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- PDB-2qfb: Crystal structure of the regulatory domain of human RIG-I with bo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qfb
タイトルCrystal structure of the regulatory domain of human RIG-I with bound Zn
要素Probable ATP-dependent RNA helicase DDX58
キーワードHYDROLASE / Zinc finger / Alternative splicing / Antiviral defense / ATP-binding / Helicase / Immune response / Innate immunity / Interferon induction / Nucleotide-binding / Polymorphism / RNA-binding / Ubl conjugation
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of type III interferon production / RIG-I signaling pathway / positive regulation of myeloid dendritic cell cytokine production / OAS antiviral response / detection of virus / NF-kB activation through FADD/RIP-1 pathway mediated by caspase-8 and -10 / positive regulation of response to cytokine stimulus / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / TRAF6 mediated IRF7 activation ...regulation of type III interferon production / RIG-I signaling pathway / positive regulation of myeloid dendritic cell cytokine production / OAS antiviral response / detection of virus / NF-kB activation through FADD/RIP-1 pathway mediated by caspase-8 and -10 / positive regulation of response to cytokine stimulus / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / TRAF6 mediated IRF7 activation / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / pattern recognition receptor activity / cellular response to exogenous dsRNA / RSV-host interactions / response to exogenous dsRNA / TRAF6 mediated NF-kB activation / positive regulation of interferon-alpha production / bicellular tight junction / positive regulation of defense response to virus by host / antiviral innate immune response / positive regulation of interferon-beta production / regulation of cell migration / positive regulation of interleukin-8 production / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / Evasion by RSV of host interferon responses / response to virus / ISG15 antiviral mechanism / positive regulation of interleukin-6 production / ruffle membrane / positive regulation of tumor necrosis factor production / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / Ovarian tumor domain proteases / actin cytoskeleton / double-stranded RNA binding / TRAF3-dependent IRF activation pathway / double-stranded DNA binding / gene expression / defense response to virus / single-stranded RNA binding / RNA helicase activity / Ub-specific processing proteases / RNA helicase / ribonucleoprotein complex / innate immune response / ubiquitin protein ligase binding / positive regulation of gene expression / GTP binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RIG-I-like receptor, C-terminal regulatory domain / RIG-I, CARD domain repeat 2 / Metal Binding Protein, Guanine Nucleotide Exchange Factor; Chain A / RIG-I-like receptor, C-terminal / RIG-I receptor C-terminal domain / RIG-I-like receptor, C-terminal regulatory domain / RIG-I-like receptor, C-terminal domain superfamily / : / C-terminal domain of RIG-I / RIG-I-like receptor (RLR) C-terminal regulatory (CTR) domain profile. ...RIG-I-like receptor, C-terminal regulatory domain / RIG-I, CARD domain repeat 2 / Metal Binding Protein, Guanine Nucleotide Exchange Factor; Chain A / RIG-I-like receptor, C-terminal / RIG-I receptor C-terminal domain / RIG-I-like receptor, C-terminal regulatory domain / RIG-I-like receptor, C-terminal domain superfamily / : / C-terminal domain of RIG-I / RIG-I-like receptor (RLR) C-terminal regulatory (CTR) domain profile. / Caspase recruitment domain / Caspase recruitment domain / Death-like domain superfamily / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Beta Complex / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Antiviral innate immune response receptor RIG-I
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Cui, S. / Lammens, A. / Lammens, K. / Hopfner, K.P.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2008
タイトル: The C-Terminal Regulatory Domain Is the RNA 5'-Triphosphate Sensor of RIG-I.
著者: Cui, S. / Eisenacher, K. / Kirchhofer, A. / Brzozka, K. / Lammens, A. / Lammens, K. / Fujita, T. / Conzelmann, K.K. / Krug, A. / Hopfner, K.P.
履歴
登録2007年6月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX58
B: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX58
C: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX58
D: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX58
E: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX58
F: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX58
G: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX58
H: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX58
I: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX58
J: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX58
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,18920
ポリマ－168,53510
非ポリマー65410
水88349
1
A: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX58
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9192
ポリマ－16,8531
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX58
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9192
ポリマ－16,8531
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX58
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9192
ポリマ－16,8531
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX58
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9192
ポリマ－16,8531
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX58
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9192
ポリマ－16,8531
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX58
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9192
ポリマ－16,8531
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
G: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX58
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9192
ポリマ－16,8531
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
H: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX58
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9192
ポリマ－16,8531
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
9
I: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX58
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9192
ポリマ－16,8531
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
10
J: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX58
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9192
ポリマ－16,8531
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.900, 76.600, 139.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.30, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細the biological assembly is a monomer

-
要素

#1: タンパク質
Probable ATP-dependent RNA helicase DDX58 / DEAD-box protein 58 / Retinoic acid-inducible gene 1 protein / RIG-1 / RIG-I


分子量: 16853.498 Da / 分子数: 10 / 断片: Regulatory domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDX58 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Rosetta
参照: UniProt: O95786, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.27 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 10
詳細: 0.1 M CHES, 18% w/v PEG 8000, pH 10.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月9日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. all: 40897 / Num. obs: 40897 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.54 % / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 8.97
反射 シェル解像度: 3→3.18 Å / 冗長度: 2.55 % / Mean I/σ(I) obs: 2.13 / Num. unique all: 5886 / Rsym value: 0.445 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
PHASER位相決定
CNS1.1精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2QFD

2qfd


解像度: 3→50 Å / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.285 4111 -RANDOM
Rwork0.248 ---
all0.257 40897 --
obs0.257 40897 98.2 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9980 0 10 49 10039
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.52
LS精密化 シェル解像度: 3→3.18 Å / Num. reflection obs: 6606

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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