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万見
- PDB-2qgi: The UDP complex structure of the sixth gene product of the F1-ATP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qgi
タイトルThe UDP complex structure of the sixth gene product of the F1-ATPase operon of Rhodobacter blasticus
要素ATP synthase subunits region ORF 6
キーワードTRANSFERASE / MAJASTRIDIN / ATPASE OPERON / GLYCOSYL TRANSFERASE / ROSSMANN FOLD / UDP-COMPLEX
機能・相同性Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta / : / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / ATP synthase subunits region ORF 6
機能・相同性情報
生物種Rhodobacter blasticus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Enroth, C. / Strid, A.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of a protein, structurally related to glycosyltransferases, encoded in the Rhodobacter blasticus atp operon.
著者: Enroth, C. / Strid, A.
履歴
登録2007年6月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP synthase subunits region ORF 6
B: ATP synthase subunits region ORF 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,9555
ポリマ－57,4412
非ポリマー5143
水12,989721
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5340 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area21120 Å2
手法PISA
2
A: ATP synthase subunits region ORF 6
B: ATP synthase subunits region ORF 6
ヘテロ分子

A: ATP synthase subunits region ORF 6
B: ATP synthase subunits region ORF 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,91010
ポリマ－114,8824
非ポリマー1,0286
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area15230 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area37700 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)123.370, 89.928, 69.572
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-426-

HOH

21B-958-

HOH

31B-985-

HOH

詳細The assymmetric unit contains one biological unit, i.e. a dimer.

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要素

#1: タンパク質 ATP synthase subunits region ORF 6


分子量: 28720.590 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodobacter blasticus (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P05449
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / コメント: UDP*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 721 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.37 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 100mM sodium citrate (pH6.0) and 75mM magnesium acetate. Mixed 4+4ul with protein sample, hanging drop, vapor diffusion, temperature 298K., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-2 / 波長: 1.043 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.043 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→20 Å / Num. obs: 93646 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 18.1 Å2 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 16.7
反射 シェル解像度: 1.65→1.74 Å / 冗長度: 6.1 % / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Num. unique all: 13554 / Rsym value: 0.388 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALACCP4_3.2.17データスケーリング
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
MOSFLMデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2NXV

2nxv


解像度: 1.65→12.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 2.352 / SU ML: 0.042 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.07 / ESU R Free: 0.072 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.184 4687 5 %RANDOM
Rwork0.159 ---
obs0.16 93484 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.201 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å20 Å20 Å2
2---0.03 Å20 Å2
3---0.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→12.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4040 0 27 721 4788
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0260.0214178
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1041.9415652
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0545494
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.49322.314229
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.83815667
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.1311546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2740.2565
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.023317
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2150.21971
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3110.22834
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1510.2557
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.240.282
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2180.241
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5141.52520
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.1523922
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.48331897
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.3064.51730
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.692 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 361 -
Rwork0.228 6404 -
obs-6765 100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1864-0.0310.10690.27420.01140.2784-0.0006-0.08130.0192-0.0569-0.0246-0.00880.0138-0.00490.0252-0.0064-0.0046-0.012-0.01250.0047-0.022486.4641.58711.173
20.2782-0.0091-0.15760.2697-0.00330.3260.05140.0682-0.02050.0461-0.0763-0.0151-0.0013-0.01710.0249-0.00530.0043-0.0006-0.01570.0057-0.022786.147-5.083-16.558
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA2 - 2491 - 248
2X-RAY DIFFRACTION2BB2 - 2491 - 248

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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