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万見
- PDB-2q8v: NblA protein from T. vulcanus crystallized with urea -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2q8v
タイトルNblA protein from T. vulcanus crystallized with urea
要素NblA protein
キーワードPROTEIN BINDING / Phycobilisome / nutrient starvation / disassembly / bleaching
機能・相同性Phycobilisome degradation protein NblA / Phycobilisome degradation protein NblA / Phycobilisome degradation protein NblA superfamily / Phycobilisome degradation protein nblA / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / UREA / NblA
機能・相同性情報
生物種Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / SAD/Molecular Replacement / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Adir, N. / Dines, M.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Structural, Functional, and Mutational Analysis of the NblA Protein Provides Insight into Possible Modes of Interaction with the Phycobilisome
著者: Dines, M. / Sendersky, E. / David, L. / Schwarz, R. / Adir, N.
#1: ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2007
タイトル: Crystallization of sparingly soluble stress-related proteins from cyanobacteria by controlled urea solublization
著者: Dines, M. / Sendersky, E. / Schwarz, R. / Adir, N.
履歴
登録2007年6月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NblA protein
B: NblA protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,0554
ポリマ－14,9352
非ポリマー1202
水28816
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3810 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area7520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.265, 43.265, 149.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 NblA protein


分子量: 7467.691 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
遺伝子: nblA / プラスミド: pQE60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A7LBW5*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-URE / UREA / 尿素


分子量: 60.055 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH4N2O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 25% elthelene glycol, 2M Urea, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF BM30A10.97913
シンクロトロンESRF ID14-120.9792
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979131
20.97921
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 6108 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2.5 / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 19.1
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.326 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique all: 849 / Rsym value: 0.358 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
CCP4モデル構築
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: SAD/Molecular Replacement
開始モデル: 1OJH

1ojh


解像度: 2.5→30 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.264 984 -random
Rwork0.245 ---
obs-6108 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 36.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.085 Å2-7.701 Å20 Å2
2---6.085 Å20 Å2
3---12.17 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.36 Å0.34 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.19 Å0.27 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数843 0 8 16 867
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.09
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0096
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.72

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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