PDB-2q8o: crystal structure of mouse GITR ligand dimer

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2q8o

タイトル

crystal structure of mouse GITR ligand dimer

要素

GITR ligand

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / TNF / GITR / Dimer

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of dendritic cell chemotaxis / negative regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / TNFs bind their physiological receptors / tumor necrosis factor receptor superfamily binding / tumor necrosis factor receptor binding / positive regulation of monocyte chemotaxis / positive regulation of leukocyte migration / regulation of T cell proliferation / positive regulation of macrophage chemotaxis / positive regulation of cell adhesion ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

多重同系置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Zhaocai, Z. / Yukiko, T.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2008
タイトル: Structural basis for ligand-mediated mouse GITR activation.
著者: Zhou, Z. / Tone, Y. / Song, X. / Furuuchi, K. / Lear, J.D. / Waldmann, H. / Tone, M. / Greene, M.I. / Murali, R.

履歴

登録	2007年6月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年12月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2q8o.cif.gz	66.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2q8o.ent.gz	53.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2q8o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2q8o_validation.pdf.gz	436.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2q8o_full_validation.pdf.gz	441.5 KB	表示
XML形式データ	2q8o_validation.xml.gz	14.6 KB	表示
CIF形式データ	2q8o_validation.cif.gz	20.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q8/2q8o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q8/2q8o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3b9i-d 2qdn-d 2htb-4 3fc0-d 4egd-2 4egd-1 2htb-1 5cwq-d 4tuf-1 2ciq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: GITR ligand

B: GITR ligand

31.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.556, 70.402, 71.647
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	GITR ligand 分子量: 15542.974 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Tnfsf18 / プラスミド: pRSET / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q80YG2, UniProt: Q7TS55*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 252 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.28 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 100 mM HEPES pH7.5 and 20% PEG10000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年4月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→50.19 Å / Num. obs: 27551 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 21.9 % / B_iso Wilson estimate: 18.1 Å² / R_sym value: 0.075 / Net I/σ(I): 48.56
反射シェル	解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 21.4 % / Mean I/σ(I) obs: 8 / Num. unique all: 2688 / R_sym value: 0.473 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換 / 解像度: 1.75→50.19 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / SU B: 4.021 / SU ML: 0.071 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.124 / ESU R Free: 0.12 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22085	1214	4.5 %	RANDOM
R_work	0.18036	-	-	-
obs	0.18036	25908	98.61 %	-
all	-	26273	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.9 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.18 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.44 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.26 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→50.19 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1999	0	0	252	2251

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	2223
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.405	1.975	3048
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.839	5	284
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.618	25.862	87
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.617	15	405
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.101	0.2	342
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1686
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.213	0.2	1077
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.315	0.2	1556
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.235	0.2	232
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.124	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.138	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.951	1.5	1402
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.446	2	2251
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.364	3	946
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.732	4.5	797
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.749→1.794 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_work	0.219	1917	-
R_free	-	0	-
obs	-	1917	96.23 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7154	0.1356	0.0362	2.1172	-0.2647	0.3527	0.0325	-0.0001	0.0275	0.0201	-0.0419	0.1165	-0.0166	-0.0076	0.0094	-0.0332	-0.0045	0.002	-0.059	0.0122	-0.0319	6.573	36.186	63.423
2	0.8157	0.3988	0.339	1.6553	0.2044	0.7173	0.0709	0.0749	-0.0111	-0.0728	-0.0888	-0.1814	-0.0157	0.0794	0.0179	-0.034	0.0069	0.0029	-0.0556	0.0156	-0.0154	24.421	30.224	60.18

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	49 - 54	12 - 17
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	60 - 98	23 - 61
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	100 - 122	63 - 85
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	49 - 54	12 - 17
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	60 - 98	23 - 61
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	100 - 122	63 - 85

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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