PDB-2qak: HIV-1 PR mutant in complex with nelfinavir

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2qak

タイトル

HIV-1 PR mutant in complex with nelfinavir

要素

PROTEASE RETROPEPSIN

キーワード

HYDROLASE / HIV protease inhibitors / protease-inhibitor structure / isothermal calorimetry / antiviral resistance development

機能・相同性

機能・相同性情報

HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...
類似検索 - 分子機能

Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Rezacova, P. / Kozisek, M. / Saskova, K. / Brynda, J. / Konvalinka, J.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Evolutionary pathway of HIV resistance analyzed on molecular level: Enzymatic activities, 3-D structures and thermodynamics of HIV proteases resistant to nelfinavir
著者: Kozisek, M. / Bray, J. / Rezacova, P. / Saskova, K. / Rulisek, L. / Brynda, J. / Pokorna, J. / Mammano, F. / Konvalinka, J.

履歴

登録	2007年6月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年7月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2qak.cif.gz	57.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2qak.ent.gz	41.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2qak.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qa/2qak ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qa/2qak	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1nh0S 2pym 2pyn 2q63 2q64 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1qbu-d 3oxx-1 6ogt-1 1htf-d 5tys-d 2b7z-d 3zps-d 3gi4-d 8hvp-d 2pym-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#6 - 2000年6月 HIV-1タンパク質分解酵素 (HIV-1 Protease) 類似性 (2) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PROTEASE RETROPEPSIN

B: PROTEASE RETROPEPSIN

ヘテロ分子

22.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.500, 62.500, 82.060
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	PRO	PRO	PHE	PHE	A	A	1 - 99	1 - 99
2	1	PRO	PRO	PHE	PHE	B	B	1 - 99	1 - 99
1	2	1UN	1UN	1UN	1UN	A	C	1001

NCSアンサンブル:

ID
1
2

詳細

the biological assembly is dimer

#1: タンパク質	PROTEASE RETROPEPSIN / E.C.3.4.23.16 / HIV-1 PROTEASE 分子量: 10762.707 Da / 分子数: 2 / 変異: D30N, L90M / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 株: type B / 遺伝子: gag-pol / プラスミド: pET like, T7 promotor driven / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P03367, HIV-1 retropepsin
#2: 化合物	ChemComp-1UN / 2-[2-HYDROXY-3-(3-HYDROXY-2-METHYL-BENZOYLAMINO)-4-PHENYL SULFANYL-BUTYL]-DECAHYDRO-ISOQUINOLINE-3-CARBOXYLIC ACID TERT-BUTYLAMIDE / NELFINAVIR MESYLATE AG1343 / (3S,4aβ,8aβ)-N-tert-ブチル-2-[(2R,3R)-2-ヒドロキシ-3-(2-メチル-3-ヒドロキシ(以下略) 分子量: 567.782 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₂H₄₅N₃O₄S コメント: 薬剤, 抗レトロウイルス剤, プロテアーゼ阻害剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.74 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4 詳細: reservoir solution: 0.5M (NH4)2SO4, 0.1M MES pH 5.4 or pH 5.5; drops: 2+1ul (protein+reservoir}; protein: 3-5mg/ml 5-fold molar excess of inhibitor, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 120 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.54179 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年3月3日
放射	モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54179 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→54.23 Å / Num. all: 8471 / Num. obs: 8471 / % possible obs: 95.93 % / 冗長度: 7.1 % / B_iso Wilson estimate: 32.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.079 / R_sym value: 0.079 / Net I/σ(I): 6.7
反射シェル	解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 0.377 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 1177 / R_sym value: 0.377 / % possible all: 87.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.2	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1NH0

1nh0

解像度: 2.2→54.23 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.937 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.921 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.462 / ESU R Free: 0.24 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23603	430	4.8 %	RANDOM
R_work	0.2033	-	-	-
obs	0.20491	8471	95.93 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.877 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.27 Å²	0.13 Å²	0 Å²
2-	-	0.27 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→54.23 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1516	0	80	100	1696

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	1631
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.578	2.036	2221
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.964	5	198
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	42.495	25.273	55
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.782	15	276
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.464	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	263
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1164
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	758
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.312	0.2	1086
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.197	0.2	87
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.219	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.167	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.667	1.5	981
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.131	2	1594
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.787	3	650
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.593	4.5	626
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	749	medium positional	0.24	0.5
2	40	medium positional	0.07	0.5
1	749	medium thermal	0.54	2
2	40	medium thermal	0.26	2

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.258 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.458	21	-
R_work	0.297	505	-
obs	-	-	78.04 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3404	0.9086	0.9211	3.9875	-0.2822	7.2966	0.1799	0.1634	0.0709	-0.0157	-0.1978	-0.7298	-0.4371	0.7125	0.018	-0.0935	-0.0049	0.0111	-0.0722	0.021	-0.0175	1.275	56.934	2.641
2	0.7775	-0.5347	1.0995	8.6863	-3.0775	3.4263	-0.0302	0.1088	0.1527	-0.2076	0.0267	-0.1326	-0.0301	0.1386	0.0035	-0.1275	0.0065	0.0083	-0.1685	0.0052	-0.1438	-6.735	63.438	-4.973
3	9.0144	2.4739	-4.4811	7.4171	-2.5623	8.8296	-0.1951	0.8111	0.1281	-1.03	0.5161	0.6624	0.7158	-1.0304	-0.321	0.012	-0.0685	-0.1382	0.0269	0.0594	0.002	-17.019	59.482	-10.135
4	0.0519	0.206	-0.6117	5.3182	-0.1353	8.3806	0.0708	-0.0911	-0.193	0.0217	-0.1558	-0.7947	0.1938	0.7193	0.085	-0.1259	0.0227	0.0041	-0.0799	-0.0072	-0.0231	1.35	51.354	5.567
5	0.2135	-0.0794	-0.7196	10.224	-3.9632	4.1817	0.0169	-0.1075	-0.137	0.3205	-0.0165	-0.1897	-0.0364	0.1158	-0.0004	-0.1397	-0.0027	-0.0123	-0.1692	0.0027	-0.15	-6.748	44.838	12.977
6	7.0818	-2.331	1.5776	7.156	-3.2607	8.5336	-0.2538	-0.6895	-0.2286	0.8961	0.5496	0.7041	-0.6045	-1.0448	-0.2958	0.017	0.08	0.1155	0.0672	0.0304	0.0266	-17.124	48.776	18.438

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 9	1 - 9
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	86 - 99	86 - 99
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	10 - 32	10 - 32
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	63 - 85	63 - 85
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	33 - 62	33 - 62
6	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	1 - 9	1 - 9
7	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	86 - 99	86 - 99
8	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	10 - 32	10 - 32
9	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	63 - 85	63 - 85
10	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	33 - 62	33 - 62

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)