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- PDB-2q8a: Structure of the malaria antigen AMA1 in complex with a growth-in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2q8a
タイトルStructure of the malaria antigen AMA1 in complex with a growth-inhibitory antibody
要素
  • 1F9 heavy chain
  • 1F9 light chain
  • Apical membrane antigen 1
キーワードIMMUNE SYSTEM / antigen-antibody complex
機能・相同性
機能・相同性情報


apical complex / microneme / host cell surface binding / symbiont entry into host / membrane
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #430 / Apical membrane antigen 1 domain superfamily / Apical membrane antigen 1 / Apical membrane antigen 1 / Apical membrane antigen 1 / Hepatocyte Growth Factor / Hepatocyte Growth Factor / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / 3-Layer(bba) Sandwich ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #430 / Apical membrane antigen 1 domain superfamily / Apical membrane antigen 1 / Apical membrane antigen 1 / Apical membrane antigen 1 / Hepatocyte Growth Factor / Hepatocyte Growth Factor / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / 3-Layer(bba) Sandwich / Special / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Apical membrane antigen 1
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Gupta, A. / Murphy, V.J. / Anders, R.F. / Batchelor, A.H.
引用ジャーナル: PLoS Pathog. / 年: 2007
タイトル: Structure of the malaria antigen AMA1 in complex with a growth-inhibitory antibody.
著者: Coley, A.M. / Gupta, A. / Murphy, V.J. / Bai, T. / Kim, H. / Foley, M. / Anders, R.F. / Batchelor, A.H.
履歴
登録2007年6月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年12月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Apical membrane antigen 1
L: 1F9 light chain
H: 1F9 heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,4613
ポリマ－84,4613
非ポリマー00
水4,450247
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)189.762, 51.203, 91.518
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.09, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Apical membrane antigen 1


分子量: 38417.102 Da / 分子数: 1 / 断片: Domains I and II (RESIDUES 104-438) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 遺伝子: AMA1 / プラスミド: pPROEXHTb / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q7KQK5
#2: 抗体 1F9 light chain


分子量: 23698.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Hybridoma cell line / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体 1F9 heavy chain


分子量: 22345.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Hybridoma cell line / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 247 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.89 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 20 MM MES, 10 MM MNCL2, 6 % PEG 3350, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: osmic multilayer
放射モノクロメーター: Osmic multilayer mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→40 Å / Num. all: 30851 / Num. obs: 30851 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4 % / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 3.9 % / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Rsym value: 0.23 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
CrystalClearデータ収集
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1Z40, 2CGR

1z40

2cgr


解像度: 2.4→38.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 14.426 / SU ML: 0.18 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.428 / ESU R Free: 0.259 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2445 1647 5.1 %RANDOM
Rwork0.20215 ---
all0.20433 32498 --
obs0.20433 32498 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.073 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.33 Å20 Å2-1.66 Å2
2--1.26 Å20 Å2
3----0.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→38.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5544 0 0 247 5791
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0225690
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1381.9437764
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0965722
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.6625.042240
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.26515860
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.4361515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2864
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.024362
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1810.22520
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3020.23783
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1380.2417
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.180.245
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1860.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3151.53720
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.5725863
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.89632271
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.4834.51901
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.324 117 -
Rwork0.261 2253 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.2671-0.24431.23840.7371-0.17261.42820.08840.0133-0.3231-0.01240.01270.03620.1281-0.1629-0.1011-0.1367-0.00920.0231-0.23590.0048-0.169412.6917-31.270136.8069
23.913-0.69181.14411.2708-0.84624.1515-0.13510.36020.2880.0436-0.1109-0.0414-0.3812-0.14710.2459-0.08950.0336-0.009-0.05880.0275-0.1603-10.9263-12.007910.5578
39.98322.28152.48523.64030.23914.23650.1280.4192-0.3418-0.3761-0.1140.75760.0456-0.6149-0.01390.06250.1017-0.15070.5262-0.32030.1897-38.1106-26.0255-11.0128
44.62820.20281.26871.9472-1.36213.33850.0151-0.3067-0.08620.07950.13590.2509-0.1896-0.8578-0.151-0.11840.11690.06220.1574-0.0234-0.1735-24.0913-19.55526.5903
54.8423-0.544-0.91020.88552.635110.70580.54-0.3063-1.0172-0.0448-0.02990.29351.1584-0.6809-0.51010.2271-0.1163-0.17340.4288-0.22890.5153-36.2377-36.13021.3753
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA107 - 4385 - 336
2X-RAY DIFFRACTION2LB1 - 1061 - 106
3X-RAY DIFFRACTION3LB107 - 214107 - 214
4X-RAY DIFFRACTION4HC1 - 1101 - 110
5X-RAY DIFFRACTION5HC111 - 208111 - 208

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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