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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2qfg | ||||||
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タイトル | Solution Structure of the N-terminal SCR-1/5 fragment of Complement Factor H. | ||||||
要素 | Complement factor H | ||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM / X-ray scattering / complement / SCR domain / Factor H / Age-related macular degeneration / Complement alternate pathway / Disease mutation / Glycoprotein / Immune response / Innate immunity / Sushi | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of complement activation, alternative pathway / symbiont cell surface / complement component C3b binding / regulation of complement-dependent cytotoxicity / regulation of complement activation / heparan sulfate proteoglycan binding / serine-type endopeptidase complex / complement activation, alternative pathway / complement activation / Regulation of Complement cascade ...regulation of complement activation, alternative pathway / symbiont cell surface / complement component C3b binding / regulation of complement-dependent cytotoxicity / regulation of complement activation / heparan sulfate proteoglycan binding / serine-type endopeptidase complex / complement activation, alternative pathway / complement activation / Regulation of Complement cascade / heparin binding / blood microparticle / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 溶液散乱 | ||||||
データ登録者 | Okemefuna, A.I. / Gilbert, H.E. / Griggs, K.M. / Ormsby, R.J. / Gordon, D.L. / Perkins, S.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008 タイトル: The regulatory SCR-1/5 and cell surface-binding SCR-16/20 fragments of factor H reveal partially folded-back solution structures and different self-associative properties. 著者: Okemefuna, A.I. / Gilbert, H.E. / Griggs, K.M. / Ormsby, R.J. / Gordon, D.L. / Perkins, S.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2qfg.cif.gz | 86.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2qfg.ent.gz | 57.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2qfg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2qfg_validation.pdf.gz | 320.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2qfg_full_validation.pdf.gz | 324.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2qfg_validation.xml.gz | 2.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2qfg_validation.cif.gz | 23.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qf/2qfg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qf/2qfg | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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モデル数 | 9 |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35434.668 Da / 分子数: 1 / 断片: SCR domains 1-5 (residues 19-322) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 解説: Protein was purified by Nickel affinity and size exclusion chromatography. 遺伝子: CFH, HF, HF1, HF2 / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): X33 / 参照: UniProt: P08603 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液散乱 |
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-データ収集
検出器 | 日付: 2006年5月24日 |
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放射 | モノクロメーター: MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
Soln scatter | タイプ: x-ray Buffer name: 137 MM NACL 2.5 MM KCL 8.1 MM NA2HPO4 1.5 MM KH2PO4 Conc. range: 0.21-0.84 / Data analysis software list: SCTPL7, GNOM / Data reduction software list: MULTICCD / 検出器タイプ: FRELON CCD CAMERA / Mean guiner radius: 4.26 nm / Mean guiner radius esd: 0.16 nm / Min mean cross sectional radii gyration: 1.46 nm / Min mean cross sectional radii gyration esd: 0.08 nm / Num. of time frames: 10 / Protein length: 1 / Sample pH: 7.3 / Source beamline: IDO2 / Source class: Y / Source type: ESRF GRENOBLE / 温度: 296 K |
-解析
ソフトウェア |
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精密化ステップ | サイクル: LAST
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Soln scatter model | 詳細: TWELVE SOLUTION STRUCTURES ARE DEPOSITED. THE FIRST OF THESE CORRESPONDS TO THE BEST-FIT STRUCTURE IN THE PRIMARY CITATION, WHILE THE OTHER ELEVEN CORRESPOND TO THOSE ADDITIONALLY SHOWN IN ...詳細: TWELVE SOLUTION STRUCTURES ARE DEPOSITED. THE FIRST OF THESE CORRESPONDS TO THE BEST-FIT STRUCTURE IN THE PRIMARY CITATION, WHILE THE OTHER ELEVEN CORRESPOND TO THOSE ADDITIONALLY SHOWN IN FIGURE 11(A) OF THE PRIMARY CITATION Num. of conformers submitted: 12 / 代表コンフォーマー: 1 / Software list: INSIGHT II, SCTPL7, GNOM |