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- PDB-2qe7: Crystal structure of the f1-atpase from the thermoalkaliphilic ba... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qe7
タイトルCrystal structure of the f1-atpase from the thermoalkaliphilic bacterium bacillus sp. ta2.a1
要素
  • ATP synthase subunit alpha
  • ATP synthase subunit beta
  • ATP synthase subunit epsilon
  • ATP synthase subunit gamma
キーワードHYDROLASE / blockage of ATP hydrolysis / F1-ATPase / ATP synthase / single particle analysis / thermoalkaliphilic
機能・相同性
機能・相同性情報


proton motive force-driven plasma membrane ATP synthesis / proton-transporting ATP synthase complex, catalytic core F(1) / H+-transporting two-sector ATPase / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / ADP binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
ATP synthase delta/epsilon subunit, C-terminal domain / ATP Synthase; domain 1 / F0F1 ATP synthase delta/epsilon subunit, N-terminal / ATP synthase, F1 complex, gamma subunit / ATP synthase delta/epsilon subunit, C-terminal domain / ATP synthase, Delta/Epsilon chain, long alpha-helix domain / ATP synthase alpha/beta chain, C-terminal domain / Lysin / Thrombin, subunit H - #170 / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 - #20 ...ATP synthase delta/epsilon subunit, C-terminal domain / ATP Synthase; domain 1 / F0F1 ATP synthase delta/epsilon subunit, N-terminal / ATP synthase, F1 complex, gamma subunit / ATP synthase delta/epsilon subunit, C-terminal domain / ATP synthase, Delta/Epsilon chain, long alpha-helix domain / ATP synthase alpha/beta chain, C-terminal domain / Lysin / Thrombin, subunit H - #170 / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 - #20 / Pyruvate Kinase; Chain: A, domain 1 / Bovine Mitochondrial F1-ATPase, ATP Synthase Beta Chain; Chain D, domain3 / Bovine Mitochondrial F1-atpase; Atp Synthase Beta Chain; Chain D, domain 3 / ATP synthase, gamma subunit, helix hairpin domain / ATP synthase, F1 complex, delta/epsilon subunit / ATP synthase, F1 complex, delta/epsilon subunit, N-terminal / F0F1 ATP synthase delta/epsilon subunit, N-terminal / ATP synthase, Delta/Epsilon chain, beta-sandwich domain / ATP synthase, F1 complex, gamma subunit conserved site / ATP synthase gamma subunit signature. / ATP synthase, F1 complex, beta subunit / ATP synthase, alpha subunit, C-terminal domain superfamily / : / ATP synthase, F1 complex, gamma subunit / ATP synthase, F1 complex, gamma subunit superfamily / ATP synthase / ATP synthase, alpha subunit, C-terminal / ATP synthase, F1 complex, alpha subunit / ATP synthase, F1 complex, alpha subunit nucleotide-binding domain / ATP synthase alpha/beta chain, C terminal domain / ATPase, F1/V1 complex, beta/alpha subunit, C-terminal / C-terminal domain of V and A type ATP synthase / ATP synthase subunit alpha, N-terminal domain-like superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain / ATP synthase alpha/beta family, beta-barrel domain / ATPase, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain, active site / ATP synthase alpha and beta subunits signature. / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain / ATP synthase alpha/beta family, nucleotide-binding domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix Hairpins / Thrombin, subunit H / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Up-down Bundle / Beta Barrel / Sandwich / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP synthase epsilon chain / ATP synthase subunit beta / ATP synthase gamma chain / ATP synthase subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.06 Å
データ登録者Stocker, A. / Keis, S. / Vonck, J. / Cook, G.M. / Dimroth, P.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2007
タイトル: The Structural Basis for Unidirectional Rotation of Thermoalkaliphilic F(1)-ATPase.
著者: Stocker, A. / Keis, S. / Vonck, J. / Cook, G.M. / Dimroth, P.
履歴
登録2007年6月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22013年5月8日Group: Refinement description
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP synthase subunit alpha
B: ATP synthase subunit alpha
C: ATP synthase subunit alpha
D: ATP synthase subunit beta
E: ATP synthase subunit beta
F: ATP synthase subunit beta
G: ATP synthase subunit gamma
H: ATP synthase subunit epsilon


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)362,7648
ポリマ－362,7648
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)123.210, 173.020, 218.050
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13D
23E
14D
24F

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111GLUGLUPROPROAA27 - 50027 - 500
211GLUGLUPROPROBB27 - 50027 - 500
122GLUGLUPROPROAA27 - 50027 - 500
222GLUGLUPROPROCC27 - 50027 - 500
133ASNASNLEULEUDD2 - 4622 - 462
233ASNASNLEULEUEE2 - 4622 - 462
144ASNASNLEULEUDD2 - 4622 - 462
244ASNASNLEULEUFF2 - 4622 - 462

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.001785, -0.971851, 0.235591), (0.247257, -0.227848, -0.94178), (0.968948, 0.059933, 0.23989)0.495249, -13.4137, -8.6946
3given(-0.01717, 0.262378, 0.964812), (-0.970925, -0.234808, 0.046576), (0.238766, -0.935961, 0.258781)10.6763, -2.23016, -9.43767
4given(-0.021542, -0.972552, 0.231685), (0.267291, -0.228906, -0.936033), (0.963375, 0.041763, 0.264885)0.128083, -12.7281, -6.78129
5given(0.004944, 0.261873, 0.96509), (-0.966448, -0.246603, 0.071865), (0.256814, -0.933065, 0.251867)11.2511, -0.401973, -9.31946
詳細The biological assembly consists of one single TA2F1 molecule with alpha3-beta3-gamma-epsilon subunit stoichiometry. The alpha3-beta3 core complex possesses pseudo three-fold symmetry and the asymmetric part of the molecule represented by subunits gamma and epsilon exists in three alternate conformations.

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要素

#1: タンパク質 ATP synthase subunit alpha


分子量: 55016.609 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus sp. (バクテリア) / 株: TA2.A1 / 遺伝子: atpA / プラスミド: pTrc99A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): RNE41(DE3) / 参照: UniProt: Q71CG5, EC: 3.6.1.34
#2: タンパク質 ATP synthase subunit beta


分子量: 50266.012 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus sp. (バクテリア) / 株: TA2.A1 / 遺伝子: atpD / プラスミド: pTrc99A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): RNE41(DE3) / 参照: UniProt: Q71CG3, EC: 3.6.1.34
#3: タンパク質 ATP synthase subunit gamma


分子量: 31932.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus sp. (バクテリア) / 株: TA2.A1 / 遺伝子: atpG / プラスミド: pTrc99A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): RNE41(DE3) / 参照: UniProt: Q71CG4, EC: 3.6.1.34
#4: タンパク質 ATP synthase subunit epsilon


分子量: 14983.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus sp. (バクテリア) / 株: TA2.A1 / 遺伝子: atpC / プラスミド: pTrc99A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): RNE41(DE3) / 参照: UniProt: Q71CG2, EC: 3.6.1.34

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.63 %
結晶化温度: 296 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 8.8
詳細: 1M LiCl, 0.1M Tris-HCl, 20% PEG 6000 , pH 8.8, MICRO-BATCH, temperature 296K

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.97954 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月14日 / 詳細: Dynamically bendable mirror
放射モノクロメーター: LN2 cooled fixed-exit Si(111) monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.06→50 Å / Num. obs: 90041 / % possible obs: 91.1 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 72.595 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.119 / Rsym value: 0.119 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 3.06→3.25 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.716 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Rsym value: 0.716 / % possible all: 74.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
MAR345dtbデータ収集
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BMF

1bmf


解像度: 3.06→39.997 Å / Isotropic thermal model: isotropic group / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): -3 / σ(I): -3 / 立体化学のターゲット値: ml
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.306 2094 2.5 %random
Rwork0.2519 ---
all-90041 --
obs-83712 94.61 %-
溶媒の処理Bsol: 137.521 Å2 / ksol: 0.271 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 77.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-22.643 Å2-0 Å2-0 Å2
2---7.208 Å20 Å2
3----15.435 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.06→39.997 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数24330 0 0 0 24330
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.662
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.059
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONf_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONf_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONf_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONf_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONf_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONf_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONf_scangle_it
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDNCS model detailsAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
11chain A & BAX-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.037
21chain A & CAX-RAY DIFFRACTIONB-FACTOR0.044
31chain D & EDX-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.046
41chain D & FDX-RAY DIFFRACTIONB-FACTOR0.037
LS精密化 シェル解像度: 3.06→3.1312 Å / Rfactor Rfree error: 0.062
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3993 137 -
Rwork0.3196 --
obs--93 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0952-0.25410.14970.71350.02521.8918-0.21010.157-0.04060.09750.12180.0885-0.0868-0.25710.0560.23510.06470.11590.4274-0.05260.3313-43.044130.9149-21.8949
21.0123-0.19770.7250.61820.6223-0.50140.2582-0.25850.02020.3630.09080.11130.44890.0531-0.33810.90210.26040.06270.54940.01710.2743-23.91821.41275.568
32.8197-1.46420.7912.37110.0602-2.5739-1.1061-2.0398-0.07651.92710.98320.12350.7374-0.9088-0.00762.2620.5420.2631.7879-0.01320.4853-32.61225.800517.5828
40.9527-0.4038-0.10940.6388-0.09540.82810.0264-0.09020.1112-0.0941-0.0456-0.12260.04790.0530.03360.2017-0.05690.05390.2393-0.00240.3415-2.652433.024-57.3203
50.2009-1.01381.00482.2709-0.54780.7113-0.05830.1932-0.46030.35650.1889-0.5828-0.0460.083-0.04740.16070.0073-0.14220.33850.03180.552315.696617.8409-36.7699
6-3.74441.17641.31024.1019-1.82194.3669-0.24850.6228-0.42720.4948-0.5032-1.9062-0.42911.40440.74370.4796-0.2268-0.50821.4046-0.15811.367935.047724.561-38.3527
70.3079-0.43560.00830.8784-0.92811.4726-0.1620.0539-0.0715-0.07220.11460.17310.2501-0.18860.07970.3283-0.13760.07770.3499-0.08950.4919-34.1965-10.964-52.5764
83.0965-0.60081.96373.1397-0.158-0.18310.0116-0.61130.15190.53150.2788-0.05740.1063-0.569-0.25610.9964-0.03060.12711.12190.09070.6716-11.6918-25.449-21.0794
91.7855-0.56380.4705-0.95320.80961.594-0.1679-0.0044-0.31350.2055-0.15620.33190.7538-0.08570.35210.4340.01340.3670.10390.07160.6796-20.2111-39.9221-34.4549
10-0.81660.05330.59381.98560.0080.6165-0.4202-0.0150.3324-0.14090.44520.5420.044-0.857-0.030.268-0.22540.10520.76-0.16770.4791-57.247512.054-51.8438
11-0.4035-0.0244-0.08190.2877-0.181.10890.0191-0.02310.0955-0.07990.09940.3030.049-0.7137-0.0670.243-0.16860.1380.6133-0.07490.5012-54.9327-1.2415-28.0737
120.86711.6493-0.74111.1953-0.52130.8216-0.1008-0.2043-0.75930.03860.0015-0.4542-0.13790.17680.30170.253-0.08660.13110.5998-0.13020.5575-43.65969.2288-31.0282
131.13590.52350.6569-0.2928-0.16340.69950.1403-0.216-0.33810.228-0.16310.03940.0959-0.1148-0.00360.7274-0.16970.1850.4520.08910.5016-37.8393-7.5708-3.2966
141.0002-0.26840.7779-0.02230.17551.3678-0.0075-0.17580.1808-0.1162-0.0576-0.0071-0.404-0.32950.13630.18260.0597-0.06980.2026-0.02430.3373-29.0151.7314-42.4981
150.9559-0.27090.86420.1084-0.34671.471-0.1654-0.10130.0255-0.0167-0.0751-0.2345-0.2499-0.16060.22070.18360.04160.00680.1796-0.04830.3172-13.569346.5921-25.8628
160.8676-1.03-0.4239-1.0760.28582.36060.1862-0.07160.32040.0535-0.1098-0.03790.45610.3364-0.25210.15760.079-0.04910.1109-0.09660.3351-14.829636.7448-37.1526
172.469-0.02661.61830.5767-0.5031.44010.2296-0.0929-0.40530.0321-0.0991-0.3070.0744-0.1019-0.13160.2627-0.0551-0.07880.205-0.04770.36945.633535.9092-12.6105
180.7928-0.7080.29111.5322-0.55131.0940.05070.0594-0.0393-0.6762-0.1032-0.08250.4775-0.09320.00760.4763-0.06490.09940.239-0.0990.3089-13.43687.0831-72.2745
191.3877-0.19130.111-0.1222-0.59350.82-0.13690.04820.2517-0.16880.0237-0.09980.1791-0.06650.09530.2413-0.04640.14670.1673-0.06990.2781-0.68210.3486-67.5873
201.1929-0.0847-0.65370.7538-0.53440.6228-0.1199-0.1403-0.0578-0.08570.06760.18120.09890.0891-0.02990.5103-0.0010.16730.3252-0.02430.3845-14.70332.9258-57.0975
210.975-1.0223-0.58661.24350.65530.7589-0.4043-0.2492-0.06360.29330.1020.25170.4040.17190.0470.41520.30130.28570.26370.07950.29799.4821-17.5207-46.0221
220.00740.0166-0.00980.00260.0159-0.0248-0.0204-0.0955-0.03380.116-0.04040.1037-0.0276-0.043-0.5591-0.2435-0.12290.2064-0.14650.1517-0.18190.4408-2.0647-10.7983
232.0144-0.5771-0.9130.2550.11280.71820.1777-0.3266-0.0454-0.1911-0.0914-0.06420.25050.18480.7899-0.56320.27070.4384-0.11160.1448-0.022517.6849-11.844910.2186
240.2773-0.19910.28270.4058-0.47870.70720.0967-0.03240.022-0.1509-0.1383-0.090.0101-0.13590.0626-0.27130.0990.16320.02610.10750.12336.7712-5.8947-2.8735
25-0.91510.2233-0.5131-0.469-0.2345-0.7072-0.0417-0.4387-0.12680.2705-0.4557-0.299-0.54760.84330.48430.9173-0.5184-0.44361.26920.48061.00724.3046-14.368514.4629
260.43310.4725-0.99230.50290.8595-0.01690.1642-0.3122-0.0310.58060.1925-0.06110.05610.3211-0.05360.54990.32320.04491.02360.63860.411128.3254-15.96218.9821
270.0964-0.15880.04430.18490.84811.29660.048-0.232-0.01720.2265-0.0098-0.25780.31070.3876-0.09730.5660.0133-0.25430.24230.24910.294622.404-13.306313.3544
280.21850.0626-0.12320.50960.25730.13450.0056-0.5421-0.18890.3391-0.22870.0961-0.30270.0662-0.05111.1482-0.5673-0.17691.01030.08190.430323.237-11.985514.8571
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA27 - 3641 - 338
2X-RAY DIFFRACTION2AA365 - 443339 - 417
3X-RAY DIFFRACTION3AA444 - 500418 - 474
4X-RAY DIFFRACTION4BB27 - 3211 - 295
5X-RAY DIFFRACTION5BB322 - 441296 - 415
6X-RAY DIFFRACTION6BB442 - 500416 - 474
7X-RAY DIFFRACTION7CC27 - 3801 - 354
8X-RAY DIFFRACTION8CC381 - 415355 - 389
9X-RAY DIFFRACTION9CC416 - 500399 - 474
10X-RAY DIFFRACTION10DD2 - 581 - 57
11X-RAY DIFFRACTION11DD59 - 24858 - 247
12X-RAY DIFFRACTION12DD249 - 309248 - 308
13X-RAY DIFFRACTION13DD310 - 462309 - 461
14X-RAY DIFFRACTION14EE2 - 1241 - 123
15X-RAY DIFFRACTION15EE125 - 259124 - 258
16X-RAY DIFFRACTION16EE260 - 310259 - 309
17X-RAY DIFFRACTION17EE311 - 462310 - 461
18X-RAY DIFFRACTION18FF2 - 1581 - 157
19X-RAY DIFFRACTION19FF159 - 245158 - 244
20X-RAY DIFFRACTION20FF246 - 318245 - 317
21X-RAY DIFFRACTION21FF319 - 462318 - 461
22X-RAY DIFFRACTION22GG3 - 393 - 39
23X-RAY DIFFRACTION23GG40 - 19340 - 193
24X-RAY DIFFRACTION24GG217 - 266217 - 266
25X-RAY DIFFRACTION25HH1 - 201 - 20
26X-RAY DIFFRACTION26HH21 - 6621 - 66
27X-RAY DIFFRACTION27HH67 - 9467 - 94
28X-RAY DIFFRACTION28HH95 - 13595 - 135

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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