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- PDB-2qi5: Crystal structure of protease inhibitor, MIT-2-KC08 in complex wi... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2qi5 | ||||||
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Title | Crystal structure of protease inhibitor, MIT-2-KC08 in complex with wild type HIV-1 protease | ||||||
![]() | Protease | ||||||
![]() | HYDROLASE / Drug design / HIV-1 protease / protease inhibitors | ||||||
Function / homology | ![]() HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus ...HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / Transferases; Transferring phosphorus-containing groups; Nucleotidyltransferases / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / Hydrolases; Acting on ester bonds / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Schiffer, C.A. / Nalam, M.N.L. | ||||||
![]() | ![]() Title: HIV-1 protease inhibitors from inverse design in the substrate envelope exhibit subnanomolar binding to drug-resistant variants. Authors: Altman, M.D. / Ali, A. / Reddy, G.S. / Nalam, M.N. / Anjum, S.G. / Cao, H. / Chellappan, S. / Kairys, V. / Fernandes, M.X. / Gilson, M.K. / Schiffer, C.A. / Rana, T.M. / Tidor, B. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDB format | ![]() | 43.1 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 796.3 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 11.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 15.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 2qhyC ![]() 2qhzC ![]() 2qi0C ![]() 2qi1C ![]() 2qi3C ![]() 2qi4C ![]() 2qi6C ![]() 2qi7C ![]() 1f7aS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 10815.790 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: Q7K Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-MZ7 / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.11 Å3/Da / Density % sol: 41.84 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.2 Details: 126 mM Sodium Phosphate, 63 mM sodium citrate, 24-29% ammonium sulphate , pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 200 K |
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Diffraction source | Source: ![]() |
Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV / Detector: IMAGE PLATE / Date: Sep 15, 2006 / Details: osmic mirrors |
Radiation | Monochromator: osmic mirrors / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.85→50 Å / Num. obs: 15597 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.042 / Rsym value: 4.2 / Net I/σ(I): 19.5 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: pdb entry 1F7A Resolution: 1.85→42.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 5.402 / SU ML: 0.087 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.156 / ESU R Free: 0.138 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 15.647 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.85→42.37 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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