PDB-2q78: Crystal structure of a thioesterase-like protein (tm0581) from th...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2q78

タイトル

Crystal structure of a thioesterase-like protein (tm0581) from thermotoga maritima msb8 at 2.20 A resolution

要素

Uncharacterized protein

キーワード

HYDROLASE / Structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2

機能・相同性

Fluoroacetyl-CoA thioesterase / Fluoroacetyl-CoA-specific thioesterase / Hotdog Thioesterase / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / HotDog domain superfamily / Roll / Alpha Beta / MALONYL-COENZYME A / Thioesterase domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Uncharacterized protein TM0581 (TM0581) from Thermotoga maritima at 2.20 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2007年6月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年6月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.4	2017年10月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.5	2019年7月24日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: software / struct_conn Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.6	2023年1月25日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.7	2024年10月16日	Group: Data collection / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

Remark 300

BIOMOLECULE: 1,2,3,4 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 8 ...

Remark 999

SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHH FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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PDB形式	pdb2q78.ent.gz	196 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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文書・詳細版	2q78_full_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q7/2q78 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q7/2q78	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	2ydy-d 1sw1-2 5oei-d 4bb4-d 3r6u-d 4chg-3 4chg-2 5tcy-3 3f6x-3 5lq1-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 282454

類似構造データ

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その他のデータベース

TargetDB: 282454

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Uncharacterized protein

B: Uncharacterized protein

C: Uncharacterized protein

D: Uncharacterized protein

E: Uncharacterized protein

F: Uncharacterized protein

G: Uncharacterized protein

H: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

148 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Uncharacterized protein

B: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
37 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Uncharacterized protein

D: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
37 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Uncharacterized protein

F: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
37 kDa, 2 ポリマー
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4

G: Uncharacterized protein

H: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
37 kDa, 2 ポリマー
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5

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.347, 90.706, 230.420
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F
7	1	G
8	1	H

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 3 - 130 / Label seq-ID: 15 - 142

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B
3	C	C
4	D	D
5	E	E
6	F	F
7	G	G
8	H	H

詳細

SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A DIMER AS A SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE.

#1: タンパク質	Uncharacterized protein 分子量: 17633.559 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア) 生物種: Thermotoga maritima / 株: MSB8, DSM 3109, JCM 10099 / 遺伝子: TM_0581 / プラスミド: speedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q9WZ50
#2: 化合物	ChemComp-MLC / MALONYL-COENZYME A / マロニルCoA 分子量: 853.580 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₃₈N₇O₁₉P₃S
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 282 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.96 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: NANODROP, 0.8M Lithium chloride, 10.0% PEG 6000, 0.1M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97913 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月13日 / 詳細: Flat collimating mirror, toroid focusing mirror

放射

モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97913 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.2→29.975 Å / Num. obs: 65127 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.8 % / B_iso Wilson estimate: 37.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.112 / R_sym value: 0.112 / Net I/σ(I): 10.4

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
2.2-2.26	3.9	0.752	1.6	17882	4604	0.752	96.8
2.26-2.32	4.8	0.692	1.1	22420	4646	0.692	100
2.32-2.39	5	0.619	1.2	22363	4502	0.619	100
2.39-2.46	5	0.571	1.3	21788	4383	0.571	100
2.46-2.54	5	0.469	1.6	21160	4243	0.469	100
2.54-2.63	5	0.365	2.1	20702	4149	0.365	100
2.63-2.73	5	0.289	2.6	19866	3993	0.289	100
2.73-2.84	5	0.223	3.4	19023	3828	0.223	100
2.84-2.97	5	0.18	4.2	18279	3686	0.18	100
2.97-3.11	5	0.15	5	17615	3545	0.15	100
3.11-3.28	5	0.12	6.1	16690	3365	0.12	100
3.28-3.48	5	0.089	7.9	15775	3186	0.089	100
3.48-3.72	4.9	0.079	4.6	14917	3019	0.079	100
3.72-4.02	4.9	0.073	8.6	13885	2831	0.073	100
4.02-4.4	4.9	0.067	9.2	12592	2593	0.067	100
4.4-4.92	4.8	0.061	10.4	11423	2366	0.061	100
4.92-5.68	4.8	0.069	9.2	10109	2120	0.069	100
5.68-6.96	4.6	0.072	9.2	8374	1808	0.072	100
6.96-9.84	4.5	0.063	7.9	6440	1438	0.063	100
9.84-29.98	4.1	0.054	10	3345	822	0.054	96.6

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
PHENIX		精密化
SHELX		位相決定
MolProbity	3beta29	モデル構築
SCALA		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3	データ抽出
MAR345	CCD	データ収集
MOSFLM		データ削減
SHELXD		位相決定
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.2→29.975 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 10.66 / SU ML: 0.145 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.235 / ESU R Free: 0.193
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORDS CONTAIN RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. RESIDUES A/B/C/D/E/G131-141 AND F134-141 AND MOST OF THE N_TERMINAL PURIFICATION TAG ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.224	3296	5.1 %	RANDOM
R_work	0.175	-	-	-
obs	0.177	65047	99.73 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.94 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.06 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.45 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.6 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→29.975 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8219	0	434	282	8935

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	8989
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	5998
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.572	2.023	12277
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.883	3	14549
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.433	5	1104
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.571	21.721	366
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.733	15	1535
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.92	15	104
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	1466
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	9713
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1907
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	1560
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.205	0.2	6541
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	4246
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.085	0.2	5139
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.15	0.2	281
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.076	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.133	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.284	0.2	72
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.151	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.855	3	5465
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.585	3	2173
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.761	5	8649
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.367	8	3944
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.379	11	3601

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	717	MEDIUM POSITIONAL	0.29	0.5
2	B	717	MEDIUM POSITIONAL	0.24	0.5
3	C	717	MEDIUM POSITIONAL	0.39	0.5
4	D	717	MEDIUM POSITIONAL	0.27	0.5
5	E	717	MEDIUM POSITIONAL	0.22	0.5
6	F	717	MEDIUM POSITIONAL	0.31	0.5
7	G	717	MEDIUM POSITIONAL	0.25	0.5
8	H	717	MEDIUM POSITIONAL	0.24	0.5
1	A	704	LOOSE POSITIONAL	0.51	5
2	B	704	LOOSE POSITIONAL	0.47	5
3	C	704	LOOSE POSITIONAL	0.64	5
4	D	704	LOOSE POSITIONAL	0.68	5
5	E	704	LOOSE POSITIONAL	0.45	5
6	F	704	LOOSE POSITIONAL	0.64	5
7	G	704	LOOSE POSITIONAL	0.5	5
8	H	704	LOOSE POSITIONAL	0.46	5
1	A	717	MEDIUM THERMAL	1.42	2
2	B	717	MEDIUM THERMAL	0.96	2
3	C	717	MEDIUM THERMAL	0.84	2
4	D	717	MEDIUM THERMAL	1.15	2
5	E	717	MEDIUM THERMAL	0.64	2
6	F	717	MEDIUM THERMAL	0.85	2
7	G	717	MEDIUM THERMAL	0.75	2
8	H	717	MEDIUM THERMAL	0.69	2
1	A	704	LOOSE THERMAL	3.44	10
2	B	704	LOOSE THERMAL	2.7	10
3	C	704	LOOSE THERMAL	3.25	10
4	D	704	LOOSE THERMAL	4.99	10
5	E	704	LOOSE THERMAL	2.61	10
6	F	704	LOOSE THERMAL	3.18	10
7	G	704	LOOSE THERMAL	2.19	10
8	H	704	LOOSE THERMAL	2.36	10

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.278	223	-
R_work	0.224	4350	-
obs	-	4573	96.31 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7325	-0.2088	0.0133	0.9057	0.156	0.0351	0.1146	0.0109	0.1456	-0.0049	-0.003	-0.0177	-0.1602	0.1013	-0.1116	-0.1636	-0.001	-0.0171	-0.0756	0.0373	-0.1036	26.285	-4.401	-19.378
2	0.485	-0.1972	0.4034	1.3754	-0.8667	2.9992	-0.0301	0.2427	-0.0078	-0.2843	-0.0807	-0.0002	0.1569	0.0938	0.1108	-0.086	0.0231	0.0156	-0.0408	0.0213	-0.1157	24.565	-11.908	-36.297
3	2.2962	-0.1676	-0.5288	1.1419	-0.0611	2.6154	0.0728	0.2791	0.2455	-0.0014	0.0133	0.1974	-0.2141	-0.302	-0.0861	-0.1477	0.0503	0.0081	-0.0784	0.1139	0.0233	56.214	1.695	-12.229
4	1.2258	0.0323	-0.0239	0.5842	-0.5641	2.0275	0.0627	-0.0539	0.1286	0.1393	0.0123	0.1386	-0.1539	-0.2367	-0.075	-0.1524	-0.0035	0.0439	-0.1091	0.0383	-0.051	55.715	-8.898	2.761
5	0.9834	0.3608	-0.4877	1.8405	-1.8546	5.7846	-0.1474	-0.3101	0.3049	0.7726	-0.1925	-0.2396	-1.111	0.2977	0.3399	0.4706	-0.0788	-0.1489	-0.0108	-0.0793	0.1455	76.342	12.751	33.28
6	1.4841	0.4458	0.8461	1.9869	-0.4926	3.7037	-0.0268	-0.1588	0.0442	0.3138	-0.2052	-0.4844	-0.4402	0.5471	0.232	-0.0571	-0.087	-0.0562	-0.0168	0.0366	0.117	82.205	5.703	16.854
7	1.3422	0.332	0.1104	4.1489	0.0538	3.4307	-0.0847	0.0871	0.1232	-0.2914	-0.0984	-0.2625	-0.2001	0.344	0.1832	0.0381	-0.0209	0.0485	0.0195	0.1351	-0.0118	23.557	15.174	-66.237
8	0.8411	-0.1545	0.0113	2.3623	-1.7374	4.4355	-0.0475	-0.1281	0.1058	0.276	0.1003	0.1676	-0.6465	-0.3177	-0.0528	0.0389	0.0514	0.0221	0.0334	0.0571	-0.0358	11.412	14.283	-52.11

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	-4 - 130	8 - 142
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	0 - 130	12 - 142
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	0 - 130	12 - 142
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	1 - 130	13 - 142
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	E	0 - 130	12 - 142
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	F	-2 - 133	10 - 145
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	G	0 - 130	12 - 142
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	H	0 - 130	12 - 142

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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