PDB-2qf0: Structure of the delta PDZ truncation of the DegS protease

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2qf0

タイトル

Structure of the delta PDZ truncation of the DegS protease

要素

Protease degS

キーワード

HYDROLASE / DegS / protease / periplasmic stress sensor / Htra / allosteric activation

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidase Do / cellular response to misfolded protein / serine-type peptidase activity / peptidase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Sohn, J. / Grant, R.A. / Sauer, R.T.

引用

ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2007
タイトル: Allosteric activation of DegS, a stress sensor PDZ protease.
著者: Sohn, J. / Grant, R.A. / Sauer, R.T.

履歴

登録	2007年6月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年12月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2024年10月9日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2qf0.cif.gz	348 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2qf0.ent.gz	283.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2qf0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2qf0_validation.pdf.gz	506.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2qf0_full_validation.pdf.gz	548.3 KB	表示
XML形式データ	2qf0_validation.xml.gz	77.8 KB	表示
CIF形式データ	2qf0_validation.cif.gz	100.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qf/2qf0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qf/2qf0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2qf3C 2qgrC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2qf3-d 2rce-2 3lgv-1 2rce-3 3lh3-2 2zw7-d 3lh3-3 3lgv-3 2zw5-d 3lgv-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#232 - 2019年4月タンパク質と生体鉱物 (Proteins and Biominerals) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protease degS

B: Protease degS

C: Protease degS

D: Protease degS

E: Protease degS

F: Protease degS

G: Protease degS

H: Protease degS

I: Protease degS

237 kDa, 9 ポリマー
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1

A: Protease degS

B: Protease degS

C: Protease degS

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
79 kDa, 3 ポリマー
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2

D: Protease degS

E: Protease degS

F: Protease degS

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
79 kDa, 3 ポリマー
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3

G: Protease degS

H: Protease degS

I: Protease degS

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
79 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	72.168, 132.974, 229.330
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Protease degS 分子量: 26322.029 Da / 分子数: 9 / 断片: residues 27-256 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: degS, hhoB, htrH / プラスミド: pET21B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): X90(DE3) 参照: UniProt: P0AEE3, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 412 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.02 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 50 mM NaCacodylate pH 6.5, 150 mM NaCitrate, 18% isopropanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 93 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月20日 / 詳細: crystal monochromometer

放射

モノクロメーター: crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97918 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 6 % / Av σ(I) over netI: 9.7 / 数: 868887 / R_merge(I) obs: 0.099 / Χ²: 1.55 / D res high: 2.5 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 145473 / % possible obs: 99.2

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
5.38	50	99.6	1	0.056	1.889	7.1
4.27	5.38	99.9	1	0.072	2.142	7.3
3.73	4.27	99.9	1	0.091	1.902	7.4
3.39	3.73	99.9	1	0.122	1.772	7
3.15	3.39	100	1	0.151	1.371	6.8
2.96	3.15	100	1	0.179	1.198	6.4
2.82	2.96	100	1	0.237	1.008	5.8
2.69	2.82	99.9	1	0.33	0.925	5.1
2.59	2.69	99.2	1	0.423	1.371	3.9
2.5	2.59	94.1	1	0.439	1.136	2.8

反射

解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 145473 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6 % / B_iso Wilson estimate: 37.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 9.7

反射シェル

解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.439 / % possible all: 94.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
CNS	1.1	精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
HKL-2000		データ削減
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.5→42.53 Å / R_factor R_free error: 0.003 / Data cutoff high absF: 81923.24 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.257	6824	4.9 %	RANDOM
R_work	0.207	-	-	-
obs	0.207	138297	94 %	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 30.9829 Å² / k_sol: 0.302849 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 50 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.4 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.48 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.08 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.36 Å	0.29 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.3 Å	0.27 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→42.53 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13440	0	0	412	13852

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.006
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.3
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	25.5
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	0.78
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.66 Å / R_factor R_free error: 0.011 / Total num. of bins used: 6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.312	870	4.4 %
R_work	0.277	18734	-
obs	-	-	79.8 %

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	protein_rep.param	protein.top
X-RAY DIFFRACTION	2	water_rep.param	water.top

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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