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- PDB-2qcm: Crystal structure of the orotidine-5'-monophosphate decarboxylase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qcm
タイトルCrystal structure of the orotidine-5'-monophosphate decarboxylase domain (Asp312Asn mutant) of human UMP synthase bound to 6-hydroxymethyl-UMP
要素Uridine 5'-monophosphate synthase (UMP synthase)
キーワードLYASE / UMP synthase / decarboxylase / catalytic proficiency
機能・相同性
機能・相同性情報


UMP biosynthetic process / orotate phosphoribosyltransferase / orotate phosphoribosyltransferase activity / pyrimidine nucleobase biosynthetic process / Pyrimidine biosynthesis / orotidine-5'-phosphate decarboxylase / UDP biosynthetic process / orotidine-5'-phosphate decarboxylase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process ...UMP biosynthetic process / orotate phosphoribosyltransferase / orotate phosphoribosyltransferase activity / pyrimidine nucleobase biosynthetic process / Pyrimidine biosynthesis / orotidine-5'-phosphate decarboxylase / UDP biosynthetic process / orotidine-5'-phosphate decarboxylase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Orotate phosphoribosyl transferase domain / Orotate phosphoribosyltransferase / Purine/pyrimidine phosphoribosyl transferases signature. / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase, active site / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase active site. / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase domain / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family / Phosphoribosyl transferase domain ...Orotate phosphoribosyl transferase domain / Orotate phosphoribosyltransferase / Purine/pyrimidine phosphoribosyl transferases signature. / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase, active site / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase active site. / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase domain / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family / Phosphoribosyl transferase domain / Phosphoribosyltransferase-like / Phosphoribosyltransferase domain / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-JW5 / Uridine 5'-monophosphate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.67 Å
データ登録者Wittmann, J. / Rudolph, M.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2008
タイトル: Structures of the human orotidine-5'-monophosphate decarboxylase support a covalent mechanism and provide a framework for drug design.
著者: Wittmann, J.G. / Heinrich, D. / Gasow, K. / Frey, A. / Diederichsen, U. / Rudolph, M.G.
履歴
登録2007年6月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uridine 5'-monophosphate synthase (UMP synthase)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6852
ポリマ－28,3311
非ポリマー3541
水5,567309
1
A: Uridine 5'-monophosphate synthase (UMP synthase)
ヘテロ分子

A: Uridine 5'-monophosphate synthase (UMP synthase)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,3704
ポリマ－56,6622
非ポリマー7082
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
Buried area5290 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area18370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.378, 116.607, 61.910
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-485-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Uridine 5'-monophosphate synthase (UMP synthase)


分子量: 28330.824 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UMPS / プラスミド: pETM-30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Rosetta 2(DE3)
参照: UniProt: P11172, orotidine-5'-phosphate decarboxylase
#2: 化合物 ChemComp-JW5 / 6-(HYDROXYMETHYL)URIDINE 5'-(DIHYDROGEN PHOSPHATE)


タイプ: RNA linking / 分子量: 354.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N2O10P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 309 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.14 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5419 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年4月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5419 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.66→32.24 Å / Num. obs: 32717 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 26
反射 シェル解像度: 1.66→1.72 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Num. unique all: 2466 / Rsym value: 0.243 / % possible all: 73.9

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.2.0019 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.67→32.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / SU B: 1.426 / SU ML: 0.049 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.082 / ESU R Free: 0.076 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. The atoms that are in close contact have occupancy less than 1 and are mutually exclusive.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.15927 1640 5 %RANDOM
Rwork0.14123 ---
obs0.14213 31057 98.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.98 Å20 Å20 Å2
2---0.9 Å20 Å2
3----1.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.67→32.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2125 0 24 309 2458
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0222209
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021536
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4212.0053023
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.91933797
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7445309
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.34524.06296
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.07315425
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.2621517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2349
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022479
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02434
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2260.2462
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2060.21674
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1770.21071
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0830.21162
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1260.2239
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1850.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3210.246
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1660.234
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1421.51808
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2051.5556
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.11322203
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1913954
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2084.5792
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.67→1.71 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.196 105 -
Rwork0.191 1929 -
obs--83.84 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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