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- PDB-2qby: Crystal structure of a heterodimer of Cdc6/Orc1 initiators bound ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qby
タイトルCrystal structure of a heterodimer of Cdc6/Orc1 initiators bound to origin DNA (from S. solfataricus)
要素
  • (Cell division control protein 6 homolog ...) x 2
  • (DNA (33-MER)) x 2
キーワードREPLICATION/DNA / winged-helix domain / helix-turn-helix / AAA+ ATPase domain / protein-DNA complex / double helix / REPLICATION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA replication / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
: / Cdc6 AAA+ ATPase-type lid domain / Orc1/Cdc6-type DNA replication protein, archaea / CDC6, C terminal / Cdc6, C-terminal / CDC6, C terminal winged helix domain / : / AAA domain / : / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #60 ...: / Cdc6 AAA+ ATPase-type lid domain / Orc1/Cdc6-type DNA replication protein, archaea / CDC6, C terminal / Cdc6, C-terminal / CDC6, C terminal winged helix domain / : / AAA domain / : / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #60 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / : / SPERMIDINE / DNA / DNA (> 10) / ORC1-type DNA replication protein 3 / ORC1-type DNA replication protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus solfataricus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3.35 Å
データ登録者Cunningham Dueber, E.L. / Corn, J.E. / Bell, S.D. / Berger, J.M.
引用ジャーナル: Science / 年: 2007
タイトル: Replication origin recognition and deformation by a heterodimeric archaeal Orc1 complex.
著者: Dueber, E.L. / Corn, J.E. / Bell, S.D. / Berger, J.M.
履歴
登録2007年6月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: DNA (33-MER)
D: DNA (33-MER)
A: Cell division control protein 6 homolog 1
B: Cell division control protein 6 homolog 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,91811
ポリマ－107,6854
非ポリマー1,2337
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.649, 199.143, 213.405
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細heterodimer of Orc1-1 and Orc1-3 bound to a 33bp DNA per asymmetric unit

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要素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 CD

#1: DNA鎖 DNA (33-MER)


分子量: 10200.622 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA (33-MER)


分子量: 10093.530 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

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Cell division control protein 6 homolog ... , 2種, 2分子 AB

#3: タンパク質 Cell division control protein 6 homolog 1 / CDC6 homolog 1


分子量: 43922.883 Da / 分子数: 1 / Fragment: Residues 15-397 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 遺伝子: cdc6-1 / プラスミド: pSV271 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Codon+ / 参照: UniProt: Q980N4
#4: タンパク質 Cell division control protein 6 homolog 3 / CDC6 homolog 3


分子量: 43468.004 Da / 分子数: 1 / Fragment: Residues 14-394 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 遺伝子: cdc6-3 / プラスミド: pSV271 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Codon+ / 参照: UniProt: Q97WM8

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非ポリマー , 5種, 11分子

#5: 化合物 ChemComp-SPD / SPERMIDINE / N-(2-AMINO-PROPYL)-1,4-DIAMINOBUTANE / PA(34) / スペルミジン


分子量: 145.246 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H19N3
#6: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.68 %
結晶化温度: 292 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5
詳細: 25mM HEPES pH 7.5, 50mM sodium chloride, 5% glycerol, 0.5mM TCEP, 15mM spermidine, 15mM sodium cacodylate pH 5.0, 4.4% (w/v) PEG 3350 and 25mM potassium thiocyanate, microbatch, temperature 292K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1HEPES11
2HEPES12
3sodium chloride11
4sodium chloride12
5TCEP11
6TCEP12
7spermidine11
8sodium cacodylate11
9sodium cacodylate12
10PEG 335011
11PEG 335012
12potassium thiocyanate11
13potassium thiocyanate12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11111, 0.979578, 0.979733, 0.987379
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月20日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.111111
20.9795781
30.9797331
40.9873791
反射解像度: 3.35→50 Å / Num. all: 24607 / Num. obs: 24287 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 119 Å2 / Net I/σ(I): 25.4
反射 シェル解像度: 3.35→3.47 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.835 / Mean I/σ(I) obs: 1.93 / Num. unique all: 2385 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
MLPHARE位相決定
PHENIX精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: PDB entry 1FNN

1fnn


解像度: 3.35→30 Å / Isotropic thermal model: ISOTROPIC GROUPED B FACTOR / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: The authors state that the ANISOU lines in the pdb refer to TLS parameters, not anisotropic B factors.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2692 1215 -random
Rwork0.2262 ---
obs0.2262 22548 98 %-
all-23763 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.35→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5881 1347 77 4 7309
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_deg0.837
LS精密化 シェル解像度: 3.35→3.48 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4376 148 -
Rwork0.3705 --
obs-2533 99 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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