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- PDB-2q8w: Crystal structure of PAP-S1aci, a pokeweed antiviral protein from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2q8w
タイトルCrystal structure of PAP-S1aci, a pokeweed antiviral protein from seeds of Phytolacca acinosa
要素POKEWEED ANTIVIRAL PROTEIN
キーワードHYDROLASE / RIP fold / natural Asn-GlcNAc residues
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / defense response / toxin activity / negative regulation of translation
類似検索 - 分子機能
Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A subunit); domain 1 / Ricin (A subunit), domain 1 / Ribosome-inactivating protein conserved site / Shiga/ricin ribosomal inactivating toxins active site signature. / Ribosome-inactivating protein type 1/2 / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 / Ribosome-inactivating protein, subdomain 2 ...Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A subunit); domain 1 / Ricin (A subunit), domain 1 / Ribosome-inactivating protein conserved site / Shiga/ricin ribosomal inactivating toxins active site signature. / Ribosome-inactivating protein type 1/2 / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 / Ribosome-inactivating protein, subdomain 2 / Ribosome-inactivating protein superfamily / Ribosome inactivating protein / Few Secondary Structures / Irregular / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
rRNA N-glycosylase
類似検索 - 構成要素
生物種Phytolacca acinosa (ヤマゴボウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Hogg, T. / Hilgenfeld, R.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: The complete covalent structure and 1.7 A crystal structure of PAP-S1aci reveals a RIP glycoprotein with multiple Asn-GlcNAc modifications
著者: Hogg, T. / Bezouska, K. / Ulbrich, N. / Kuta Smatanova, I. / Hilgenfeld, R.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002
タイトル: Sugar-mediated lattice contacts in crystals of a plant glycoprotein
著者: Hogg, T. / Kuta Smatanova, I. / Bezouska, K. / Ulbrich, N. / Hilgenfeld, R.
履歴
登録2007年6月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / diffrn_source ...chem_comp / diffrn_source / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 999 SEQUENCE AT THE TIME OF PROCESSING, THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN IS NOT AVAILABLE AT THE UNP ... SEQUENCE AT THE TIME OF PROCESSING, THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN IS NOT AVAILABLE AT THE UNP SEQUENCE DATABASE.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: POKEWEED ANTIVIRAL PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5382
ポリマ－29,3161
非ポリマー2211
水8,359464
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)78.630, 84.190, 90.880
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-655-

HOH

21A-665-

HOH

31A-687-

HOH

41A-691-

HOH

51A-747-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 POKEWEED ANTIVIRAL PROTEIN / EC 3.2.2.22


分子量: 29316.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Phytolacca acinosa (ヤマゴボウ) / 器官: seeds / 参照: UniProt: D0VWY1*PLUS, rRNA N-glycosylase
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 464 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

Buffer名称: Sample Lyophilization Buffer
Buffer componentsConc: 1000 mM / 名称: Sodium chloride
結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.03 %
Preparation: Mounted directly from mother liquor onto nylon cryo loop. Flash-cooled to 100K in nitrogen gas stream
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: Drop: 4 uL 20mg/ml protein, 4 uL 42-44% PEG 4K, 2 uL 1M sodium citrate, 100 mM phosphate buffer, pH 7.2 Reservoir: 1000 uL 42-44% PEG 4K in 100 mM phosphate buffer, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, ...詳細: Drop: 4 uL 20mg/ml protein, 4 uL 42-44% PEG 4K, 2 uL 1M sodium citrate, 100 mM phosphate buffer, pH 7.2 Reservoir: 1000 uL 42-44% PEG 4K in 100 mM phosphate buffer, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.8033 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2001年6月17日
放射モノクロメーター: Si[111], horizontally focused / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→30 Å / Num. all: 33627 / Num. obs: 33596 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.4 % / Biso Wilson estimate: 20.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 55.7
反射 シェル解像度: 1.7→1.74 Å / 冗長度: 12.4 % / Rmerge(I) obs: 0.389 / Mean I/σ(I) obs: 7.1 / Num. unique all: 2194 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1PAF

1paf


解像度: 1.7→29.73 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 420622.08 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.211 1625 5 %RANDOM
Rwork0.169 ---
obs-32752 97.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 58.3382 Å2 / ksol: 0.371339 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 26.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.65 Å20 Å20 Å2
2---8.28 Å20 Å2
3---1.63 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.22 Å0.17 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.16 Å0.14 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→29.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2061 0 14 464 2539
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.02
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.461.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.252.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.043
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.385
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.78 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.277 194 5 %
Rwork0.23 3654 -
obs-3848 93.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMPNAG.TOP
X-RAY DIFFRACTION3NAG.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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