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- PDB-2q76: Mouse anti-hen egg white lysozyme antibody F10.6.6 Fab fragment -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2q76
タイトルMouse anti-hen egg white lysozyme antibody F10.6.6 Fab fragment
要素
  • Fab F10.6.6 fragment Heavy Chain
  • Fab F10.6.6 fragment Light Chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Antibody / Fab fragment / lysozyme / affinity maturation / VH-VL interface.
機能・相同性
機能・相同性情報


B cell differentiation / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold ...: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin kappa constant
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Cauerhff, A. / Klinke, S. / Acierno, J.P. / Goldbaum, F.A. / Braden, B.C.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Affinity maturation increases the stability and plasticity of the Fv domain of anti-protein antibodies.
著者: Acierno, J.P. / Braden, B.C. / Klinke, S. / Goldbaum, F.A. / Cauerhff, A.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2004
タイトル: Structural mechanism for affinity maturation of an anti-lysozyme antibody
著者: Cauerhff, A. / Goldbaum, F.A. / Braden, B.C.
履歴
登録2007年6月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 999sequence The sequences for Fab F10.6.6 fragment Light and heavy chains are not in the UNP database ...sequence The sequences for Fab F10.6.6 fragment Light and heavy chains are not in the UNP database at the time of processing. Author indicated the sequence references AF110316.3 GI:32456055 for VH, and AY277254.1 GI:33642144 for VL, respectively. Both sequences are identical to the sequences in the coordinates.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fab F10.6.6 fragment Light Chain
B: Fab F10.6.6 fragment Heavy Chain
C: Fab F10.6.6 fragment Light Chain
D: Fab F10.6.6 fragment Heavy Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,0394
ポリマ－93,0394
非ポリマー00
水9,314517
1
A: Fab F10.6.6 fragment Light Chain
B: Fab F10.6.6 fragment Heavy Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,5192
ポリマ－46,5192
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Fab F10.6.6 fragment Light Chain
D: Fab F10.6.6 fragment Heavy Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,5192
ポリマ－46,5192
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)108.760, 80.250, 91.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.50, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: 抗体 Fab F10.6.6 fragment Light Chain


分子量: 23320.539 Da / 分子数: 2 / 断片: domain VL and CL / 由来タイプ: 天然
詳細: The antibody was obtained from ascitic fluid generated by injecting monoclonal hybridoma cells.
由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB/c / 参照: UniProt: P01837*PLUS
#2: 抗体 Fab F10.6.6 fragment Heavy Chain


分子量: 23198.896 Da / 分子数: 2 / 断片: domain VH and CH1 / 由来タイプ: 天然
詳細: The antibody was obtained from ascitic fluid generated by injecting monoclonal hybridoma cells.
由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB/c
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 517 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.63 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.7
詳細: The F10.6.6 Fab fragment was crystallized in a mother liquor containing 24% (w/v) PEG 1000, 0.2 M CaCl2 and 0.1 M acetate buffer pH 4.7. Large prisms of about 0.30 mm x 0.05 mm x 0.05 mm were ...詳細: The F10.6.6 Fab fragment was crystallized in a mother liquor containing 24% (w/v) PEG 1000, 0.2 M CaCl2 and 0.1 M acetate buffer pH 4.7. Large prisms of about 0.30 mm x 0.05 mm x 0.05 mm were obtained after several weeks. VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K, pH 4.70

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: D03B-MX1 / 波長: 1.431 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2003年5月14日
放射モノクロメーター: SI SINGLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.431 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 50300 / Num. obs: 50300 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.1 % / Biso Wilson estimate: 19.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 0.195 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 7122 / Rsym value: 0.195 / % possible all: 92

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解析

ソフトウェア
名称分類
MAR345dtbデータ収集
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Fab fragment of PDB 1P2C

1p2c


解像度: 2→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数
Rfree0.233 4403
Rwork0.196 -
obs0.198 47530
all-50300
原子変位パラメータBiso mean: 22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6484 0 0 517 7001
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.41
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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