PDB-2qh9: The crystal structure of a protein of unknown function from Archa...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2qh9

タイトル

The crystal structure of a protein of unknown function from Archaeoglobus fulgidus DSM 4304

要素

UPF0215 protein AF_1433

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Archaeoglobus fulgidus / PSI-2 / MCSG / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics

機能・相同性

Protein of unknown function DUF99 / Endonuclease dU / archaeoglobus fulgidus dsm 4304 fold / archaeoglobus fulgidus dsm 4304 superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / UPF0215 protein AF_1433

機能・相同性情報

生物種

Archaeoglobus fulgidus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Zhang, R. / Zhou, M. / Gu, M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of a protein of unknown function from Archaeoglobus fulgidus DSM 4304.
著者: Zhang, R. / Zhou, M. / Gu, M. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2007年7月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年9月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2024年10月9日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2qh9.cif.gz	83.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2qh9.ent.gz	63.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2qh9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2qh9_validation.pdf.gz	435 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2qh9_full_validation.pdf.gz	441.3 KB	表示
XML形式データ	2qh9_validation.xml.gz	18.5 KB	表示
CIF形式データ	2qh9_validation.cif.gz	24.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qh/2qh9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qh/2qh9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6wzx-d 2bw0-d 2pey-d 2pqr-d 5cdl-d 1r4o-d 6dwu-25 2h29-d 4tt8-d 2pez-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC86486.1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: UPF0215 protein AF_1433

B: UPF0215 protein AF_1433

42 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.705, 105.337, 46.707
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.39, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

This protein existed as dimer. The deposited structure of MolA and MolB represent the dimer in the asymmetric unit.

#1: タンパク質	UPF0215 protein AF_1433 分子量: 21021.535 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 株: DSM 4304, VC-16, JCM 9628, NBRC 100126 / 遺伝子: GI:2649134, AF_1433 / プラスミド: PDM68 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O28839
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.9 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2M Ammonium acetate, 0.1M HEPES, 25% PEG 3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月14日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→52.7 Å / Num. all: 31276 / Num. obs: 30769 / % possible obs: 98.38 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.5 % / B_iso Wilson estimate: 33 Å² / R_merge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 22.9
反射シェル	解像度: 1.8→1.845 Å / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.723 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 2347 / % possible all: 94.12

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
SBC-Collect		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.8→52.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.94 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / SU B: 6.829 / SU ML: 0.112 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.161 / ESU R Free: 0.144
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25471	1653	5.1 %	RANDOM
R_work	0.22384	-	-	-
all	0.22547	30769	-	-
obs	0.22547	30769	98.38 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.631 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.02 Å²	0 Å²	0.86 Å²
2-	-	-1.12 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.47 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.042 Å	0.04 Å
Luzzati d res low	-	6 Å
Luzzati sigma a	0.5 Å	0.35 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→52.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2776	0	0	144	2920

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	2820
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.509	1.975	3794
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.376	5	349
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.63	22.96	125
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.55	15	534
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.421	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.108	0.2	430
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2078
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.217	0.2	1299
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.304	0.2	1949
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.144	0.2	156
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.175	0.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.112	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.083	1.5	1809
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.524	2	2816
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.43	3	1143
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.281	4.5	978

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.845 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.384	120	-
R_work	0.279	2089	-
obs	-	2209	94.12 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 34.103 Å / Origin y: 29.364 Å / Origin z: 15.845 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.0683 Å²	-0.0075 Å²	-0.0252 Å²	-	-0.0514 Å²	0.0193 Å²	-	-	-0.0268 Å²
L	0.5242 °²	-0.2424 °²	-0.2081 °²	-	1.6528 °²	1.317 °²	-	-	1.2968 °²
S	-0.0517 Å °	-0.0136 Å °	0.0304 Å °	0.0673 Å °	-0.0193 Å °	0.0622 Å °	-0.0439 Å °	0.0456 Å °	0.0711 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	-2 - 50	1 - 53
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	51 - 95	54 - 98
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	96 - 135	99 - 138
4	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	136 - 175	139 - 178
5	X-RAY DIFFRACTION	1	B	B	3 - 50	6 - 53
6	X-RAY DIFFRACTION	1	B	B	51 - 95	54 - 98
7	X-RAY DIFFRACTION	1	B	B	96 - 135	99 - 138
8	X-RAY DIFFRACTION	1	B	B	136 - 175	139 - 178

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