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万見
- PDB-2q8m: T-like Fructose-1,6-bisphosphatase from Escherichia coli with AMP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2q8m
タイトルT-like Fructose-1,6-bisphosphatase from Escherichia coli with AMP, Glucose 6-phosphate, and Fructose 1,6-bisphosphate bound
要素Fructose-bisphosphatase
キーワードHYDROLASE / GLYCOLYSIS / GLUCONEOGENESIS / BACTERIA / CARBOHYDRATE METABOLISM / DIABETES / PROTEIN-PROTEIN INTERACTIONS / PROTEOBACTERIA / GRAM-NEGATIVE / PROTEIN CRYSTALLOGRAPHY / HETEROTROPHIC / ALLOSTERIC REGULATION
機能・相同性
機能・相同性情報


sucrose biosynthetic process / fructose-bisphosphatase / fructose 1,6-bisphosphate 1-phosphatase activity / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / fructose metabolic process / fructose 6-phosphate metabolic process / gluconeogenesis / nucleotide binding / magnesium ion binding / protein-containing complex ...sucrose biosynthetic process / fructose-bisphosphatase / fructose 1,6-bisphosphate 1-phosphatase activity / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / fructose metabolic process / fructose 6-phosphate metabolic process / gluconeogenesis / nucleotide binding / magnesium ion binding / protein-containing complex / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Fructose-1,6-bisphosphatase / Fructose-1,6-bisphosphatase, active site / Fructose-1-6-bisphosphatase active site. / Fructose-1,6-bisphosphatase class 1 / Fructose-1-6-bisphosphatase class I, N-terminal / Fructose-1-6-bisphosphatase class 1, C-terminal / Fructose-1-6-bisphosphatase, N-terminal domain / Fructose-1-6-bisphosphatase, C-terminal domain / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 - #80 / Fructose-1,6-Bisphosphatase, subunit A, domain 1 ...Fructose-1,6-bisphosphatase / Fructose-1,6-bisphosphatase, active site / Fructose-1-6-bisphosphatase active site. / Fructose-1,6-bisphosphatase class 1 / Fructose-1-6-bisphosphatase class I, N-terminal / Fructose-1-6-bisphosphatase class 1, C-terminal / Fructose-1-6-bisphosphatase, N-terminal domain / Fructose-1-6-bisphosphatase, C-terminal domain / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 - #80 / Fructose-1,6-Bisphosphatase, subunit A, domain 1 / Fructose-1,6-Bisphosphatase; Chain A, domain 1 / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / 6-O-phosphono-beta-D-glucopyranose / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / Fructose-1,6-bisphosphatase class 1 / Fructose-1,6-bisphosphatase class 1
類似検索 - 構成要素
生物種Shigella boydii (ボイド赤痢菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Hines, J.K. / Kruesel, C.E. / Fromm, H.J. / Honzatko, R.B.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Structure of Inhibited Fructose-1,6-bisphosphatase from Escherichia coli: DISTINCT ALLOSTERIC INHIBITION SITES FOR AMP AND GLUCOSE 6-PHOSPHATE AND THE CHARACTERIZATION OF A GLUCONEOGENIC SWITCH.
著者: Hines, J.K. / Kruesel, C.E. / Fromm, H.J. / Honzatko, R.B.
履歴
登録2007年6月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.62024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fructose-bisphosphatase
B: Fructose-bisphosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,16114
ポリマ－74,3222
非ポリマー1,83812
水5,621312
1
A: Fructose-bisphosphatase
B: Fructose-bisphosphatase
ヘテロ分子

A: Fructose-bisphosphatase
B: Fructose-bisphosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,32228
ポリマ－148,6454
非ポリマー3,67724
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/41
Buried area18800 Å2
ΔGint-205 kcal/mol
Surface area42840 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)124.640, 124.640, 132.280
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number91
Space group name H-MP4122

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Fructose-bisphosphatase


分子量: 37161.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Shigella boydii (ボイド赤痢菌) / 株: XL1-Blue / 遺伝子: fbp / プラスミド: pET-24b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DF657
参照: UniProt: Q31TG8, UniProt: P0A993*PLUS, fructose-bisphosphatase

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糖 , 2種, 3分子

#2: 糖 ChemComp-BG6 / 6-O-phosphono-beta-D-glucopyranose / BETA-D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE / 6-O-phosphono-beta-D-glucose / 6-O-phosphono-D-glucose / 6-O-phosphono-glucose / β-D-グルコピラノ-ス6-りん酸


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 260.136 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H13O9P
識別子タイププログラム
b-D-Glcp6PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 糖 ChemComp-FBP / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / BETA-FRUCTOSE-1,6-DIPHOSPHATE / FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATE / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructose / 1,6-di-O-phosphono-D-fructose / 1,6-di-O-phosphono-fructose / β-D-フルクトフラノ-ス1,6-ビスりん酸


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 340.116 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H14O12P2
識別子タイププログラム
b-D-Fruf1PO36PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

-
非ポリマー , 4種, 321分子

#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 312 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.4 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: Protein solution: (15 mg/mL enzyme (pH 7.4), 20 mM dithiothreitol (DTT), 0.1 mM EDTA, 5 mM Fru-1,6-P2, 5 mM MgCl2, and 5 mM AMP) Precipitant solution: (50 mM MES-NaOH, pH 6.5, 13% (w/v) PEG ...詳細: Protein solution: (15 mg/mL enzyme (pH 7.4), 20 mM dithiothreitol (DTT), 0.1 mM EDTA, 5 mM Fru-1,6-P2, 5 mM MgCl2, and 5 mM AMP) Precipitant solution: (50 mM MES-NaOH, pH 6.5, 13% (w/v) PEG 10,000, and 20% (w/v) sucrose), pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2005年1月29日
放射モノクロメーター: Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 2.43 % / Av σ(I) over netI: 9.2 / 数: 155574 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Χ2: 1.01 / D res high: 2.05 Å / D res low: 39.41 Å / Num. obs: 63542 / % possible obs: 96.6
Diffraction reflection shell

ID: 1

最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)Rmerge(I) obsChi squaredRedundancyRejects
4.4139.4189.30.0521.242.45447
3.54.4197.50.0451.042.4161
3.063.598.60.0591.12.39126
2.783.0698.40.0761.042.41117
2.582.7898.20.09612.4288
2.432.5897.80.1190.982.4355
2.312.4397.40.1350.912.4448
2.212.3196.90.1630.932.4455
2.122.2196.30.1940.912.4638
2.052.1295.70.2550.922.4732
反射解像度: 2.05→39.41 Å / Num. all: 63542 / Num. obs: 63542 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.43 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rsym value: 0.068 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I): 9.2 / Scaling rejects: 1167
反射 シェル解像度: 2.05→2.12 Å / 冗長度: 2.47 % / Rmerge(I) obs: 0.255 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. measured all: 15355 / Num. unique all: 6202 / Rsym value: 0.255 / Χ2: 0.92 / % possible all: 95.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK9.2DDzdata processing
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
CrystalClearデータ収集
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2GQ1

2gq1


解像度: 2.05→37.77 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 2166598.5 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.235 6416 10.1 %RANDOM
Rwork0.209 ---
all0.212 63536 --
obs0.212 63536 96.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 51.77 Å2 / ksol: 0.369 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 31.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.71 Å20 Å20 Å2
2---1.71 Å20 Å2
3---3.43 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.27 Å0.23 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.21 Å0.18 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→37.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4868 0 109 312 5289
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.74
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.381.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.22
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.362
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.242.5
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.12 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.282 620 10 %
Rwork0.258 5579 -
obs-6199 95.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4lig.paramlig.top
X-RAY DIFFRACTION5G6P-MES.paramG6P-MES.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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