PDB-2qeu: Crystal structure of putative carboxymuconolactone decarboxylase ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2qeu

タイトル

Crystal structure of putative carboxymuconolactone decarboxylase (YP_555818.1) from Burkholderia xenovorans LB400 at 1.65 A resolution

要素

Putative carboxymuconolactone decarboxylase

キーワード

LYASE / YP_555818.1 / Putative carboxymuconolactone decarboxylase / Carboxymuconolactone decarboxylase family / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2

機能・相同性

機能・相同性情報

peroxiredoxin activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia xenovorans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Putative carboxymuconolactone decarboxylase (YP_555818.1) from Burkholderia xenovorans LB400 at 1.65 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2007年6月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年7月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.4	2019年7月24日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: software / struct_conn Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.5	2023年1月25日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.6	2024年10月30日	Group: Data collection / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

Remark 999

SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2qeu.cif.gz	107.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2qeu.ent.gz	83.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2qeu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qe/2qeu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qe/2qeu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3bzw-2 3wia-1 3sjd-1 6p0e-d 1st0-d 1e60-1 6trq-2 4qde-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 370496

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative carboxymuconolactone decarboxylase

B: Putative carboxymuconolactone decarboxylase

C: Putative carboxymuconolactone decarboxylase

ヘテロ分子

48.6 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative carboxymuconolactone decarboxylase

B: Putative carboxymuconolactone decarboxylase

C: Putative carboxymuconolactone decarboxylase

ヘテロ分子

A: Putative carboxymuconolactone decarboxylase

B: Putative carboxymuconolactone decarboxylase

C: Putative carboxymuconolactone decarboxylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
97.1 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.173, 71.173, 325.501
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 9 - 137 / Label seq-ID: 10 - 138

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B
3	C	C

#1: タンパク質	Putative carboxymuconolactone decarboxylase 分子量: 15732.073 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia xenovorans (バクテリア) 株: LB400 / 遺伝子: YP_555818.1, Bxeno_C0540, Bxe_C0569 / プラスミド: speedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q13HH1
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 410 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.2 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.57 詳細: NANODROP, 23.4% PEG 4000, 15.0% Glycerol, 0.17M Ammonium acetate, 0.1M Citric acid pH 5.57, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.91837, 0.97903, 0.97920

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月3日 / 詳細: Flat collimating mirror, toroid focusing mirror

放射

モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.91837	1
2	0.97903	1
3	0.9792	1

反射

解像度: 1.65→29.761 Å / Num. obs: 60310 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.6 % / B_iso Wilson estimate: 17.94 Å² / R_merge(I) obs: 0.147 / R_sym value: 0.147 / Net I/σ(I): 13.8

反射シェル

R_merge(I) obs: 0.012 / Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.65-1.69	10.8	2	46945	4353	1.24	100
1.69-1.74	10.8	0.7	45729	4235	1.064	100
1.74-1.79	10.8	0.9	44324	4116	0.837	100
1.79-1.84	10.8	1.1	43523	4027	0.7	100
1.84-1.91	10.8	1.3	42125	3902	0.581	100
1.91-1.97	10.8	1.6	40984	3791	0.468	100
1.97-2.05	10.8	2.2	39497	3658	0.355	100
2.05-2.13	10.8	2.8	37937	3528	0.268	100
2.13-2.22	10.8	3.4	36693	3409	0.222	100
2.22-2.33	10.8	4.2	34911	3241	0.179	100
2.33-2.46	10.7	4.5	33591	3130	0.163	100
2.46-2.61	10.7	5	31470	2943	0.144	100
2.61-2.79	10.6	5.4	29551	2784	0.128	100
2.79-3.01	10.6	5.9	27662	2619	0.116	100
3.01-3.3	10.4	7	25391	2431	0.094	100
3.3-3.69	10.4	8.1	22943	2211	0.077	100
3.69-4.26	10.2	9	20247	1984	0.067	100
4.26-5.22	9.9	9	16992	1718	0.064	100
5.22-7.38	9.6	8.6	13233	1380	0.072	100
7.38-29.761	8.5	8.4	7206	850	0.062	98.4

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
PHENIX		精密化
SHELX		位相決定
MolProbity	3beta29	モデル構築
SCALA		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3	データ抽出
MAR345	CCD	データ収集
MOSFLM		データ削減
SHELXD		位相決定
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.65→29.761 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.963 / SU B: 3.175 / SU ML: 0.053 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.077 / ESU R Free: 0.078
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18	3039	5.1 %	RANDOM
R_work	0.152	-	-	-
obs	0.154	60156	99.97 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 9.037 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.51 Å²	0.25 Å²	0 Å²
2-	-	0.51 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.76 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→29.761 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3025	0	91	410	3526

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	3415
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2298
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.764	2.003	4632
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.054	3	5640
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.428	5	441
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.898	23.852	135
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.702	15	598
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.408	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.1	0.2	511
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3867
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	656
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.235	0.2	896
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.19	0.2	2467
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	1720
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.085	0.2	1577
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.194	0.2	338
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.059	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.353	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.28	0.2	87
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.195	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.873	3	2239
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.511	3	859
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.477	5	3420
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.947	8	1367
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.126	11	1212

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 1537 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	LOOSE POSITIONAL	0.37	5
2	B	LOOSE POSITIONAL	0.4	5
3	C	LOOSE POSITIONAL	0.29	5
1	A	LOOSE THERMAL	2.87	10
2	B	LOOSE THERMAL	4.85	10
3	C	LOOSE THERMAL	3.25	10

LS精密化シェル

解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.289	241	-
R_work	0.225	4104	-
obs	-	4345	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.948	0.0626	0.4717	0.4553	0.3198	1.6033	0.0216	-0.1801	-0.027	0.1574	-0.0236	0.0591	-0.0153	-0.2432	0.002	-0.0128	0.023	0.0305	-0.0222	0.0254	-0.0446	62.7096	7.4377	19.1155
2	0.2173	0.1576	0.0611	1.2486	0.2681	1.0213	-0.03	-0.0147	-0.0443	0.0928	-0.0556	0.2856	0.2795	-0.4095	0.0856	-0.0358	-0.1091	0.0245	0.0448	0.005	0.0176	50.4912	-15.0419	-0.7459
3	0.4067	-0.0681	0.1515	0.9814	0.5772	1.4453	-0.0138	-0.0055	-0.0582	0.1235	0.1043	-0.0671	0.2822	0.2048	-0.0906	0.0021	0.0504	-0.0142	-0.0529	0.0057	-0.0364	81.9569	-11.6037	2.2024

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	7 - 138	8 - 139
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	8 - 140	9 - 141
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	7 - 138	8 - 139

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関連情報:EMDBヘッダ

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