pjl-d 3s54-d 1kzk-d 6pjm-d 4hla-d 3o9c-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#6 - 2000年6月 HIV-1タンパク質分解酵素 (HIV-1 Protease) 類似性 (2) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protease

B: Protease

ヘテロ分子

22.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.879, 58.225, 61.814
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Protease 分子量: 10815.790 Da / 分子数: 2 / 変異: Q7K / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 属: Lentivirus / 株: SF2 / 遺伝子: pol / プラスミド: PXC35 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TAP56 / 参照: UniProt: O38732, UniProt: P03369*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-MZ7 / N~2~-ACETYL-N-{(1S,2R)-3-[(1,3-BENZOTHIAZOL-6-YLSULFONYL)(PENTYL)AMINO]-1-BENZYL-2-HYDROXYPROPYL}-L-VALINAMIDE 分子量: 588.782 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₉H₄₀N₄O₅S₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.84 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 126 mM Sodium Phosphate, 63 mM sodium citrate, 24-29% ammonium sulphate , pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 200 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年9月15日 / 詳細: osmic mirrors
放射	モノクロメーター: osmic mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 15597 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.042 / R_sym value: 4.2 / Net I/σ(I): 19.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 1F7A

1f7a

解像度: 1.85→42.37 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / SU B: 5.402 / SU ML: 0.087 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.156 / ESU R Free: 0.138 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21029	787	5.1 %	RANDOM
R_work	0.17281	-	-	-
all	0.17469	14766	-	-
obs	0.17469	14766	95.73 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.647 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.26 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.16 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.42 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→42.37 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1494	0	55	149	1698

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	1625
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1560
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.298	2.018	2221
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.745	3	3620
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.876	5	206
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.046	24.737	57
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.469	15	271
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.768	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	260
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1778
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	295
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.174	0.2	226
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.187	0.2	1540
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.165	0.2	752
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.084	0.2	899
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.156	0.2	106
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.114	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.159	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.15	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.589	1.5	1077
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.126	1.5	422
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.819	2	1642
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.268	3	675
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.719	4.5	579
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.246	37	-
R_work	0.188	825	-
obs	-	-	72.93 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.1418	-0.798	-0.3747	4.1096	0.4141	1.3894	-0.0926	-0.2242	0.1276	0.2326	0.0395	-0.0344	-0.0108	-0.0611	0.0531	0.0009	0.0396	-0.0136	-0.0216	-0.0165	-0.1298	21.3099	26.0561	29.2871
2	3.5174	-1.4731	-0.2373	2.9132	-0.0784	4.8811	-0.0745	-0.0278	-0.2054	0.1182	0.1319	0.2316	0.1589	-0.0378	-0.0574	-0.0545	0.0004	0.0183	-0.0954	0.0337	-0.0448	19.8074	17.9202	23.2821
3	3.97	1.6328	1.2195	4.1817	0.4262	2.1673	-0.0455	0.0981	0.0717	0.0752	-0.0342	-0.0187	-0.048	-0.0252	0.0797	-0.0537	0.0086	-0.0071	-0.0546	0.0129	-0.0624	27.8708	28.3101	18.8203
4	4.9646	0.6791	2.3192	4.1177	0.1014	2.272	-0.0479	-0.0056	-0.0827	-0.0004	0.096	0.0584	-0.0102	0.0036	-0.0481	-0.0554	0.0165	0.0229	-0.0644	0.0148	-0.0513	12.714	26.8186	18.5993
5	16.2192	2.8192	-9.5725	6.6702	-3.0508	9.3348	-0.1815	-0.5877	-0.1819	0.3313	-0.1072	-0.9005	-0.0566	0.4196	0.2887	-0.035	-0.026	-0.1137	-0.1076	0.0557	0.038	39.1966	30.7725	23.5575
6	14.1787	-3.9708	-4.852	12.3017	5.5361	7.5616	0.2228	0.1574	-0.3073	-0.17	-0.5361	0.9385	-0.3216	-0.7773	0.3133	-0.0696	0.0106	0.0001	-0.0067	-0.0045	0.0402	1.7452	21.3989	19.1994
7	7.4677	0.6672	-0.4565	3.9702	1.4824	8.0909	-0.0418	-0.0923	-0.0165	-0.0484	-0.0647	-0.2552	-0.0938	0.7661	0.1065	-0.11	0.0013	-0.0018	0.0092	0.0882	-0.0352	39.479	30.9594	10.129
8	10.2207	-2.4031	-1.9167	10.3975	2.0886	6.2524	0.2436	0.0306	-0.0306	-0.0465	-0.1148	0.4274	0.1013	-0.4137	-0.1288	-0.1178	-0.0177	0.0034	-0.0162	0.0767	-0.0932	0.6898	34.5088	13.8098
9	8.3201	0.1898	-2.2766	2.0228	-0.8563	3.941	-0.0388	0.0938	-0.0276	-0.0256	0.0062	0.0237	-0.0811	-0.0985	0.0327	-0.013	0.0166	0.0188	-0.0598	0.009	-0.085	27.1763	30.8962	4.6075
10	8.0477	0.2614	-1.1107	3.3273	-2.5142	2.2262	0.0491	0.2645	0.0236	0.0084	-0.0818	-0.0476	0.1683	-0.0588	0.0327	-0.0407	0.0193	0.0079	-0.037	0.0087	-0.0504	12.7366	39.2052	11.2581
11	0.8175	0.4702	-0.5936	4.8197	-2.0629	6.0045	0.0619	-0.0237	0.1609	0.04	0.0056	0.21	-0.1955	0.0097	-0.0674	-0.0357	-0.0123	-0.0112	-0.0354	0.0129	-0.0233	29.6031	32.9083	14.3979
12	5.9919	-4.772	4.4112	5.2004	-2.6176	3.8203	0.2542	0.4182	-0.0136	-0.2989	-0.095	0.1247	0.2159	0.1934	-0.1591	-0.0364	0.0162	-0.0084	-0.0259	0.0118	-0.0355	10.4171	29.1278	12.6363
13	7.3881	-2.5767	-0.0548	3.9122	-0.1243	0.0072	-0.1469	0.1304	-0.0912	0.0181	0.0118	-0.0565	-0.0187	0.1183	0.1351	-0.0165	0.0021	0.0002	-0.032	0.0182	-0.0331	29.0404	19.7027	19.6951
14	3.5389	-2.1842	-2.0738	4.9156	-1.877	4.0089	-0.4654	-0.2291	-0.0694	0.1447	0.4309	0.345	0.0805	-0.2352	0.0345	0.0119	0.0374	0.0217	0.0096	0.0124	-0.0368	12.0188	28.9704	27.0636
15	2.1806	-5.0343	3.9637	12.0677	-7.017	17.4355	0.2538	0.1291	-0.36	-0.6382	-0.4652	-0.512	0.2176	0.2738	0.2114	-0.1224	0.0244	0.0694	0.0408	0.0528	0.0161	39.0827	23.0173	10.3193
16	5.496	6.0857	-6.9596	11.0729	-4.9877	13.885	0.2915	-0.2351	0.3535	0.4936	0.2306	0.2701	-0.346	-0.1728	-0.5221	-0.1114	0.0497	0.047	-0.0391	0.0689	0.0783	1.4074	36.4393	21.0112
17	12.8339	0.5339	-12.5603	6.6475	2.3088	32.4488	0.239	-0.016	0.8022	0.379	0.1603	-0.0367	-0.1266	-0.187	-0.3994	-0.1031	-0.0447	-0.081	-0.0868	0.0061	0.0116	37.3801	24.3308	23.6658
18	26.4416	-20.792	9.3578	19.5922	-5.1633	4.7977	-0.261	0.6661	0.265	-0.0526	0.1032	-0.2734	0.6349	0.092	0.1578	0.0032	0.0503	0.0721	0.0184	0.0602	0.0429	3.6266	23.6518	24.6479
19	2.7393	-0.9716	-0.1101	3.0159	1.1378	1.1792	-0.0038	0.2053	0.0486	0.0271	-0.1651	-0.2924	0.1237	0.3172	0.1689	-0.0968	0.0034	0.0081	-0.0445	0.0208	-0.0231	36.0046	21.8799	17.3757
20	0.6118	1.921	-1.6879	6.1105	-4.9712	6.029	0.0164	-0.1673	0.0527	-0.1791	-0.0334	0.4145	0.3249	0.2596	0.017	-0.0133	0.0489	0.0288	-0.0127	0.0532	0.0593	4.4389	29.7431	24.9808
21	2.5998	-6.1018	-2.3895	16.433	3.1309	5.1022	0.3093	-0.0951	0.2379	-0.456	-0.1666	-0.2761	-0.2874	-0.2738	-0.1427	-0.0151	0.0407	0.0345	0.0308	0.0391	-0.0436	20.0504	30.3481	13.9862

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 5
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	94 - 99
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 10
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 5
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	94 - 99
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	6 - 10
7	X-RAY DIFFRACTION	3	A	20 - 32
8	X-RAY DIFFRACTION	4	B	20 - 32
9	X-RAY DIFFRACTION	5	A	11 - 19
10	X-RAY DIFFRACTION	6	B	11 - 19
11	X-RAY DIFFRACTION	7	A	33 - 43
12	X-RAY DIFFRACTION	8	B	33 - 43
13	X-RAY DIFFRACTION	9	A	44 - 57
14	X-RAY DIFFRACTION	10	B	44 - 57
15	X-RAY DIFFRACTION	11	A	77 - 85
16	X-RAY DIFFRACTION	12	B	77 - 85
17	X-RAY DIFFRACTION	13	A	86 - 93
18	X-RAY DIFFRACTION	14	B	86 - 93
19	X-RAY DIFFRACTION	15	A	58 - 62
20	X-RAY DIFFRACTION	16	B	58 - 62
21	X-RAY DIFFRACTION	17	A	63 - 68
22	X-RAY DIFFRACTION	18	B	63 - 68
23	X-RAY DIFFRACTION	19	A	69 - 76
24	X-RAY DIFFRACTION	20	B	69 - 76
25	X-RAY DIFFRACTION	21	B	200

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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