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- PDB-2qaa: Crystal structure of the second tetrahedral intermediates of SGPB... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qaa
タイトルCrystal structure of the second tetrahedral intermediates of SGPB at pH 7.3
要素Streptogrisin-B
キーワードHYDROLASE / CHYMOTRYPSIN-TYPE SERINE PEPTIDASE / SECOND TETRAHEDRAL INTERMEDIATES / SINGLE AMINO ACIDS / BETA BARRELS / ALPHA HELIX
機能・相同性
機能・相同性情報


streptogrisin B / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Peptidase S1A, alpha-lytic prodomain / Alpha-lytic protease prodomain / Peptidase S1A, streptogrisin / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases ...Peptidase S1A, alpha-lytic prodomain / Alpha-lytic protease prodomain / Peptidase S1A, streptogrisin / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / LEUCINE / TYROSINE / Streptogrisin-B
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces griseus (ストレプトマイシン生産菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.23 Å
データ登録者Lee, T.W. / James, M.N.G.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / : 2008
タイトル: 1.2A-resolution crystal structures reveal the second tetrahedral intermediates of streptogrisin B (SGPB).
著者: Lee, T.W. / James, M.N.
履歴
登録2007年6月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Streptogrisin-B
B: Streptogrisin-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,80133
ポリマ-37,3062
非ポリマー2,49531
9,386521
1
A: Streptogrisin-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,93616
ポリマ-18,6531
非ポリマー1,28315
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: Streptogrisin-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,86517
ポリマ-18,6531
非ポリマー1,21216
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
A: Streptogrisin-B
B: Streptogrisin-B
ヘテロ分子
x 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)477,614396
ポリマ-447,67824
非ポリマー29,936372
43224
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation6_555z,-x,-y1
crystal symmetry operation7_555-z,-x,y1
crystal symmetry operation8_555-z,x,-y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
crystal symmetry operation10_555-y,z,-x1
crystal symmetry operation11_555y,-z,-x1
crystal symmetry operation12_555-y,-z,x1
Buried area82080 Å2
ΔGint-1883 kcal/mol
Surface area142650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)142.286, 142.286, 142.286
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1226-

HOH

詳細Each asymmetric unit contains two SGPB molecules. SGPB functions as a monomer.

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Streptogrisin-B / Serine protease B / SGPB / Pronase enzyme B


分子量: 18653.232 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Streptomyces griseus (ストレプトマイシン生産菌)
参照: UniProt: P00777, streptogrisin B

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非ポリマー , 9種, 552分子

#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / : SO4
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / : Cl
#4: 化合物 ChemComp-TYR / TYROSINE / チロシン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 181.189 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C9H11NO3
#5: 化合物 ChemComp-LEU / LEUCINE / ロイシン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 131.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C6H13NO2
#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#8: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O3
#9: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : C2H4O2
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 521 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.76 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: 10 mg/mL SGPB in 10 mM MgCl2 1.0 M Li2SO4, 0.1 M HEPES-NaOH pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.127 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2003年10月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.127 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.23→40 Å / Num. obs: 136369 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 8.5 % / Rsym value: 0.048 / Net I/σ(I): 37.3
反射 シェル解像度: 1.23→1.27 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Rsym value: 0.404 / % possible all: 90.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化解像度: 1.23→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.982 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.979 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.026 / ESU R Free: 0.026 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.12713 6842 5 %RANDOM
Rwork0.11252 ---
obs0.11326 129481 99.03 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 10.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.23→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2618 0 146 521 3285
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0290.0212860
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.021825
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.4141.9523888
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg4.6893.0044442
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg14.295368
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.14723.019106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg9.68515382
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7671517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.160.2455
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.023193
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0130.02592
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.3720.2501
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2580.21982
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1810.21403
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1180.21386
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2140.2366
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.330.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.260.226
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1460.233
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5671.51841
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.361.5794
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.23122960
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.60431019
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.5814.5928
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.86634685
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free19.1123564
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded4.43234650
LS精密化 シェル解像度: 1.23→1.262 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 459 -
Rwork0.253 8619 -
obs--89.76 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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