PDB-2qgd: Human transthyretin (TTR) complexed with 2-(3,5-Dibromo-4-hydroxy...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2qgd

タイトル

Human transthyretin (TTR) complexed with 2-(3,5-Dibromo-4-hydroxyphenyl)benzoxazole

要素

Transthyretin

キーワード

Hormone/Growth Factor / Transthyretin / Tetramer / Amyloidogenesis Inhibitors / Hormone-Growth Factor COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

Retinoid cycle disease events / thyroid hormone binding / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / purine nucleobase metabolic process / Non-integrin membrane-ECM interactions / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Connelly, S. / Wilson, I.A.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2008
タイトル: Biochemical and structural evaluation of highly selective 2-arylbenzoxazole-based transthyretin amyloidogenesis inhibitors.
著者: Johnson, S.M. / Connelly, S. / Wilson, I.A. / Kelly, J.W.

履歴

登録	2007年6月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年2月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2qgd.cif.gz	112.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2qgd.ent.gz	86.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2qgd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qg/2qgd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qg/2qgd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2qgbC 2qgcC 2qgeC 2fbrS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3cn0-1 4his-1 5jim-1 4pwj-1 5cn3-1 4ydm-1 3imt-1 5u48-1 4fi8-1 4qxv-1 1e5a-1 5u4c-1 4pwk-1 3cn1-1 3cn2-1 5e4a-1 3kgu-1 4ky2-1 3cn3-1 3djt-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (14) #189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (9) #267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (1) #237 - 2019年9月ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#37 - 2003年1月
血清アルブミン (Serum Albumin)
類似性 (14)
#189 - 2015年9月
アミロイド (Amyloids)
類似性 (9)
#267 - 2022年3月
血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF)
類似性 (1)
#237 - 2019年9月
ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Transthyretin

B: Transthyretin

ヘテロ分子

28.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Transthyretin

B: Transthyretin

ヘテロ分子

A: Transthyretin

B: Transthyretin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.945, 85.001, 65.097
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-200- MR5
2	1	A-200- MR5
3	1	A-200- MR5
4	1	A-200- MR5
5	1	B-201- MR5
6	1	B-201- MR5
7	1	B-201- MR5

#1: タンパク質	Transthyretin / Prealbumin / TBPA / TTR / ATTR 分子量: 13777.360 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TTR, PALB / プラスミド: pmmHA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Epicurean Gold / 参照: UniProt: P02766
#2: 化合物	ChemComp-MR5 / 4-(1,3-BENZOXAZOL-2-YL)-2,6-DIBROMOPHENOL / 2-(3,5-DIBROMO-4-HYDROXYPHENYL)BENZOXAZOLE 分子量: 369.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₇Br₂NO₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.91 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: The WT-TTR was concentrated to 4 mg/mL in 10 mM NaPi, 100 mM KCl, at pH 7.6 and co-crystallized at room temperature with inhibitors using the vapor-diffusion sitting drop method. Crystals ...詳細: The WT-TTR was concentrated to 4 mg/mL in 10 mM NaPi, 100 mM KCl, at pH 7.6 and co-crystallized at room temperature with inhibitors using the vapor-diffusion sitting drop method. Crystals were grown from 1.395 M sodium citrate, 3.5% v/v glycerol at pH 5.5. The crystals were frozen using a cryo-protectant solution of 1.395 M sodium citrate, pH 5.5, containing 10% v/v glycerol., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K

結晶

マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.91 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: The WT-TTR was concentrated to 4 mg/mL in 10 mM NaPi, 100 mM KCl, at pH 7.6 and co-crystallized at room temperature with inhibitors using the vapor-diffusion sitting drop method. Crystals ...

-
データ収集

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.912 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年1月11日
詳細: Flat mirror (vertical focusing); single crystal Si(111) bent monochromator (ho rizontal focusing)

放射

モノクロメーター: Side scattering bent cube-root I-beam single crystal; asymmetric cut 4.965 degs
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.912 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 14.5 % / Av σ(I) over netI: 11 / 数: 557366 / R_merge(I) obs: 0.062 / Χ²: 1.05 / D res high: 1.5 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 38438 / % possible obs: 99.9

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
3.7	50	98.8	1	0.033	0.997	13.2
2.94	3.7	100	1	0.038	1.032	14.1
2.56	2.94	100	1	0.05	0.988	14.5
2.33	2.56	100	1	0.063	1.041	14.7
2.16	2.33	100	1	0.066	0.996	14.7
2.04	2.16	100	1	0.077	1.065	14.7
1.93	2.04	100	1	0.093	1.056	14.7
1.85	1.93	100	1	0.122	1.11	14.7
1.78	1.85	100	1	0.182	1.084	14.7
1.72	1.78	100	1	0.248	1.084	14.7
1.66	1.72	100	1	0.313	1.087	14.7
1.62	1.66	100	1	0.375	1.064	14.6
1.57	1.62	100	1	0.441	1.065	14.6
1.53	1.57	100	1	0.541	1.057	14.6
1.5	1.53	100	1	0.67	1.047	14.5

反射

解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 38438 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 14.5 % / B_iso Wilson estimate: 17.3 Å² / R_sym value: 0.062 / Χ²: 1.052 / Net I/σ(I): 11

反射シェル

解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 14.5 % / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Num. unique all: 2511 / R_sym value: 0.67 / Χ²: 1.047 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Human Transthyretin PDB 2FBR

2fbr

解像度: 1.5→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / SU B: 2.188 / SU ML: 0.039 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.083 / ESU R Free: 0.072 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.199	1924	5 %	RANDOM
R_work	0.16	-	-	-
obs	0.162	38380	99.32 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.181 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.28 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.21 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1773	0	36	142	1951

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.022	1973
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	1298
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.757	1.968	2718
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.932	3.001	3171
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.037	5	261
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.067	23.953	86
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.986	15	310
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.412	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.111	0.2	300
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2245
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	401
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.199	0.2	325
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.203	0.2	1248
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	922
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.088	0.2	1059
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.145	0.2	88
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.154	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.172	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.151	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.521	1.5	1549
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.925	1.5	482
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.02	2	1967
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.419	3	945
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.385	4.5	736
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.282	3	4113
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	9.974	3	142
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	4.782	3	3203

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.543 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.238	122	-
R_work	0.15	2491	-
obs	-	2613	92.53 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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