PDB-2q63: HIV-1 PR mutant in complex with nelfinavir

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2q63

タイトル

HIV-1 PR mutant in complex with nelfinavir

要素

PROTEASE RETROPEPSIN

キーワード

HYDROLASE / resistance / nelfinavir

機能・相同性

機能・相同性情報

HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus ...
類似検索 - 分子機能

Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Rezacova, P. / Kozisek, M. / Saskova, K. / Brynda, J. / Konvalinka, J.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Molecular analysis of the HIV-1 resistance development: enzymatic activities, crystal structures, and thermodynamics of nelfinavir-resistant HIV protease mutants
著者: Kozisek, M. / Bray, J. / Rezacova, P. / Saskova, K. / Brynda, J. / Pokorna, J. / Mammano, F. / Rulisek, L. / Konvalinka, J.

履歴

登録	2007年6月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年2月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.2	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb2q63.ent.gz	43.1 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2q63_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2q63_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q6/2q63 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q6/2q63	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2pymC 2pynC 2q64C 1u8gS 2qak C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1hsg-d 3s85-4 6d0d-d 5con-d 6dh4-d 1qbr-d 3so9-d 6ogp-1 6dh3-d 6dh8-d 1hbv-d 5tyr-d 2bb9-d 4hla-d 1upj-1 1pro-d 2cem-d 3kfp-1 3nuj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#6 - 2000年6月 HIV-1タンパク質分解酵素 (HIV-1 Protease) 類似性 (2) #226 - 2018年10月アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PROTEASE RETROPEPSIN

B: PROTEASE RETROPEPSIN

ヘテロ分子

22.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.500, 62.500, 82.060
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	PRO	PRO	PHE	PHE	2	A	A	1 - 99	1 - 99
2	1	PRO	PRO	PHE	PHE	2	B	B	1 - 99	1 - 99
1	2	1UN	1UN	1UN	1UN	1	A	C	1001
2	2	1UN	1UN	1UN	1UN	1	A	C	1001

NCSアンサンブル:

ID
1
2

詳細

the biological assembly is dimer

#1: タンパク質	PROTEASE RETROPEPSIN / E.C.3.4.23.16 / HIV-1 PROTEASE 分子量: 10762.707 Da / 分子数: 2 / 変異: D30N, L90M / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 属: Lentivirus / 株: type B / 遺伝子: gag-pol / プラスミド: pET like, T7 promotor driven / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P03367, HIV-1 retropepsin
#2: 化合物	ChemComp-1UN / 2-[2-HYDROXY-3-(3-HYDROXY-2-METHYL-BENZOYLAMINO)-4-PHENYL SULFANYL-BUTYL]-DECAHYDRO-ISOQUINOLINE-3-CARBOXYLIC ACID TERT-BUTYLAMIDE / NELFINAVIR MESYLATE AG1343 / (3S,4aβ,8aβ)-N-tert-ブチル-2-[(2R,3R)-2-ヒドロキシ-3-(2-メチル-3-ヒドロキシ(以下略) 分子量: 567.782 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₂H₄₅N₃O₄S コメント: 薬剤, 抗レトロウイルス剤, プロテアーゼ阻害剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.74 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4 詳細: reservoir solution: 0.5M (NH4)2SO4, 0.1M MES pH 5.4 or pH 5.5; drops: 2+1ul (protein+reservoir}; protein: 3-5mg/ml 5-fold molar excess of inhibitor, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年3月3日 / 詳細: double mirrors X-ray optical system (Bruker)
放射	モノクロメーター: Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→54.15 Å / Num. obs: 9287 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 38 Å² / R_merge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 6.3
反射シェル	解像度: 2.1→2.2 Å / R_merge(I) obs: 0.411 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 96.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.3	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1U8G

1u8g

解像度: 2.2→54.15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.902 / SU B: 14.65 / SU ML: 0.196 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.532 / ESU R Free: 0.268 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25005	881	9.9 %	RANDOM
R_work	0.1843	-	-	-
obs	0.19074	8003	95.74 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.116 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.21 Å²	0.11 Å²	0 Å²
2-	-	0.21 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.32 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→54.15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1506	0	40	118	1664

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	1641
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.32	2.032	2231
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.406	5	198
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.869	24.737	57
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.934	15	282
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.312	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	265
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1166
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.203	0.2	758
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.316	0.2	1109
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.146	0.2	108
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.213	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.232	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.499	1.5	1015
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.741	2	1592
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.255	3	720
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.843	4.5	638
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	395	tight positional	0.04	0.05
2	2	B	40	tight positional	0.01	0.05
1	1	A	359	medium positional	0.07	0.5
1	1	A	395	tight thermal	0.08	0.5
2	2	B	40	tight thermal	0.04	0.5
1	1	A	359	medium thermal	0.09	2

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.258 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.389	62	-
R_work	0.283	454	-
obs	-	-	76.56 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1031	3.0982	-1.7093	4.8829	0.7552	34.9925	0.8684	-0.2168	-0.6088	-0.0441	-0.5868	-0.4522	-2.0511	2.9418	-0.2816	0.1227	-0.1825	-0.0829	0.1461	0.0349	0.0669	4.008	60.055	9.357
2	2.8939	-1.0439	1.3448	8.3914	-6.8246	6.3566	-0.017	-0.0222	0.2471	0.2386	0.0043	0.022	-0.338	-0.0601	0.0128	-0.0647	-0.014	-0.0073	-0.1338	-0.0056	-0.1027	-5.426	65.774	-0.516
3	13.1091	-10.5808	3.9984	31.1602	-10.848	6.4946	0.3368	0.2202	0.7574	-0.9101	0.0316	0.9733	0.3492	-0.4917	-0.3684	-0.0768	-0.0487	-0.037	-0.095	0.028	0.0049	-12.853	60.919	-5.551
4	18.8158	7.0716	15.6811	2.9771	4.6893	36.2432	-0.4394	2.065	-0.2137	-3.4985	1.357	0.9785	2.0028	-1.0363	-0.9175	0.2333	-0.0912	-0.0361	0.2082	0.0057	0.2383	-17.85	59.566	-14.123
5	8.2743	6.9774	1.4251	5.8838	1.2017	0.2454	-1.4013	0.0233	0.628	0.5235	0.9681	1.1734	-0.9824	2.532	0.4332	0.4506	0.131	-0.1284	0.3942	0.1034	0.3693	-21.593	53.008	-0.29
6	28.0818	7.116	-0.7765	10.1811	-0.0257	4.2214	0.0022	0.1476	-0.1987	-0.7818	-0.0575	-0.4309	0.45	-0.1026	0.0553	0.2099	0.0723	0.0845	-0.1263	0.096	-0.0532	-7.182	62.629	-11.692
7	1.9664	0.1133	0.801	5.1659	-3.0063	4.4283	-0.1114	0.0788	0.1693	-0.3796	0.2585	0.2456	0.023	-0.1172	-0.1472	-0.023	-0.0035	-0.0047	-0.0967	-0.0003	-0.0442	-9.445	60.136	-6.118
8	29.5767	-8.3815	-21.6789	53.5434	-5.783	18.6699	0.3327	0.4618	1.168	-1.9015	-0.0432	-0.6835	0.08	1.007	-0.2895	0.097	0.0734	0.0757	-0.0139	0.0659	-0.0693	0.328	56.746	-7.23
9	9.0963	2.2892	-2.9991	4.0161	-1.011	22.6548	-0.2543	0.1237	0.1778	0.2026	-0.9464	-0.9157	0.8807	0.5064	1.2007	0.0304	-0.0373	0.0521	0.0226	-0.0419	0.1773	5.341	51.824	3.392
10	5.6675	1.4587	5.6884	5.4243	3.426	31.0666	1.259	0.1676	0.5187	-0.6331	-0.3236	-0.9397	1.7197	2.851	-0.9355	0.138	0.1308	0.1058	0.1624	-0.0641	0.1132	4.005	48.217	-1.339
11	2.8128	1.2773	-6.5332	9.1453	-10.112	22.2765	-0.0799	-0.0919	-0.0515	-0.4694	-0.4419	-0.26	0.3864	0.4494	0.5218	-0.0423	0.0101	-0.0171	-0.13	-0.0251	-0.0932	-3.644	42.192	5.536
12	1.5266	-0.7585	3.9184	30.3031	-17.0948	17.7253	0.2411	-0.1129	-0.0077	-0.4911	0.22	0.0161	0.728	-0.4415	-0.4611	-0.1529	-0.0109	0.0555	-0.1106	0.0083	-0.0389	-7.472	38.509	12.601
13	7.4168	0.1249	-3.1483	5.404	-3.9509	5.8736	0.1459	0.1847	-0.4776	0.3082	-0.0061	0.616	-0.0603	-0.3069	-0.1398	-0.0559	0.0232	0.0067	-0.1514	0.0112	-0.0424	-10.712	48.868	11.424
14	7.0267	-2.6908	0.3535	22.2654	-10.0186	30.6535	-0.4125	-1.1297	-0.2929	3.4021	0.8892	0.8258	-2.7394	-1.1876	-0.4767	0.1726	0.0656	0.1242	0.347	0.0446	0.1659	-17.938	49.7	20.096
15	8.8896	-3.8803	2.1778	8.7171	-3.6272	1.5536	0.2715	-0.3715	0.1092	0.7085	-0.0214	0.6195	-0.2601	-0.4837	-0.2501	0.2098	0.0461	0.103	0.0735	0.0694	0.0302	-15.262	49.625	18.003
16	8.1279	-3.451	4.3257	5.8664	-4.7613	10.661	-0.0578	-0.3872	-0.6434	0.2131	0.2276	-0.2136	-0.3572	0.1649	-0.1698	0.0373	-0.0877	0.0262	-0.2002	-0.0045	0.0284	-5.893	45.466	16.506
17	0.45	-0.1383	-1.5323	6.4949	1.4881	5.3782	-0.2056	0.0879	-0.0295	0.2521	0.0561	0.2882	-0.1117	-0.0033	0.1494	-0.0518	-0.0445	-0.0554	-0.098	0.035	-0.0877	-6.648	50.192	11.305
18	2.3652	1.5057	-5.4722	10.6847	-4.6932	16.5974	-0.077	-0.0533	-0.1695	-0.3162	-0.5119	-0.8972	0.2182	0.703	0.5888	-0.0473	0.0472	-0.0904	0.1303	-0.0137	0.1022	4.474	54.684	7.998

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 6	1 - 6
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	7 - 14	7 - 14
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	28 - 36	28 - 36
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	37 - 47	37 - 47
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	48 - 55	48 - 55
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	56 - 69	56 - 69
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	70 - 88	70 - 88
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	89 - 93	89 - 93
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	A	94 - 99	94 - 99
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	B	1 - 6	1 - 6
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	B	7 - 14	7 - 14
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	B	15 - 23	15 - 23
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	B	24 - 36	24 - 36
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	B	37 - 50	37 - 50
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	B	51 - 64	51 - 64
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	B	65 - 80	65 - 80
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	B	81 - 91	81 - 91
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	B	92 - 99	92 - 99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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