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万見
- PDB-2q8h: Structure of pyruvate dehydrogenase kinase isoform 1 in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2q8h
タイトルStructure of pyruvate dehydrogenase kinase isoform 1 in complex with dichloroacetate (DCA)
要素[Pyruvate dehydrogenase [lipoamide]] kinase isozyme 1
キーワードTRANSFERASE / GHKL ATPase/kinase family / pyruvate dehydrogenase complex / mitochondrial kinase / dichroloacetate
機能・相同性
機能・相同性情報


hypoxia-inducible factor-1alpha signaling pathway / [pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase / pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) kinase activity / regulation of pyruvate decarboxylation to acetyl-CoA / Regulation of pyruvate dehydrogenase (PDH) complex / pyruvate dehydrogenase complex / Signaling by Retinoic Acid / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / regulation of glucose metabolic process / Mitochondrial protein degradation ...hypoxia-inducible factor-1alpha signaling pathway / [pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase / pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) kinase activity / regulation of pyruvate decarboxylation to acetyl-CoA / Regulation of pyruvate dehydrogenase (PDH) complex / pyruvate dehydrogenase complex / Signaling by Retinoic Acid / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / regulation of glucose metabolic process / Mitochondrial protein degradation / glucose metabolic process / cell population proliferation / protein kinase activity / mitochondrial matrix / mitochondrion / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Alpha-ketoacid/pyruvate dehydrogenase kinase, N-terminal domain / Branched-chain alpha-ketoacid dehydrogenase kinase/Pyruvate dehydrogenase kinase, N-terminal / Alpha-ketoacid/pyruvate dehydrogenase kinase, N-terminal domain superfamily / PDK/BCKDK protein kinase / Mitochondrial branched-chain alpha-ketoacid dehydrogenase kinase / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 ...Alpha-ketoacid/pyruvate dehydrogenase kinase, N-terminal domain / Branched-chain alpha-ketoacid dehydrogenase kinase/Pyruvate dehydrogenase kinase, N-terminal / Alpha-ketoacid/pyruvate dehydrogenase kinase, N-terminal domain superfamily / PDK/BCKDK protein kinase / Mitochondrial branched-chain alpha-ketoacid dehydrogenase kinase / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DICHLORO-ACETIC ACID / [Pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase isozyme 1, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2 Å
データ登録者Kato, M. / Li, J. / Chuang, J.L. / Chuang, D.T.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2007
タイトル: Distinct Structural Mechanisms for Inhibition of Pyruvate Dehydrogenase Kinase Isoforms by AZD7545, Dichloroacetate, and Radicicol.
著者: Kato, M. / Li, J. / Chuang, J.L. / Chuang, D.T.
履歴
登録2007年6月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: [Pyruvate dehydrogenase [lipoamide]] kinase isozyme 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,5303
ポリマ－46,3621
非ポリマー1682
水4,360242
1
A: [Pyruvate dehydrogenase [lipoamide]] kinase isozyme 1
ヘテロ分子

A: [Pyruvate dehydrogenase [lipoamide]] kinase isozyme 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,0596
ポリマ－92,7232
非ポリマー3364
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area5120 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area32330 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)98.323, 98.323, 110.559
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-462-

HOH

詳細The second part of the biological assembly is generated by the following operation: Y,X,-Z

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要素

#1: タンパク質 [Pyruvate dehydrogenase [lipoamide]] kinase isozyme 1 / Pyruvate dehydrogenase kinase isoform 1


分子量: 46361.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDK1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: Q15118, [pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase
#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物 ChemComp-TF4 / DICHLORO-ACETIC ACID / ジクロロ酢酸


分子量: 128.942 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H2Cl2O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 242 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.29 %
結晶化温度: 293 K / pH: 5.6
詳細: 0.42 M NaK tartrate, 0.1 M Na citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 37074 / % possible obs: 99.4 %
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.561 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: pdb entry 2Q8F

2q8f


解像度: 2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 8.827 / SU ML: 0.131 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射
Rfree0.277 1802 5 %
Rwork0.23 --
obs0.232 36097 96.8 %
溶媒の処理溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 44.04 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.44 Å20 Å20 Å2
2--0.44 Å20 Å2
3----0.88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2952 0 7 242 3201
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0223052
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3781.9634139
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0425364
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.33223.533150
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.75515513
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.5731522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2448
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022347
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.210.21433
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.22076
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1450.2235
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.2750.25
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1510.252
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1110.225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.821.51836
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.47322976
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.17131239
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1744.51162
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.441 120 -
Rwork0.372 2495 -
obs--96.07 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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