PDB-2qff: Crystal structure of Staphylococcal Complement Inhibitor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2qff

タイトル

Crystal structure of Staphylococcal Complement Inhibitor

要素

Hypothetical protein

キーワード

Hydrolase Inhibitor / Complement / Inhibitor / Inflammation / Bacterial / Molecular Biology

機能・相同性

機能・相同性情報

extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Milder, F.J. / Rooijakkers, S.H.M. / Bardoel, B.W. / Ruyken, M. / Van Strijp, J.A.G. / Gros, P.

引用

ジャーナル: J.Immunol. / 年: 2007
タイトル: Staphylococcal complement inhibitor: structure and active sites.
著者: Rooijakkers, S.H. / Milder, F.J. / Bardoel, B.W. / Ruyken, M. / van Strijp, J.A. / Gros, P.

履歴

登録	2007年6月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年9月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description ...Advisory / Refinement description / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2qff.cif.gz	27.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2qff.ent.gz	18.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2qff.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qf/2qff ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qf/2qff	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5z1v-2 1p68-d 2xvt-3 2xvt-4 3t48-2 2a3d-d 2xvt-8 2xvt-5 1h3l-1 3aqe-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Hypothetical protein

9.53 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	23.017, 42.775, 63.910
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Hypothetical protein 分子量: 9533.494 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌) 生物種: Staphylococcus aureus / 株: MRSA252 / 遺伝子: YP_041408/SAR2035 / プラスミド: prSETB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Star (DE3) / 参照: UniProt: Q2FFF8, UniProt: Q6GFB4*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 25.46 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: protein solution: 24 mg/ml SCIN in 50 mM NaCl, 20 mM TRIS, pH 8.0 well solution: 35% (w/v) PEG 1000, 0.1 M PCB-buffer (0.04 M sodium propionate, 0.02 M sodium cacodylate, 0.04 M bis-tris- ...詳細: protein solution: 24 mg/ml SCIN in 50 mM NaCl, 20 mM TRIS, pH 8.0 well solution: 35% (w/v) PEG 1000, 0.1 M PCB-buffer (0.04 M sodium propionate, 0.02 M sodium cacodylate, 0.04 M bis-tris-propane) pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

結晶

マシュー密度: 1.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 25.46 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: protein solution: 24 mg/ml SCIN in 50 mM NaCl, 20 mM TRIS, pH 8.0 well solution: 35% (w/v) PEG 1000, 0.1 M PCB-buffer (0.04 M sodium propionate, 0.02 M sodium cacodylate, 0.04 M bis-tris- ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9793, 0.9795, 0.9763

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月15日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9793	1
2	0.9795	1
3	0.9763	1

反射

解像度: 1.8→40 Å / Num. obs: 6281 / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 19.5

反射シェル

解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 7.5 % / R_merge(I) obs: 0.425 / Mean I/σ(I) obs: 3.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.3.0008	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.8→35.56 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / SU B: 6.349 / SU ML: 0.1 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.166 / ESU R Free: 0.138 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2259	294	4.7 %	RANDOM
R_work	0.20113	-	-	-
obs	0.20221	5952	99.87 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.935 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.03 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.68 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.71 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→35.56 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	607	0	0	42	649

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.022	633
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.792	1.999	847
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.311	5	76
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.603	26.667	30
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.996	15	138
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	0.364	15	1
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.064	0.2	92
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	460
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.175	0.2	302
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.288	0.2	454
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.09	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.15	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.22	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.308	1.5	399
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.478	2	603
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.942	3	279
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.528	4.5	243

LS精密化シェル

最高解像度: 1.8 Å / Num. reflection R_work: 430 / Total num. of bins used: 20

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	13.1395	-13.5559	-2.517	31.362	-0.7993	6.7009	0.5868	0.6459	1.0103	-1.3641	-0.2369	-0.8357	-0.8628	0.2294	-0.3498	0.195	-0.1616	0.0762	0.0516	0.0339	-0.0844	17.0587	26.5976	2.6182
2	6.2518	-4.6797	2.8155	16.6885	-18.1081	22.8178	0.0912	0.4367	-0.4053	-0.2672	-0.1255	-0.6108	0.1999	0.2934	0.0343	-0.1073	-0.0035	0.0251	-0.0189	-0.1168	-0.0055	23.246	6.9668	7.818
3	6.0561	-3.2268	5.2422	12.1928	-7.6241	11.4972	-0.106	0.0106	-0.2945	-0.1596	0.078	-0.0197	0.2738	-0.0378	0.0281	-0.1075	-0.0088	0.0174	-0.0433	-0.0308	-0.0018	15.7755	5.8877	13.2328
4	17.4137	-4.5347	5.8099	25.7137	-9.6101	11.628	-0.1549	0.8861	-0.5024	-1.8391	0.4367	0.7721	0.669	-0.2151	-0.2818	0.171	-0.0863	-0.1448	0.0642	-0.0349	-0.0337	8.9477	17.5533	2.4555
5	12.1841	-5.6412	3.6815	13.7706	-4.0284	8.261	-0.224	-0.1491	0.1181	-0.496	0.5103	0.4845	-0.2918	-0.4345	-0.2863	-0.0372	-0.0393	-0.0515	-0.0444	0.0104	-0.0242	10.9417	22.7546	10.0372
6	11.2298	-8.6082	7.2111	14.3875	-5.0723	5.8601	-0.2329	-0.1734	0.1365	0.3598	0.1306	-0.3244	-0.1739	-0.036	0.1022	-0.0675	-0.0253	0.0075	-0.0467	-0.0139	-0.0289	23.9075	12.7487	15.8854

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	9 - 24
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	25 - 36
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	37 - 48
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	49 - 58
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	59 - 70
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	71 - 82

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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