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- PDB-2q6i: salL with ClDA and LMet -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2q6i
タイトルsalL with ClDA and LMet
要素Hypothetical protein
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / chlorinase / ClDA and L-Met complex
機能・相同性
機能・相同性情報


adenosyl-chloride synthase / transferase activity, transferring alkyl or aryl (other than methyl) groups
類似検索 - 分子機能
Bacterial fluorinating enzyme like / S-adenosyl-l-methionine hydroxide adenosyltransferase, N-terminal / S-adenosyl-l-methionine hydroxide adenosyltransferase / S-adenosyl-l-methionine hydroxide adenosyltransferase, C-terminal domain superfamily / S-adenosyl-l-methionine hydroxide adenosyltransferase, N-terminal domain superfamily / S-adenosyl-l-methionine hydroxide adenosyltransferase, N-terminal domain / S-adenosyl-l-methionine hydroxide adenosyltransferase, C-terminal domain / SAM hydroxide adenosyltransferase N-terminal domain / SAM hydroxide adenosyltransferase C-terminal domain / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 ...Bacterial fluorinating enzyme like / S-adenosyl-l-methionine hydroxide adenosyltransferase, N-terminal / S-adenosyl-l-methionine hydroxide adenosyltransferase / S-adenosyl-l-methionine hydroxide adenosyltransferase, C-terminal domain superfamily / S-adenosyl-l-methionine hydroxide adenosyltransferase, N-terminal domain superfamily / S-adenosyl-l-methionine hydroxide adenosyltransferase, N-terminal domain / S-adenosyl-l-methionine hydroxide adenosyltransferase, C-terminal domain / SAM hydroxide adenosyltransferase N-terminal domain / SAM hydroxide adenosyltransferase C-terminal domain / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Beta Barrel / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5'-CHLORO-5'-DEOXYADENOSINE / METHIONINE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Adenosyl-chloride synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Salinispora tropica (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Noel, J.P. / Pojer, F.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2008
タイトル: Discovery and characterization of a marine bacterial SAM-dependent chlorinase
著者: Eustaquio, A.S. / Pojer, F. / Noel, J.P. / Moore, B.S.
履歴
登録2007年6月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9296
ポリマ－30,1751
非ポリマー7535
水93752
1
A: Hypothetical protein
ヘテロ分子

A: Hypothetical protein
ヘテロ分子

A: Hypothetical protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,78618
ポリマ－90,5263
非ポリマー2,26015
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area11830 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area29260 Å2
手法PISA, PQS
2
A: Hypothetical protein
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)185,57136
ポリマ－181,0526
非ポリマー4,52030
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
crystal symmetry operation10_555-y,-x,-z+1/21
crystal symmetry operation11_655-x+y+1,y,-z+1/21
crystal symmetry operation12_545x,x-y-1,-z+1/21
Buried area27340 Å2
ΔGint-103 kcal/mol
Surface area54840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.030, 111.030, 93.310
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-618-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical protein


分子量: 30175.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salinispora tropica (バクテリア)
株: CNB-440 / 遺伝子: salL / プラスミド: pHis8 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A4X3Q0
#2: 化合物 ChemComp-5CD / 5'-CHLORO-5'-DEOXYADENOSINE / 5′-クロロ-5′-デオキシアデノシン


分子量: 285.687 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12ClN5O3
#3: 化合物 ChemComp-MET / METHIONINE / メチオニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 149.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11NO2S
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.26 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 28% PEG3350, 0.3M KCL, 2mM DTT, 0.1 M MOPSO, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月1日
放射モノクロメーター: Double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→20 Å / Num. obs: 10922 / 冗長度: 14.92 % / Rsym value: 0.153 / Net I/σ(I): 19.39
反射 シェル解像度: 2.6→2.76 Å / 冗長度: 14.65 % / Rsym value: 0.454

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1RQP

1rqp


解像度: 2.6→19.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.907 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.868 / SU B: 9.457 / SU ML: 0.212 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.591 / ESU R Free: 0.315 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26203 521 4.8 %RANDOM
Rwork0.20612 ---
obs0.20879 10353 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.261 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å2-0.01 Å20 Å2
2---0.03 Å20 Å2
3---0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→19.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1999 0 49 52 2100
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0222132
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2261.9892915
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1875272
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.38624.41986
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.46315298
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.5761510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2337
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.021628
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1910.2899
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.21410
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1220.2109
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1620.267
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1690.211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4951.51385
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.89922196
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.1593835
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.8994.5719
LS精密化 シェル解像度: 2.601→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.302 --
Rwork0.228 728 -
all-37 -
obs--99.74 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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