PDB-2qh7: MitoNEET is a uniquely folded 2Fe-2S outer mitochondrial membrane...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2qh7

タイトル

MitoNEET is a uniquely folded 2Fe-2S outer mitochondrial membrane protein stabilized by pioglitazone

要素

Zinc finger CDGSH-type domain 1

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / MitoNEET / 2Fe-2S protein / Outer mitochrodrial membrane protein / pioglitazone binding

機能・相同性

機能・相同性情報

protein maturation by [2Fe-2S] cluster transfer / cysteine transaminase / L-cysteine transaminase activity / cytoplasmic side of mitochondrial outer membrane / regulation of cellular respiration / regulation of autophagy / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / pyridoxal phosphate binding / mitochondrial outer membrane / membrane => GO:0016020 ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Paddock, M.L. / Wiley, S.E. / Axelrod, H.L. / Cohen, A.E. / Roy, M. / Abresch, E.C. / Capraro, D. / Murphy, A.N. / Nechushtai, R. / Dixon, J.E. / Jennings, P.A.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2007
タイトル: MitoNEET is a uniquely folded 2Fe 2S outer mitochondrial membrane protein stabilized by pioglitazone.
著者: Paddock, M.L. / Wiley, S.E. / Axelrod, H.L. / Cohen, A.E. / Roy, M. / Abresch, E.C. / Capraro, D. / Murphy, A.N. / Nechushtai, R. / Dixon, J.E. / Jennings, P.A.

履歴

登録	2007年6月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年8月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.2	2018年1月24日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2qh7.cif.gz	45.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2qh7.ent.gz	30.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2qh7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qh/2qh7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qh/2qh7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1r1c-2 1i53-2 1r1c-3 2z15-2 2z15-4 1ilu-9 5af6-1 3e9v-d 2k8e-d 1i53-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#117 - 2009年9月
キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase)
類似性 (1)
#137 - 2011年5月
シトクロムbc1 (Cytochrome bc1)
類似性 (1)
#144 - 2011年12月
複合体I (Complex I)
類似性 (1)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
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クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
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シトクロムc (Cytochrome c)
類似性 (1)
#82 - 2006年10月
シトクロムp450 (Cytochrome p450)
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#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Zinc finger CDGSH-type domain 1

B: Zinc finger CDGSH-type domain 1

ヘテロ分子

18.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.806, 49.621, 59.006
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine code: 6

Dom-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	LYS	LYS	LYS	LYS	A	A	42 - 106	10 - 74
2	ALA	ALA	GLU	GLU	B	B	43 - 107	11 - 75

#1: タンパク質	Zinc finger CDGSH-type domain 1 分子量: 8948.327 Da / 分子数: 2 / 断片: water-solule domain of MitoNEET-residues 33-108 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ZCD1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1X902, UniProt: Q9NZ45*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER 分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₂S₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.73 %

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1
3		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	SSRL	BL11-1	1	0.9794
シンクロトロン	SSRL	BL9-2	2	1.7374, 1.3624, 1.7418

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
MARMOSAIC 325 mm CCD	1	CCD	2007年3月22日
MARMOSAIC 325 mm CCD	2	CCD	2007年4月10日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	MAD	M	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9794	1
2	1.7374	1
3	1.3624	1
4	1.7418	1

Reflection

D res high: 1.8 Å

冗長度 (%)	ID	Av σ(I) over netI	数	R_merge(I) obs	R_sym value	D res low (Å)	Num. obs	% possible obs
11.7	1	5.1	151046	0.08	0.08	59.028	12921	95.9
13.4	2	6.2	179865	0.066	0.066	50.063	13465	99.6
11.6	3	5.3	150328	0.078	0.078	59.131	12904	95.6

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	R_sym value	Redundancy
8.05	59.03	90.1	1	0.054	0.054	8.9
5.69	8.05	99.6	1	0.059	0.059	11.9
4.65	5.69	100	1	0.058	0.058	12.7
4.03	4.65	100	1	0.065	0.065	13.2
3.6	4.03	100	1	0.069	0.069	13.3
3.29	3.6	100	1	0.072	0.072	13.4
3.04	3.29	100	1	0.078	0.078	13.5
2.85	3.04	100	1	0.086	0.086	13.5
2.68	2.85	100	1	0.091	0.091	13.5
2.55	2.68	100	1	0.102	0.102	13.4
2.43	2.55	100	1	0.109	0.109	13.3
2.32	2.43	100	1	0.124	0.124	13.3
2.23	2.32	100	1	0.14	0.14	13.3
2.15	2.23	100	1	0.155	0.155	13.3
2.08	2.15	100	1	0.186	0.186	13.2
2.01	2.08	100	1	0.228	0.228	13.3
1.95	2.01	99.6	1	0.258	0.258	10
1.9	1.95	98.1	1	0.291	0.291	7
1.85	1.9	85.4	1	0.37	0.37	5.6
1.8	1.85	63.4	1	0.455	0.455	4.7
8.05	50.06	80.7	2	0.058	0.058	7
5.69	8.05	96.9	2	0.056	0.056	10.3
4.65	5.69	97.1	2	0.051	0.051	11.1
4.02	4.65	99	2	0.052	0.052	11.7
3.6	4.02	100	2	0.056	0.056	12.3
3.29	3.6	100	2	0.058	0.058	13.1
3.04	3.29	100	2	0.059	0.059	13.5
2.85	3.04	100	2	0.063	0.063	13.6
2.68	2.85	100	2	0.066	0.066	13.8
2.55	2.68	100	2	0.072	0.072	13.7
2.43	2.55	100	2	0.075	0.075	13.8
2.32	2.43	100	2	0.081	0.081	13.8
2.23	2.32	100	2	0.085	0.085	13.7
2.15	2.23	100	2	0.09	0.09	13.9
2.08	2.15	100	2	0.106	0.106	13.8
2.01	2.08	100	2	0.121	0.121	13.7
1.95	2.01	100	2	0.131	0.131	13.8
1.9	1.95	100	2	0.151	0.151	13.7
1.85	1.9	100	2	0.171	0.171	13.7
1.8	1.85	100	2	0.196	0.196	13.7
8.05	59.13	90.1	3	0.052	0.052	9
5.69	8.05	100	3	0.058	0.058	11.9
4.65	5.69	100	3	0.057	0.057	12.7
4.02	4.65	100	3	0.063	0.063	13.2
3.6	4.02	100	3	0.067	0.067	13.3
3.29	3.6	100	3	0.068	0.068	13.4
3.04	3.29	100	3	0.075	0.075	13.5
2.85	3.04	100	3	0.083	0.083	13.5
2.68	2.85	100	3	0.09	0.09	13.5
2.55	2.68	100	3	0.101	0.101	13.4
2.43	2.55	100	3	0.108	0.108	13.3
2.32	2.43	100	3	0.127	0.127	13.4
2.23	2.32	100	3	0.142	0.142	13.3
2.15	2.23	100	3	0.163	0.163	13.3
2.08	2.15	100	3	0.195	0.195	13.2
2.01	2.08	100	3	0.245	0.245	13.1
1.95	2.01	99.4	3	0.281	0.281	9.6
1.9	1.95	97.7	3	0.324	0.324	6.8
1.85	1.9	84.2	3	0.394	0.394	5.5
1.8	1.85	60.9	3	0.504	0.504	4.6

反射

解像度: 1.5→38 Å / Num. obs: 21479 / % possible obs: 94.7 % / B_iso Wilson estimate: 27.683 Å² / R_merge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 30.92

反射シェル

Diffraction-ID: 1,2

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique all	% possible all
1.5-1.55		0.754	3.2	15789	1392	66.8
1.55-1.62		0.633	4.3	30876	2091	83.7
1.62-1.69		0.484	6.4	37206	2005	95.7
1.69-1.78		0.403	10.3	63799	2257	100
1.78-1.89		0.305	15.1	72121	2220	100
1.89-2.04		0.205	22.4	76928	2306	100
2.04-2.24		0.132	33.2	74956	2188	100
2.24-2.56		0.085	47.9	77006	2256	100
	2.56	0.054	65.4	79179	2331	100

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing set

ID
1
2
3

Phasing MAD set

Clust-ID	Expt-ID	Set-ID	波長 (Å)	F double prime refined	F prime refined
1	3 wavelength	1	1.7374	2.45	-7.96
1	3 wavelength	2	1.3624	2.6	-0.3
1	3 wavelength	3	1.7418	2.45	-7.96

Phasing MAD set site

ID	Atom type symbol	B iso	Fract x	Fract y	Fract z	Occupancy
1	Fe	17.639	0.663	0.135	0.145	0.611
2	Fe	17.437	0.706	0.858	0.09	0.648
3	Fe	17.685	0.691	0.159	0.179	0.583

Phasing dm

FOM : 0.73 / FOM acentric: 0.74 / FOM centric: 0.71 / 反射: 13466 / Reflection acentric: 11564 / Reflection centric: 1902

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
5.1-38.189	0.94	0.97	0.89	628	423	205
3.2-5.1	0.94	0.96	0.87	1845	1476	369
2.6-3.2	0.9	0.91	0.83	2270	1932	338
2.3-2.6	0.86	0.87	0.8	2263	1971	292
1.9-2.3	0.7	0.71	0.58	3987	3540	447
1.8-1.9	0.33	0.34	0.24	2473	2222	251

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
SOLVE	2.12	位相決定
RESOLVE	2.12	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
Blu-Ice		データ収集
MOSFLM		データ削減
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.5→38 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / SU B: 4.564 / SU ML: 0.078 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.078 / ESU R Free: 0.084 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3.ELECTRON DENSITIES CORRESPONDING TO RESIDUES 33-41 AND 107-108 ON THE A SUBUNIT AND ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.223	1081	5 %	RANDOM
R_work	0.182	-	-	-
obs	0.184	21479	95.25 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.279 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.95 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.35 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→38 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1028	0	8	128	1164

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.021	1101
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	958
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.717	1.936	1485
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.92	3	2254
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.444	5	139
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	20.957	25	54
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.99	15	198
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	5.394	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	153
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1227
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	211
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.182	0.3	175
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.172	0.3	936
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.169	0.5	503
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.083	0.5	600
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.17	0.5	174
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.116	0.3	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.204	0.3	20
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.135	0.5	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.843	3	726
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.528	3	275
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.309	5	1076
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.745	8	472
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.654	11	401

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 917 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
LOOSE POSITIONAL	0.25	5
LOOSE THERMAL	1.51	10

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.542 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.426	48	-
R_work	0.366	1121	-
obs	-	1169	71.28 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9164	-0.2153	-1.487	2.0161	-0.2902	7.0724	-0.136	0.0005	-0.1437	-0.0486	-0.1035	-0.1278	0.4781	0.2602	0.2395	-0.1435	0.0307	0.0168	-0.2042	0.0219	-0.138	11.9394	45.1101	7.8926
2	3.2473	0.1712	-1.9405	1.9235	0.4046	8.1164	-0.0359	0.0856	0.2158	-0.0118	-0.0608	-0.0868	-0.4634	0.1792	0.0967	-0.1802	0.0481	-0.0158	-0.2361	0.0328	-0.1209	10.8026	54.5578	5.6189

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	42 - 106	10 - 74
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	43 - 107	11 - 75

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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