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万見
- PDB-2qb0: Structure of the 2TEL crystallization module fused to T4 lysozyme... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qb0
タイトルStructure of the 2TEL crystallization module fused to T4 lysozyme with an Ala-Gly-Pro linker.
要素
  • Transcription factor ETV6
  • Transcription factor ETV6,Endolysin
キーワードHYDROLASE REGULATOR / Helical polymer
機能・相同性
機能・相同性情報


Signaling by membrane-tethered fusions of PDGFRA or PDGFRB / mesenchymal cell apoptotic process / vitellogenesis / hematopoietic stem cell proliferation / viral release from host cell by cytolysis / neurogenesis / Signaling by FLT3 fusion proteins / peptidoglycan catabolic process / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific ...Signaling by membrane-tethered fusions of PDGFRA or PDGFRB / mesenchymal cell apoptotic process / vitellogenesis / hematopoietic stem cell proliferation / viral release from host cell by cytolysis / neurogenesis / Signaling by FLT3 fusion proteins / peptidoglycan catabolic process / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / cell differentiation / host cell cytoplasm / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / defense response to bacterium / protein domain specific binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
SAM / Pointed domain / Pointed domain / Sterile alpha motif (SAM)/Pointed domain / Pointed (PNT) domain profile. / Transcription Factor, Ets-1 / Ets-domain signature 2. / Ets domain / ETS family / Ets-domain / Ets-domain profile. ...SAM / Pointed domain / Pointed domain / Sterile alpha motif (SAM)/Pointed domain / Pointed (PNT) domain profile. / Transcription Factor, Ets-1 / Ets-domain signature 2. / Ets domain / ETS family / Ets-domain / Ets-domain profile. / erythroblast transformation specific domain / Lysozyme - #40 / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Lysozyme / DNA polymerase; domain 1 / Lysozyme-like domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Endolysin / Transcription factor ETV6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.56 Å
データ登録者Nauli, S. / Bowie, J.U.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2007
タイトル: Polymer-driven crystallization.
著者: Nauli, S. / Farr, S. / Lee, Y.J. / Kim, H.Y. / Faham, S. / Bowie, J.U.
履歴
登録2007年6月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年2月21日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / database_PDB_caveat / entity / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_mutation / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE NO SUITABLE SEQUENCE DATABASE REFERENCE WAS AVAILABLE FOR THE TELSAM DOMAINS IN CHAINS A, ...SEQUENCE NO SUITABLE SEQUENCE DATABASE REFERENCE WAS AVAILABLE FOR THE TELSAM DOMAINS IN CHAINS A, B, C AND D AT THE TIME OF PROCESSING THIS ENTRY. THE RESIDUE ALA, GLY, PRO FORM A LINKER IN THE CHIMERIC PROTEIN IN CHAINS B AND D

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription factor ETV6
B: Transcription factor ETV6,Endolysin
C: Transcription factor ETV6
D: Transcription factor ETV6,Endolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,2219
ポリマ－73,9474
非ポリマー2755
水2,648147
1
A: Transcription factor ETV6
D: Transcription factor ETV6,Endolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0834
ポリマ－36,9732
非ポリマー1102
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Transcription factor ETV6,Endolysin
C: Transcription factor ETV6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,1385
ポリマ－36,9732
非ポリマー1653
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)122.620, 122.620, 53.586
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12B
22D
13B
23D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERALAAA - L15 - 921
21SERALACC - M15 - 921
12SERPROBB15 - 1301 - 116
22SERPRODD15 - 1301 - 116
13ARGLYSBB145 - 255131 - 241
23ARGLYSDD145 - 255131 - 241

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
詳細This assembly is not biological. A helical hexamer is formed by applying the P32 symmetry on the asymmetric unit. The SAM moiety (the first 160 residues or so) have been shown numerous times in the literature to form a helical polymer.

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要素

#1: タンパク質 Transcription factor ETV6 / ETS translocation variant 6 / ETS-related protein Tel1 / Tel


分子量: 9252.510 Da / 分子数: 2 / 変異: E80V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ETV6, TEL, TEL1 / プラスミド: pBAD-HisA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10 / 参照: UniProt: P41212
#2: タンパク質 Transcription factor ETV6,Endolysin / ETS translocation variant 6 / ETS-related protein Tel1 / Tel / Lysis protein / Lysozyme / Muramidase


分子量: 27720.795 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ETV6, TEL, TEL1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P41212, UniProt: P00720, lysozyme
#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 147 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.9 %

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.55→90 Å / Num. obs: 29148 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Χ2: 1.001 / Net I/σ(I): 17.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.55-2.644.90.47928811.0011100
2.64-2.754.90.35329080.9981100
2.75-2.874.90.2529200.9991100
2.87-3.024.90.16529231.0011100
3.02-3.2150.11629430.9971100
3.21-3.4650.0828831.0021100
3.46-3.8150.06529551.0021100
3.81-4.3650.057289711100
4.36-5.494.90.04629051.0031100
5.49-9050.02829331.0041100

-
位相決定

Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.55 Å61.31 Å
Translation2.55 Å61.31 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMACrefmac_5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1JI7

1ji7


解像度: 2.56→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / WRfactor Rfree: 0.272 / WRfactor Rwork: 0.235 / SU B: 16.28 / SU ML: 0.185 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.519 / ESU R Free: 0.289 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252 1473 5.1 %RANDOM
Rwork0.211 ---
obs0.213 29071 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 57.141 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.49 Å2-0.75 Å20 Å2
2---1.49 Å20 Å2
3---2.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.56→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5197 0 5 147 5349
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0225348
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4191.9547235
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.0275635
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.51923.271266
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.72715954
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.8891550
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1240.2780
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.024066
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1980.22430
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2990.23651
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1430.2193
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2290.299
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2050.236
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.6223316
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.6335123
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.5622390
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.32332112
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A637TIGHT POSITIONAL0.040.05
1A637TIGHT THERMAL0.130.5
2B963TIGHT POSITIONAL0.050.05
2B963TIGHT THERMAL0.630.5
3B890TIGHT POSITIONAL0.030.05
3B890TIGHT THERMAL0.030.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.56-2.6210.2891160.2881951212597.271
2.621-2.6910.31080.28419522060100
2.691-2.7680.2931080.2519172025100
2.768-2.8510.256940.22618781972100
2.851-2.9430.2391000.21817761876100
2.943-3.0440.2471010.20217421843100
3.044-3.1560.242770.21717191796100
3.156-3.2810.229910.21915791670100
3.281-3.4230.273840.21416121696100
3.423-3.5850.289730.20614801553100
3.585-3.7720.2790.1914111490100
3.772-3.9920.233750.19213341409100
3.992-4.2550.209590.212821341100
4.255-4.5790.295650.19512021267100
4.579-4.990.268690.210621131100
4.99-5.5360.226610.2179921053100
5.536-6.3120.263430.247895938100
6.312-7.5450.286290.226788817100
7.545-9.9840.219290.182602631100
9.984-200.288120.19242443799.771
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.7616-1.89111.37074.4561-0.75881.1978-0.09910.09910.3720.07680.0066-0.4221-0.17120.04710.0925-0.1543-0.0671-0.022-0.15080.0021-0.107316.084185.167837.0277
24.4661-0.3135-0.03411.11661.17661.25980.13330.12140.5185-0.24940.06-0.2343-0.2640.3198-0.1933-0.0234-0.03660.0321-0.02260.0090.010426.492917.91217.969
33.0009-1.5441-3.50842.66322.44249.14850.3970.68420.133-0.3603-0.2194-0.306-0.0348-0.4903-0.1776-0.0368-0.00260.07270.1836-0.00870.025438.797413.3842-9.1103
46.33341.73861.61523.55140.8951.1791-0.1356-0.07930.5211-0.170.02750.1238-0.1372-0.12950.1081-0.07840.038-0.013-0.2263-0.0194-0.0991-4.402321.11561.2984
51.7427-1.33271.10584.33160.43241.19470.06770.23440.0645-0.17510.121-0.60470.16670.3664-0.1887-0.0610.02160.0186-0.0002-0.0189-0.000128.53756.748943.735
61.27580.58510.22334.40814.35039.5480.0770.1826-0.1784-0.90210.0867-0.2014-0.4604-0.1615-0.16370.10110.08670.020.0178-0.06210.021830.986943.88526.6074
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A15 - 91
2X-RAY DIFFRACTION2B15 - 144
3X-RAY DIFFRACTION3B145 - 255
4X-RAY DIFFRACTION4C15 - 91
5X-RAY DIFFRACTION5D15 - 144
6X-RAY DIFFRACTION6D145 - 255

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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