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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2qhl | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Novel Immune-Type Receptor 10 Extracellular Fragment from Ictalurus punctatus | ||||||
要素 | Novel immune-type receptor 10 | ||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin Variable Domain-Like Beta-Sandwich / Immune-Type Receptor | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Ictalurus punctatus (アメリカナマズ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.56 Å | ||||||
データ登録者 | Ostrov, D.A. / Hernandez Prada, J.A. / Haire, R.N. / Cannon, J.P. / Magis, A.T. / Bailey, K.M. / Litman, G.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Immunity / 年: 2008 タイトル: A bony fish immunological receptor of the NITR multigene family mediates allogeneic recognition. 著者: Cannon, J.P. / Haire, R.N. / Magis, A.T. / Eason, D.D. / Winfrey, K.N. / Hernandez Prada, J.A. / Bailey, K.M. / Jakoncic, J. / Litman, G.W. / Ostrov, D.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2qhl.cif.gz | 136.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2qhl.ent.gz | 111.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2qhl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2qhl_validation.pdf.gz | 449.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2qhl_full_validation.pdf.gz | 460.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2qhl_validation.xml.gz | 31.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2qhl_validation.cif.gz | 47.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qh/2qhl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qh/2qhl | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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3 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12906.536 Da / 分子数: 5 / 断片: Extracellular / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Channel catfish 由来: (天然) Ictalurus punctatus (アメリカナマズ) 参照: UniProt: Q8UWK5 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.47 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 1.5M Na Citrate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.9791 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月27日 / 詳細: Oxford Danfysik toroidal focusing mirror | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si(111) channel cut monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9791 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.56→30 Å / Num. all: 91403 / Num. obs: 91403 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.047 / Χ2: 0.992 / Net I/σ(I): 12.7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
Phasing MR |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.56→30 Å / FOM work R set: 0.791 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | Bsol: 29.816 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.141 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.56→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 50
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Xplor file |
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