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- PDB-2qa2: Crystal structure of CabE, an aromatic hydroxylase from angucycli... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qa2
タイトルCrystal structure of CabE, an aromatic hydroxylase from angucycline biosynthesis, determined to 2.7 A resolution
要素Polyketide oxygenase CabE
キーワードOXIDOREDUCTASE / FAD / angucycline / polyketide / aromatic hydroxylase
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, NAD(P)H as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / FAD binding
類似検索 - 分子機能
Alpha-Beta Plaits - #2450 / Glutaredoxin - #120 / Aromatic-ring hydroxylase, C-terminal / : / FAD-binding domain / FAD binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily ...Alpha-Beta Plaits - #2450 / Glutaredoxin - #120 / Aromatic-ring hydroxylase, C-terminal / : / FAD-binding domain / FAD binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Glutaredoxin / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Polyketide oxygenase CabE
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Koskiniemi, H. / Dobritzsch, D. / Metsa-Ketela, M. / Kallio, P. / Niemi, J. / Schneider, G.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Crystal structures of two aromatic hydroxylases involved in the early tailoring steps of angucycline biosynthesis
著者: Koskiniemi, H. / Metsa-Ketela, M. / Dobritzsch, D. / Kallio, P. / Korhonen, H. / Mantsala, P. / Schneider, G. / Niemi, J.
履歴
登録2007年6月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polyketide oxygenase CabE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,4252
ポリマ－53,6391
非ポリマー7861
水43224
1
A: Polyketide oxygenase CabE
ヘテロ分子

A: Polyketide oxygenase CabE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,8504
ポリマ－107,2792
非ポリマー1,5712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
Buried area5190 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area40170 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)133.100, 133.100, 166.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
詳細The biological unit is a dimer generated from the monomer in the asymmetric unit by the operation 1 0 0 0-1 0 0 0-1

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要素

#1: タンパク質 Polyketide oxygenase CabE / E.C.1.14.13.- / CabE / aromatic hydroxylase


分子量: 53639.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Streptomyces (バクテリア) / 属: Streptomyces / 株: sp. H021 / 遺伝子: cabe / プラスミド: pBHB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10
参照: UniProt: D0VWY3*PLUS, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: D0VWY3*PLUS, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.06 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20 % PEG 3350, 0.1M bis-tris propane, 0.2M Na/K-phosphate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.84
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月24日
放射モノクロメーター: Si [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.84 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→30 Å / Num. all: 24379 / Num. obs: 24379 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 50.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rsym value: 0.097 / Net I/σ(I): 16.22
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.518 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 2467 / Rsym value: 0.518 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
REFMAC5.2精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2QA1

2qa1


解像度: 2.7→29.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 35.281 / SU ML: 0.32 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.437 / ESU R Free: 0.304 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: The analysis of the intensity distribution suggests possible twinning. Refinement using the twin protocol did however not improve Rfree and the crystals were therefore not considered twinned ...詳細: The analysis of the intensity distribution suggests possible twinning. Refinement using the twin protocol did however not improve Rfree and the crystals were therefore not considered twinned with space group P6522. Furthermore, data processing using programs other than XDS did not show signs of twinning.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27428 1220 5 %RANDOM
Rwork0.23428 ---
all0.23633 23190 --
obs0.23633 23190 99.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 72.281 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.71 Å2-1.35 Å20 Å2
2---2.71 Å20 Å2
3---4.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→29.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3675 0 53 24 3752
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0213816
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4031.9845199
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5965490
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.66122.156167
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.13615579
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.5251545
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2568
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022964
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2320.21752
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3130.22542
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1670.2146
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2380.239
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1550.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.76822474
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.32133864
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.03431541
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.60741334
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.408 88 -
Rwork0.377 1671 -
obs-88 99.94 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.98032.5301-0.65018.0094-2.28752.40290.0855-0.1096-0.30740.7022-0.13480.23960.12570.02950.0493-0.1733-0.02470.1976-0.6230.0555-0.4498-33.358-23.6611.521
29.8472.17252.11287.52331.31419.9929-0.3631-0.0276-0.57770.58-0.1833-0.0911-0.69470.03880.54650.5219-0.42140.1948-0.0286-0.1157-0.1462-17.276-4.5919.967
36.26851.1405-1.08076.20751.38665.4308-0.11340.80140.3971-0.25430.23261.68660.1931-0.9792-0.1191-0.0504-0.11280.1833-0.21450.22340.6499-58.612-28.2818.913
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 17211 - 182
2X-RAY DIFFRACTION1AC5001
3X-RAY DIFFRACTION1AA255 - 373265 - 383
4X-RAY DIFFRACTION2AA173 - 254183 - 264
5X-RAY DIFFRACTION3AA374 - 489384 - 499

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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