+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2qdn | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure of mouse GITRL | ||||||
![]() | GITR ligand | ||||||
![]() | IMMUNE SYSTEM / GITRL / Glucocorticoid-Induced TNF Receptor Ligand | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of dendritic cell chemotaxis / negative regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / TNFs bind their physiological receptors / tumor necrosis factor receptor superfamily binding / tumor necrosis factor receptor binding / positive regulation of monocyte chemotaxis / regulation of T cell proliferation / positive regulation of macrophage chemotaxis / positive regulation of cell adhesion / regulation of protein-containing complex assembly ...regulation of dendritic cell chemotaxis / negative regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / TNFs bind their physiological receptors / tumor necrosis factor receptor superfamily binding / tumor necrosis factor receptor binding / positive regulation of monocyte chemotaxis / regulation of T cell proliferation / positive regulation of macrophage chemotaxis / positive regulation of cell adhesion / regulation of protein-containing complex assembly / T cell proliferation involved in immune response / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / cytokine activity / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / adaptive immune response / cell surface / extracellular space / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chattopadhyay, K. / Ramagopal, U.A. / Nathenson, S.G. / Almo, S.C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Evolution of GITRL immune function: murine GITRL exhibits unique structural and biochemical properties within the TNF superfamily. 著者: Chattopadhyay, K. / Ramagopal, U.A. / Brenowitz, M. / Nathenson, S.G. / Almo, S.C. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 62.8 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 49.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 430.5 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 431.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15011.407 Da / 分子数: 2 / 断片: TNF homology domain (Residues 46-173) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.36 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 15% PEG 3350, 0.1 M Succinic acid pH 7.0, Vapor diffusion, Sitting drop, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月1日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.74332 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | 冗長度: 11.2 % / Av σ(I) over netI: 27.3 / 数: 309693 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Χ2: 1.15 / D res high: 2.09 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 27694 / % possible obs: 90.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.09→50.06 Å / Num. all: 14872 / Num. obs: 14872 / % possible obs: 90.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.2 % / Rmerge(I) obs: 0.043 / Rsym value: 0.048 / Χ2: 1.154 / Net I/σ(I): 27.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
|
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]()
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.558 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.09→50.06 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.09→2.139 Å / Total num. of bins used: 20
|