PDB-2q7f: Crystal structure of YrrB: a TPR protein with an unusual peptide-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2q7f

タイトル

Crystal structure of YrrB: a TPR protein with an unusual peptide-binding site

要素

YrrB protein

キーワード

PROTEIN BINDING / TPR / YRRB

機能・相同性

機能・相同性情報

: / Anaphase-promoting complex, cyclosome, subunit 3 / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat domain / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.49 Å

データ登録者

Oh, J. / Han, D. / Kim, K. / Lim, H.

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of YrrB: A TPR protein with an unusual peptide-binding site
著者: Han, D. / Oh, J. / Kim, K. / Lim, H. / Kim, Y.

履歴

登録	2007年6月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2q7f.cif.gz	88 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2q7f.ent.gz	67.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2q7f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q7/2q7f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q7/2q7f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4nkh-5 1jtp-1 4nkh-6 6pty-d 4nkh-4 1szi-d 3k0w-d 4o8q-1 4nkh-8 6ptt-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (5) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (5) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3)

登録構造単位

A: YrrB protein

B: YrrB protein

54.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: YrrB protein

登録者が定義した集合体
27.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: YrrB protein

登録者が定義した集合体
27.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.938, 85.139, 69.048
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 130.63, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 43 - 236 / Label seq-ID: 42 - 235

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	YrrB protein 分子量: 27142.504 Da / 分子数: 2 / 断片: sequence database residues 4-202 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: 168 / 遺伝子: yrrB / プラスミド: PET 28A(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CODON PLUS RIL / 参照: UniProt: O34452
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.5 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.8 詳細: 40MM PHOTASSIUM PHOSPHATE(KH2PO4), 4% PEG 6000, 20% GLYCEROL, PH 4.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 294K, pH 4.80

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 4A / 波長: 0.9794
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月13日
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.49→30 Å / Num. obs: 14817 / % possible obs: 95.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.091
反射シェル	解像度: 2.49→2.59 Å / 冗長度: 2.5 % / R_merge(I) obs: 0.243 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 1183 / % possible all: 76.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SOLVE		位相決定
REFMAC	5.2.0005	精密化
ADSC	Quantum	データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.49→28.48 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / SU B: 22.117 / SU ML: 0.232 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.004 / ESU R Free: 0.324 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.256	1488	10 %	RANDOM
R_work	0.206	-	-	-
obs	0.211	13328	94.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 59.84 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.52 Å²	0 Å²	0.05 Å²
2-	-	-0.52 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.49→28.48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3048	0	0	56	3104

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.844	5	386
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	42.268	25.769	156
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.991	15	544
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.48	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	456
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	2380
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.215	0.2	1555
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.303	0.2	2170
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.153	0.2	94
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.181	0.2	75
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.097	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.435	1.5	1977
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.802	2	3056
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.043	3	1264
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.776	4.5	1134
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
776	medium positional	0.36	0.5
749	loose positional	0.7	5
776	medium thermal	0.67	2
749	loose thermal	1.23	10

LS精密化シェル

解像度: 2.49→2.55 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.321	90	-
R_work	0.275	749	-
obs	-	-	73.34 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0985	-0.3602	0.081	3.5509	0.0604	0.1411	-0.0613	0.2691	-0.3028	-0.0852	0.0586	0.0824	0.0827	0.117	0.0027	0.0051	0.0316	-0.0127	0.0478	-0.0293	-0.025	17.1967	52.5303	15.6273
2	0.9785	-0.1655	-0.174	2.1922	-1.4279	1.8062	-0.0366	-0.0899	0.1993	-0.0158	0.0044	0.0161	0.0208	0.0852	0.0322	-0.0869	0.0354	-0.0244	-0.0323	-0.0095	-0.1335	13.9832	74.0946	40.2465

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	44 - 61	43 - 60
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	62 - 236	61 - 235
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	44 - 61	43 - 60
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	62 - 236	61 - 235

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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