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- PDB-2qhf: Mycobacterium tuberculosis Chorismate synthase in complex with NCA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qhf
タイトルMycobacterium tuberculosis Chorismate synthase in complex with NCA
要素Chorismate synthase
キーワードLYASE
機能・相同性
機能・相同性情報


chorismate synthase / chorismate synthase activity / Chorismate via Shikimate Pathway / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / NAD binding / FMN binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Chorismate synthase signature 3. / Chorismate synthase, AroC fold / Chorismate synthase AroC / Chorismate synthase signature 2. / Chorismate synthase / Chorismate synthase, conserved site / Chorismate synthase AroC superfamily / Chorismate synthase / Chorismate synthase signature 1. / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / NICOTINAMIDE / Chorismate synthase / Chorismate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Bruning, M. / Bourenkov, G.P. / Strizhov, N.I. / Bartunik, H.D.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Mycobacterium tuberculosis Chorismate synthase in complex with NCA
著者: Bruning, M. / Bourenkov, G.P. / Strizhov, N.I. / Bartunik, H.D.
履歴
登録2007年7月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chorismate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,70718
ポリマ－42,6731
非ポリマー1,03417
水8,521473
1
A: Chorismate synthase
ヘテロ分子

A: Chorismate synthase
ヘテロ分子

A: Chorismate synthase
ヘテロ分子

A: Chorismate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,83072
ポリマ－170,6934
非ポリマー4,13768
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
crystal symmetry operation11_655-x+y+1,y,-z1
Buried area40380 Å2
ΔGint-222 kcal/mol
Surface area46310 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)132.589, 132.589, 159.565
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-505-

ACT

21A-505-

ACT

31A-886-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Chorismate synthase / 5-enolpyruvylshikimate-3-phosphate phospholyase


分子量: 42673.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: aroC, aroF / プラスミド: pET24b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3)
参照: UniProt: P63611, UniProt: P9WPY1*PLUS, chorismate synthase

-
非ポリマー , 6種, 490分子

#2: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-NCA / NICOTINAMIDE / ニコチンアミド


分子量: 122.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H6N2O / コメント: 薬剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 473 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.57 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4
詳細: 4.8 M NH4-Acetate, 0.1 M Na-Acetate, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.05 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.05 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→20 Å / Num. obs: 98095 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 23.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 30.3
反射 シェル解像度: 1.65→1.67 Å / Rmerge(I) obs: 0.521 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 3904 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1QXO

1qxo


解像度: 1.65→19.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 1.203 / SU ML: 0.041 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 2 / ESU R: 0.059 / ESU R Free: 0.062 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18649 4977 5.1 %RANDOM
Rwork0.16391 ---
obs0.16508 93091 98.83 %-
all-98095 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.497 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.12 Å20.06 Å20 Å2
2--0.12 Å20 Å2
3----0.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→19.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2875 0 68 473 3416
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0223148
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022997
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3461.984300
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.83636913
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.4175443
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.80322.279136
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.57615502
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9961540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2484
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023682
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02656
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2170.2623
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2070.23007
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1670.21580
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.21811
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1680.2300
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1840.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2250.2165
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2010.242
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.72182062
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.8228835
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.018123278
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.189161107
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.32924998
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.294 376 -
Rwork0.252 6784 -
obs--99.32 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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