PDB-2qdh: Fructose-1,6-bisphosphate aldolase from Leishmania mexicana in co...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2qdh

タイトル

Fructose-1,6-bisphosphate aldolase from Leishmania mexicana in complex with mannitol-1,6-bisphosphate, a competitive inhibitor

要素

Fructose-1,6-bisphosphate aldolase

キーワード

LYASE (リアーゼ) /

beta barrel (Βバレル) /

aldolase /

leishmania (リーシュマニア) /

fructose-1 (フルクトース) / 6-bisphosphate / c-teminal tail

機能・相同性

機能・相同性情報

fructose-bisphosphate aldolase /

fructose-bisphosphate aldolase activity / glycolytic process /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

Leishmania mexicana (メキシコリーシュマニア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Lafrance-Vanasse, J. / Sygusch, J.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: Carboxy-Terminus Recruitment Induced by Substrate Binding in Eukaryotic Fructose Bis-phosphate Aldolases
著者: Lafrance-Vanasse, J. / Sygusch, J.

履歴

登録	2007年6月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年8月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2qdh.cif.gz	328 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2qdh.ent.gz	261.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2qdh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qd/2qdh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qd/2qdh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2qapC 2qdgC 1epxS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2qdg-d 5tlw-d 3dfn-d 6rng-1 1epx-d 2qap-d 3dfs-d 5tlh-d 2ot1-d 7ka3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Fructose-1,6-bisphosphate aldolase

B: Fructose-1,6-bisphosphate aldolase

C: Fructose-1,6-bisphosphate aldolase

D: Fructose-1,6-bisphosphate aldolase

ヘテロ分子

174 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.053, 115.946, 161.657
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Fructose-1,6-bisphosphate aldolase 分子量: 43058.062 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Leishmania mexicana (メキシコリーシュマニア) 遺伝子: ald / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 pLysS / 参照: UniProt: Q9U5N6, fructose-bisphosphate aldolase
#2: 化合物	ChemComp-M2P / D-MANNITOL-1,6-DIPHOSPHATE / 1,6-DI-O-PHOSPHONO-D-MANNITOL / マンニト-ル-1,6-ビスりん酸分子量: 342.132 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₆O₁₂P₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 1730 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.5 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 詳細: 15% polyethylene glycol 5000 MME in 20mM sodium phosphate pH 4.0, 11mg/mL of protein, 1:4 protein:precipitant ratio, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X29A / 波長: 1.1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.1 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 5.9 % / Av σ(I) over netI: 12.6 / 数: 588554 / R_merge(I) obs: 0.08 / Χ²: 0.9 / D res high: 1.9 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 99258 / % possible obs: 78.8

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
4.09	50	99.9	1	0.048	0.473	7
3.25	4.09	100	1	0.053	0.847	7.3
2.84	3.25	100	1	0.09	0.956	7.3
2.58	2.84	100	1	0.155	1.02	7.1
2.39	2.58	99.7	1	0.243	1.037	6.7
2.25	2.39	97.7	1	0.348	1.028	5.6
2.14	2.25	83.9	1	0.425	1.096	3.9
2.05	2.14	56.4	1	0.505	1.056	2.8
1.97	2.05	34.4	1	0.601	1.002	1.9
1.9	1.97	14	1	0.768	0.938	1.4

反射

解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 125938 / Num. obs: 99258 / % possible obs: 78.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.9 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Χ²: 0.902 / Net I/σ(I): 12.6

反射シェル

解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 1.4 % / R_merge(I) obs: 0.768 / Num. unique all: 1745 / Χ²: 0.938 / % possible all: 14

-
位相決定

Phasing MR	Method rotation: fast direct / Method translation: &STRIP%trans_method

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
CNS		精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
CBASS		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1epx

1epx

解像度: 1.9→20 Å / FOM work R set: 0.84 / σ(F): 38460 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.235	4427	3.5 %	RANDOM
R_work	0.19	-	-	-
all	-	126118	-	-
obs	-	87658	69.5 %	-

溶媒の処理

B_sol: 53.589 Å²

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.431 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.379 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.835 Å²	0 Å²
3-	-	-	5.214 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.31 Å	0.24 Å
Luzzati d res low	-	2.2 Å
Luzzati sigma a	0.29 Å	0.24 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11184	0	80	1730	12994

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.006
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.253
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	1.171	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	1.979	2
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	1.793	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	2.744	2.5

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 50

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection obs
1.9-1.91	1	1	0.294	29	30
1.91-1.93	0.247	7	0.32	110	117
1.93-1.94	0.254	6	0.323	152	158
1.94-1.95	0.167	2	0.287	206	208
1.95-1.97	0.26	11	0.315	262	273
1.97-1.98	0.398	23	0.366	325	348
1.98-2	0.371	16	0.302	387	403
2-2.01	0.347	28	0.328	448	476
2.01-2.03	0.37	26	0.326	509	535
2.03-2.05	0.313	31	0.315	621	652
2.05-2.06	0.314	37	0.303	671	708
2.06-2.08	0.343	53	0.281	815	868
2.08-2.1	0.299	45	0.277	865	910
2.1-2.12	0.292	63	0.267	984	1047
2.12-2.14	0.305	57	0.266	1060	1117
2.14-2.16	0.342	64	0.276	1193	1257
2.16-2.18	0.301	72	0.269	1368	1440
2.18-2.2	0.256	73	0.24	1473	1546
2.2-2.23	0.293	90	0.26	1678	1768
2.23-2.25	0.312	86	0.258	1753	1839
2.25-2.28	0.277	104	0.249	1820	1924
2.28-2.3	0.295	97	0.243	1898	1995
2.3-2.33	0.253	116	0.227	1978	2094
2.33-2.36	0.283	97	0.224	2088	2185
2.36-2.39	0.294	115	0.237	2023	2138
2.39-2.43	0.275	110	0.229	2143	2253
2.43-2.46	0.261	96	0.216	2166	2262
2.46-2.5	0.325	122	0.228	2199	2321
2.5-2.54	0.286	126	0.223	2188	2314
2.54-2.58	0.279	150	0.215	2239	2389
2.58-2.62	0.266	121	0.207	2242	2363
2.62-2.67	0.278	131	0.216	2273	2404
2.67-2.72	0.254	109	0.208	2313	2422
2.72-2.78	0.271	110	0.214	2323	2433
2.78-2.84	0.256	126	0.197	2314	2440
2.84-2.9	0.247	134	0.204	2298	2432
2.9-2.97	0.29	132	0.213	2336	2468
2.97-3.05	0.225	147	0.194	2331	2478
3.05-3.14	0.238	110	0.196	2366	2476
3.14-3.25	0.233	127	0.193	2348	2475
3.25-3.36	0.21	122	0.178	2384	2506
3.36-3.49	0.239	130	0.177	2400	2530
3.49-3.65	0.227	112	0.171	2419	2531
3.65-3.84	0.211	135	0.165	2418	2553
3.84-4.08	0.193	126	0.155	2417	2543
4.08-4.4	0.17	128	0.142	2418	2546
4.4-4.83	0.172	135	0.14	2440	2575
4.83-5.52	0.203	121	0.155	2471	2592
5.52-6.9	0.24	119	0.189	2495	2614
6.9-20	0.169	128	0.156	2574	2702

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	protein_rep.param	protein.top
X-RAY DIFFRACTION	2	dna-rna_rep.param	dna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION	3	water_rep.param	water.top
X-RAY DIFFRACTION	4	ion.param	ion.top
X-RAY DIFFRACTION	5	HBP.par	HBP.top

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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