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万見
- PDB-2q61: Crystal Structure of PPARgamma ligand binding domain bound to par... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2q61
タイトルCrystal Structure of PPARgamma ligand binding domain bound to partial agonist SR145
要素Peroxisome Proliferator-Activated Receptor gamma
キーワードLigand binding protein / Protein-ligand complex
機能・相同性
機能・相同性情報


prostaglandin receptor activity / : / negative regulation of receptor signaling pathway via STAT / MECP2 regulates transcription factors / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / negative regulation of extracellular matrix assembly / negative regulation of connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / positive regulation of cholesterol transport / negative regulation of cellular response to transforming growth factor beta stimulus / arachidonate binding ...prostaglandin receptor activity / : / negative regulation of receptor signaling pathway via STAT / MECP2 regulates transcription factors / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / negative regulation of extracellular matrix assembly / negative regulation of connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / positive regulation of cholesterol transport / negative regulation of cellular response to transforming growth factor beta stimulus / arachidonate binding / positive regulation of adiponectin secretion / DNA binding domain binding / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / lipoprotein transport / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / WW domain binding / positive regulation of fatty acid metabolic process / STAT family protein binding / response to lipid / negative regulation of SMAD protein signal transduction / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / LBD domain binding / negative regulation of cholesterol storage / lipid homeostasis / E-box binding / alpha-actinin binding / R-SMAD binding / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / monocyte differentiation / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / white fat cell differentiation / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / negative regulation of lipid storage / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / positive regulation of cholesterol efflux / negative regulation of BMP signaling pathway / cell fate commitment / negative regulation of osteoblast differentiation / negative regulation of mitochondrial fission / positive regulation of fat cell differentiation / BMP signaling pathway / long-chain fatty acid transport / nuclear retinoid X receptor binding / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / retinoic acid receptor signaling pathway / cell maturation / negative regulation of MAPK cascade / intracellular receptor signaling pathway / hormone-mediated signaling pathway / positive regulation of adipose tissue development / response to nutrient / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / epithelial cell differentiation / regulation of cellular response to insulin stimulus / peptide binding / negative regulation of miRNA transcription / negative regulation of angiogenesis / placenta development / Regulation of PTEN gene transcription / positive regulation of apoptotic signaling pathway / transcription coregulator binding / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / SUMOylation of intracellular receptors / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / mRNA transcription by RNA polymerase II / fatty acid metabolic process / PPARA activates gene expression / regulation of circadian rhythm / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Nuclear Receptor transcription pathway / lipid metabolic process / positive regulation of miRNA transcription / regulation of blood pressure / negative regulation of inflammatory response / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II transcription regulator complex / cellular response to insulin stimulus / nuclear receptor activity / rhythmic process / glucose homeostasis / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / cellular response to hypoxia / DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / nucleic acid binding / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / receptor complex / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of gene expression / innate immune response / negative regulation of DNA-templated transcription / intracellular membrane-bounded organelle / chromatin binding / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II
類似検索 - 分子機能
Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma, N-terminal / PPAR gamma N-terminal region / Peroxisome proliferator-activated receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type ...Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma, N-terminal / PPAR gamma N-terminal region / Peroxisome proliferator-activated receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-SF1 / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.197 Å
データ登録者Bruning, J.B. / Nettles, K.W.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2007
タイトル: Partial Agonists Activate PPARgamma Using a Helix 12 Independent Mechanism
著者: Bruning, J.B. / Chalmers, M.J. / Prasad, S. / Busby, S.A. / Kamenecka, T.M. / He, Y. / Nettles, K.W. / Griffin, P.R.
履歴
登録2007年6月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxisome Proliferator-Activated Receptor gamma
B: Peroxisome Proliferator-Activated Receptor gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,3784
ポリマ－62,5912
非ポリマー7882
水2,810156
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)90.131, 62.390, 117.930
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.980, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Peroxisome Proliferator-Activated Receptor gamma / PPAR-gamma


分子量: 31295.314 Da / 分子数: 2 / 断片: Ligand binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPARG, NR1C3 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Rosetta / 参照: UniProt: P37231
#2: 化合物 ChemComp-SF1 / 1-BENZYL-5-CHLORO-3-(PHENYLTHIO)-1H-INDOLE-2-CARBOXYLIC ACID / SR145


分子量: 393.886 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H16ClNO2S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.68 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 1.4M sodium citrate, 0.125M Tris 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.197→20 Å / Num. all: 32718 / Num. obs: 32718 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 33.01 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rsym value: 0.066 / Χ2: 1.189 / Net I/σ(I): 30.2
反射 シェル解像度: 2.197→2.28 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 0.047 / Num. unique all: 3251 / Rsym value: 0.42 / Χ2: 1.379 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry 1KNU

1knu


解像度: 2.197→9.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 10.152 / SU ML: 0.133 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.243 / ESU R Free: 0.194 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.229 1650 5.1 %RANDOM
Rwork0.188 ---
obs0.19 32379 99.39 %-
all-32379 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å20 Å2-0.1 Å2
2--0.03 Å20 Å2
3----0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.197→9.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4075 0 54 156 4285
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0224308
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3292.0035836
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0575541
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.10724.892186
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.10415815
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.871520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2676
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023171
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2130.22034
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.23001
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.160.2220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1810.284
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1460.29
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6921.52711
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.10324235
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.91731839
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8184.51585
LS精密化 シェル解像度: 2.197→2.251 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 127 -
Rwork0.217 2067 -
obs-2194 96.19 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.84320.5205-1.293.92250.35473.2358-0.09070.1044-0.32120.0455-0.0720.201-0.1081-0.39650.16280.0306-0.0055-0.02910.0701-0.03280.1324-1.37347.605617.8312
21.69390.2985-1.030.71410.06453.24150.05620.12470.1755-0.09570.1141-0.0244-0.67830.2416-0.17030.153-0.0915-0.01420.0641-0.03440.077515.22220.04056.3972
32.08660.4648-1.54970.5865-0.70124.25560.0048-0.1054-0.0857-0.0161-0.0355-0.1253-0.32680.31410.03070.0789-0.0408-0.03830.0506-0.03170.114915.477514.102216.687
42.0579-0.11350.07510.6614-0.22671.3007-0.0537-0.1023-0.25980.01080.0003-0.13070.11610.19050.05340.0502-0.001-0.01790.02670.01730.147614.05583.908121.4466
512.5123-2.28648.407619.4895-10.19289.5786-0.5999-0.63360.946-0.1044-0.61-0.4765-1.63150.19271.20990.2604-0.0718-0.13110.018-0.18450.135321.391724.242624.9234
64.99442.0481-0.25914.28812.28953.80420.2145-0.5713-0.40040.4389-0.27290.0240.77540.06230.05840.1561-0.01430.01860.01490.04810.065122.4221-20.994636.987
713.74742.1908-4.25460.9484-3.691416.4703-0.093-1.3441-1.3152-0.0699-0.7062-0.81350.74090.39580.79920.0766-0.33620.1190.5501-0.08720.283742.1209-7.344852.7307
82.93920.93290.06981.34791.63234.22570.23-0.37860.23080.0203-0.066-0.0182-0.11060.3947-0.1640.0779-0.01790.02990.0911-0.03640.07234.8417-8.662934.6819
92.48950.0413-0.58791.7087-0.14191.85710.0995-0.0550.36230.0564-0.07470.1752-0.0635-0.0056-0.02490.04770.00170.00470.0277-0.01930.116821.0199-7.800329.2697
102.6168-1.238-1.18914.0313.76141.3013-0.18740.26220.8922-0.52480.0583-0.44870.51110.04010.12910.222-0.1251-0.0320.236-0.01090.165348.3778-1.055631.7117
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA209 - 2306 - 27
2X-RAY DIFFRACTION2AA231 - 29928 - 96
3X-RAY DIFFRACTION3AA300 - 36297 - 159
4X-RAY DIFFRACTION4AA363 - 461160 - 258
5X-RAY DIFFRACTION5AA462 - 475259 - 272
6X-RAY DIFFRACTION6BB207 - 2414 - 38
7X-RAY DIFFRACTION7BB244 - 26741 - 64
8X-RAY DIFFRACTION8BB275 - 35972 - 156
9X-RAY DIFFRACTION9BB360 - 452157 - 249
10X-RAY DIFFRACTION10BB453 - 476250 - 273

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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