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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2q8v | ||||||
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タイトル | NblA protein from T. vulcanus crystallized with urea | ||||||
要素 | NblA protein | ||||||
キーワード | PROTEIN BINDING / Phycobilisome / nutrient starvation / disassembly / bleaching | ||||||
機能・相同性 | Phycobilisome degradation protein NblA / Phycobilisome degradation protein NblA / Phycobilisome degradation protein NblA superfamily / Phycobilisome degradation protein nblA / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / UREA / NblA 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / SAD/Molecular Replacement / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Adir, N. / Dines, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008 タイトル: Structural, Functional, and Mutational Analysis of the NblA Protein Provides Insight into Possible Modes of Interaction with the Phycobilisome 著者: Dines, M. / Sendersky, E. / David, L. / Schwarz, R. / Adir, N. #1: ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2007 タイトル: Crystallization of sparingly soluble stress-related proteins from cyanobacteria by controlled urea solublization 著者: Dines, M. / Sendersky, E. / Schwarz, R. / Adir, N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2q8v.cif.gz | 31.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2q8v.ent.gz | 22.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2q8v.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2q8v_validation.pdf.gz | 443.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2q8v_full_validation.pdf.gz | 446.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2q8v_validation.xml.gz | 6.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2q8v_validation.cif.gz | 8.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q8/2q8v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q8/2q8v | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7467.691 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) 遺伝子: nblA / プラスミド: pQE60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A7LBW5*PLUS #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.49 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 25% elthelene glycol, 2M Urea, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD | |||||||||||||||
放射 |
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放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 6108 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2.5 / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 19.1 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.326 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique all: 849 / Rsym value: 0.358 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: SAD/Molecular Replacement 開始モデル: 1OJH 解像度: 2.5→30 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 36.4 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→30 Å
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拘束条件 |
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