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- PDB-2q8x: The high-resolution crystal structure of ixt6, a thermophilic, in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2q8x
タイトルThe high-resolution crystal structure of ixt6, a thermophilic, intracellular xylanase from G. stearothermophilus
要素intra-cellular xylanase
キーワードHYDROLASE / XYLANASE / INTRACELLULAR
機能・相同性
機能・相同性情報


endo-1,4-beta-xylanase activity / endo-1,4-beta-xylanase / xylan catabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) domain profile. / Glycoside hydrolase family 10 / Glycoside hydrolase family 10 domain / Glycosyl hydrolase family 10 / Glycosyl hydrolase family 10 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Solomon, V. / Teplitsky, A. / Gilboa, R. / Zolotnitsky, G. / Golan, G. / Reiland, V. / Moryles, S. / Shoham, Y. / Shoham, G.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2007
タイトル: Structure-specificity relationships of an intracellular xylanase from Geobacillus stearothermophilus
著者: Solomon, V. / Teplitsky, A. / Shulami, S. / Zolotnitsky, G. / Shoham, Y. / Shoham, G.
履歴
登録2007年6月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.location / _software.name / _software.type
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: intra-cellular xylanase
B: intra-cellular xylanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,63317
ポリマ－77,3902
非ポリマー1,24315
水12,232679
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)169.481, 80.579, 79.054
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.89, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The second biological molecule is generated by the symmetry operations: X,Y,Z -X,Y,-Z 1/2+X,1/2+Y,Z 1/2-X,1/2+Y,-Z

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要素

#1: タンパク質 intra-cellular xylanase / E.C.3.2.1.8 / Xylanase


分子量: 38694.867 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
株: BACTERIA T-6 / 遺伝子: XYNA2 / プラスミド: PET9D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q09LY9, endo-1,4-beta-xylanase
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 679 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.9M sodium acetate, 0.1M cacodylate pH=6.5, 293.0 K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年11月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→38 Å / Num. all: 187710 / Num. obs: 171850 / % possible obs: 91.6 % / Observed criterion σ(I): 18.1 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 22.3 Å2 / Rsym value: 0.058 / Net I/σ(I): 18.1
反射 シェル解像度: 1.45→1.48 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.444 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Rsym value: 0.342 / % possible all: 52.3

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位相決定

Phasing MRCor.coef. Fo:Fc: 0.303 / Packing: 0.443
最高解像度最低解像度手法Reflection percentσ(F)
Translation4 Å15 Ågeneral97.1 0
Phasing dmDelta phi final: 8.82 / Delta phi initial: 35.53 / FOM : 0.742 / Mask type: RMS / 手法: FLIP / 反射: 98480
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
6.62-385.7190.7292048
5.26-6.627.4060.7712014
4.6-5.266.6030.7922008
4.18-4.67.3850.7831986
3.88-4.187.3730.7871972
3.65-3.887.9920.7941996
3.47-3.658.4340.7941970
3.32-3.479.1010.7811986
3.19-3.328.9870.7851974
3.08-3.198.4780.7721983
2.98-3.089.1170.7811983
2.9-2.988.9250.7711941
2.82-2.98.8440.7511969
2.75-2.828.4380.7691980
2.69-2.758.4220.7551952
2.63-2.698.6640.7571979
2.58-2.639.5370.7522001
2.53-2.589.5710.7541959
2.48-2.538.5850.741971
2.44-2.488.6670.7541975
2.4-2.448.9830.7461920
2.37-2.49.2730.7411984
2.33-2.378.5850.7491984
2.3-2.338.8310.7381960
2.27-2.38.2320.7431974
2.24-2.279.2020.7321928
2.21-2.248.8460.7482011
2.18-2.219.0040.7441906
2.16-2.188.720.7442016
2.13-2.169.2270.7441937
2.11-2.138.5790.751967
2.09-2.118.3170.7311949
2.07-2.098.9930.7411982
2.05-2.078.7380.7311966
2.03-2.058.4670.7281955
2.01-2.039.1290.721981
1.99-2.018.6590.7181954
1.97-1.998.6860.7221954
1.96-1.979.0270.7251967
1.94-1.968.9880.721965
1.92-1.949.6010.7191961
1.91-1.929.1870.7421982
1.89-1.919.2020.711950
1.88-1.899.4410.6981920
1.86-1.889.6140.6861986
1.85-1.869.9880.71946
1.84-1.859.4370.7061950
1.82-1.8410.010.6871978
1.81-1.8210.3760.6881974
1.8-1.8111.9620.691926

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SHELXL-97精密化
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
SHELX精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
CNS位相決定
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1R85 Initial model of Xylanase T-6 (family10) of G.bacillus stearothermophilus

1r85


解像度: 1.45→15 Å / Num. parameters: 55364 / Num. restraintsaints: 68965 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF) BY ?
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1901 6741 4.3 %RANDOM
all0.15 156685 --
obs0.1499 -83.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 30.434 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.09 Å / Num. disordered residues: 29 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 6135.99
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5385 0 80 679 6144
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.03
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.029
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.059
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.073
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.02
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.004
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.037
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.101
LS精密化 シェル解像度: 1.45→1.497 Å / Rfactor Rwork: 0.24

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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