[日本語] English
万見
- PDB-2q85: Crystal Structure of E. Coli Mur B bound to a Naphthyl Tetronic A... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2q85
タイトルCrystal Structure of E. Coli Mur B bound to a Naphthyl Tetronic Acid inihibitor
要素UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-N-acetylmuramate dehydrogenase / UDP-N-acetylmuramate dehydrogenase activity / peptidoglycan biosynthetic process / FAD binding / cell wall organization / flavin adenine dinucleotide binding / regulation of cell shape / cell division / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 1 / UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase, C-terminal domain / UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase / UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase, C-terminal / UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase, C-terminal domain superfamily / UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase, C-terminal domain / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase, domain 2 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 2 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 - #10 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 ...Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 1 / UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase, C-terminal domain / UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase / UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase, C-terminal / UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase, C-terminal domain superfamily / UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase, C-terminal domain / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase, domain 2 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 2 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 - #10 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 / FAD linked oxidase, N-terminal / FAD binding domain / FAD-binding, type PCMH, subdomain 1 / FAD-binding domain, PCMH-type / PCMH-type FAD-binding domain profile. / FAD-binding, type PCMH, subdomain 2 / FAD-binding, type PCMH-like superfamily / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-973 / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.51 Å
データ登録者Chopra, R. / Bard, J. / Svenson, K. / Mansour, T.
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal Structure of E. Coli Mur B bound to a napthyl tetronic acid inhibitor
著者: Mansour, T. / Caulfield, C.E. / Rasmussen, B. / Chopra, R. / Krishnamurthy, G. / Morris, K.M. / Svenson, K. / Bard, J. / Smeltzer, C. / Naughton, S. / Antane, S. / Yang, Y. / Severin, A. / ...著者: Mansour, T. / Caulfield, C.E. / Rasmussen, B. / Chopra, R. / Krishnamurthy, G. / Morris, K.M. / Svenson, K. / Bard, J. / Smeltzer, C. / Naughton, S. / Antane, S. / Yang, Y. / Severin, A. / Quagliato, D. / Petersen, P.J. / Singh, G.
履歴
登録2007年6月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,0263
ポリマ－37,8921
非ポリマー1,1342
水3,891216
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)41.993, 89.301, 50.943
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.11, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase / UDP-N- acetylmuramate dehydrogenase


分子量: 37891.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P08373, EC: 1.1.1.158
#2: 化合物 ChemComp-973 / (5Z)-3-(4-CHLOROPHENYL)-4-HYDROXY-5-(1-NAPHTHYLMETHYLENE)FURAN-2(5H)-ONE


分子量: 348.779 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H13ClO3
#3: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 216 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.67 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 25% Polyethyleneglycol 8000, 0.1 M Tris, pH 8.5, 0.1 M Calcium Acetate, Vapor Diffusion, Hanging Drop, temperature 291K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年4月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→35.87 Å / Num. all: 12098 / Num. obs: 11573 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / Biso Wilson estimate: 40.3 Å2
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Num. unique all: 1188 / % possible all: 0.871

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
CrystalClearデータ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1mbt

1mbt


解像度: 2.51→35.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.884 / SU B: 9.766 / SU ML: 0.218 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 3.816 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.244 964 95.1 %RANDOM
Rwork0.166 ---
obs0.24 11573 95.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.352 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.69 Å20 Å20.89 Å2
2--0.09 Å20 Å2
3----0.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.51→35.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2662 0 78 216 2956
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0222810
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021837
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.7221.9783837
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.72934486
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.2325340
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.81224.846130
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.29415442
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.9831514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0420.2419
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0010.023130
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02550
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1480.2530
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1590.21939
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1660.21353
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0780.21388
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0630.2129
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0620.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.110.235
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0730.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.0991.52190
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0051.5692
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.10322730
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.03331415
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.0534.51107
LS精密化 シェル解像度: 2.51→2.571 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.347 712 -
Rwork0.142 42 -
obs-754 87.1 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る