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- PDB-2qdy: Crystal Structure of Fe-type NHase from Rhodococcus erythropolis AJ270 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qdy
タイトルCrystal Structure of Fe-type NHase from Rhodococcus erythropolis AJ270
要素(Nitrile hydratase subunit ...) x 2
キーワードLYASE / nitrile hydratase / post translation
機能・相同性
機能・相同性情報


nitrile hydratase / nitrile hydratase activity / transition metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Nitrile Hydratase; Chain A / Nitrile hydratase alpha /Thiocyanate hydrolase gamma / Nitrile hydratase, beta subunit / Nitrile hydratase, alpha subunit / Nitrile hydratase, beta subunit / Nitrile hydratase beta subunit domain / Nitrile hydratase beta subunit, N-terminal / : / Nitrile hydratase beta subunit, C-terminal / Nitrile hydratase beta subunit, N-terminal ...Nitrile Hydratase; Chain A / Nitrile hydratase alpha /Thiocyanate hydrolase gamma / Nitrile hydratase, beta subunit / Nitrile hydratase, alpha subunit / Nitrile hydratase, beta subunit / Nitrile hydratase beta subunit domain / Nitrile hydratase beta subunit, N-terminal / : / Nitrile hydratase beta subunit, C-terminal / Nitrile hydratase beta subunit, N-terminal / Nitrile hydratase alpha subunit /Thiocyanate hydrolase gamma subunit / Nitrile hydratase alpha /Thiocyanate hydrolase gamma / Nitrile hydratase, alpha chain / Nitrile hydratase alpha /Thiocyanate hydrolase gamma superfamily / SH3 type barrels. - #50 / Electron transport accessory-like domain superfamily / Cyclin A; domain 1 / SH3 type barrels. / Roll / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / 2-METHYLPROPAN-1-AMINE / Nitrile hydratase subunit alpha / Nitrile hydratase subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodococcus erythropolis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Song, L. / Shi, J. / Xue, Z. / Wang, M.-X. / Qian, S.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2007
タイトル: High resolution X-ray molecular structure of the nitrile hydratase from Rhodococcus erythropolis AJ270 reveals posttranslational oxidation of two cysteines into sulfinic acids and a ...タイトル: High resolution X-ray molecular structure of the nitrile hydratase from Rhodococcus erythropolis AJ270 reveals posttranslational oxidation of two cysteines into sulfinic acids and a novel biocatalytic nitrile hydration mechanism
著者: Song, L. / Wang, M. / Shi, J. / Xue, Z. / Wang, M.-X. / Qian, S.
履歴
登録2007年6月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nitrile hydratase subunit alpha
B: Nitrile hydratase subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,49217
ポリマ－46,5952
非ポリマー89615
水10,539585
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9800 Å2
ΔGint-100 kcal/mol
Surface area16120 Å2
手法PISA
2
A: Nitrile hydratase subunit alpha
B: Nitrile hydratase subunit beta
ヘテロ分子

A: Nitrile hydratase subunit alpha
B: Nitrile hydratase subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,98334
ポリマ－93,1914
非ポリマー1,79330
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area23530 Å2
ΔGint-218 kcal/mol
Surface area28300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.064, 60.068, 81.761
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 125.150, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2248-

HOH

21B-2091-

HOH

-
要素

-
Nitrile hydratase subunit ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Nitrile hydratase subunit alpha / Nitrilase / NHase


分子量: 23081.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodococcus erythropolis (バクテリア) / 株: AJ270 / 参照: UniProt: P13448, nitrile hydratase
#2: タンパク質 Nitrile hydratase subunit beta / Nitrilase / NHase


分子量: 23514.303 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodococcus erythropolis (バクテリア) / 株: AJ270 / 参照: UniProt: P13449, nitrile hydratase

-
非ポリマー , 6種, 600分子

#3: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-IBN / 2-METHYLPROPAN-1-AMINE / ISOBUTYRONITRILE / イソブチルアミン


分子量: 73.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H11N
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 585 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.95 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 23% PEG 8000, 0.3M magnesium chloride, 0.1M TrisHCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BSRF / ビームライン: 3W1A / 波長: 0.99 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→35.3 Å / Num. all: 110924 / Num. obs: 110580 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 10.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Χ2: 1.035 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 1.3→1.35 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.391 / Mean I/σ(I) obs: 2.39 / Num. unique all: 10756 / Χ2: 0.988 / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
MAR345dtbデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2AHJ

2ahj


解像度: 1.3→35.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.971 / SU B: 1.249 / SU ML: 0.024 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.041 / ESU R Free: 0.04 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.157 5531 5 %RANDOM
Rwork0.129 ---
obs0.131 110564 99.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.118 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.12 Å20 Å20.63 Å2
2---0.24 Å20 Å2
3---0.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→35.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3199 0 49 585 3833
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0223471
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.711.9724737
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7025435
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.64723.333168
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.69415560
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.5891531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.130.2510
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.022698
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2120.21833
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3180.22384
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1550.2460
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1080.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2380.260
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2110.232
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.0260.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6711.52152
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2223411
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.83931511
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.734.51312
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.64433663
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free8.9353596
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded6.51533376
LS精密化 シェル解像度: 1.3→1.334 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.246 379 -
Rwork0.211 7516 -
obs-7895 96.87 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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