PDB-2q6l: SalL double mutant Y70T/G131S with CLDA and L-MET

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2q6l

タイトル

SalL double mutant Y70T/G131S with CLDA and L-MET

要素

Hypothetical protein

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / chlorinase / double mutant complex with ClDA and L-Met

機能・相同性

機能・相同性情報

adenosyl-chloride synthase / transferase activity, transferring alkyl or aryl (other than methyl) groups
類似検索 - 分子機能

生物種

Salinispora tropica (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.72 Å

データ登録者

Pojer, F. / Noel, J.P.

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2008
タイトル: Discovery and characterization of a marine bacterial SAM-dependent chlorinase
著者: Eustaquio, A.S. / Pojer, F. / Noel, J.P. / Moore, B.S.

履歴

登録	2007年6月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年12月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2q6l.cif.gz	63.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2q6l.ent.gz	45.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2q6l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2q6l_validation.pdf.gz	749 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2q6l_full_validation.pdf.gz	753.1 KB	表示
XML形式データ	2q6l_validation.xml.gz	12.7 KB	表示
CIF形式データ	2q6l_validation.cif.gz	16.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q6/2q6l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q6/2q6l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2q6iC 2q6kC 2q6oC 1rqpS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2cw5-d 6ryz-d 2c2w-d 1wu8-d 4cqj-d 6rz2-d 2c4t-d 2zbu-1 2c5h-d 2cc2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Hypothetical protein

ヘテロ分子

30.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Hypothetical protein

ヘテロ分子

A: Hypothetical protein

ヘテロ分子

A: Hypothetical protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
92.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Hypothetical protein

ヘテロ分子

x 6

ソフトウェアが定義した集合体
184 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_545	-y,x-y-1,z	1
crystal symmetry operation	3_655	-x+y+1,-x,z	1
crystal symmetry operation	10_555	-y,-x,-z+1/2	1
crystal symmetry operation	11_655	-x+y+1,y,-z+1/2	1
crystal symmetry operation	12_545	x,x-y-1,-z+1/2	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	111.080, 111.080, 93.360
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22

#1: タンパク質	Hypothetical protein 分子量: 30257.312 Da / 分子数: 1 / 変異: Y70T and G131S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salinispora tropica (バクテリア) 株: CNB-440 / 遺伝子: salL / プラスミド: pHis8 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A4X3Q0
#2: 化合物	ChemComp-5CD / 5'-CHLORO-5'-DEOXYADENOSINE / 5′-クロロ-5′-デオキシアデノシン分子量: 285.687 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₂ClN₅O₃
#3: 化合物	ChemComp-MET / METHIONINE / メチオニンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 149.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₁NO₂S
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.2 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 28% PEG3350, 0.3M KCL, 2mM DTT, 0.1 M MOPSO, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器	日付: 2006年9月1日
放射	モノクロメーター: Double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.72→20 Å / Num. obs: 9501 / 冗長度: 4.07 % / R_merge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 9.62
反射シェル	解像度: 2.72→2.88 Å / 冗長度: 4.14 % / R_merge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 3.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1RQP

1rqp

解像度: 2.72→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.874 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.81 / SU B: 12.531 / SU ML: 0.262 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.96 / ESU R Free: 0.372 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2829	460	4.9 %	RANDOM
R_work	0.2372	-	-	-
obs	0.23935	8293	98.72 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.178 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.71 Å²	-0.36 Å²	0 Å²
2-	-	-0.71 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.72→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1929	0	28	48	2005

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.022	2009
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.11	1.981	2749
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.571	5	255
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.008	24.177	79
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.789	15	285
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.293	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	325
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	1520
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.173	0.2	868
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.302	0.2	1332
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.093	0.2	94
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.162	0.2	64
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.124	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.217	1.5	1328
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.385	2	2088
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.41	3	774
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.726	4.5	661
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.721→2.791 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.377	40	-
R_work	0.317	649	-
obs	-	-	99.42 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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