PDB-2q60: Crystal structure of the ligand binding domain of polyandrocarpa ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2q60

タイトル

Crystal structure of the ligand binding domain of polyandrocarpa misakiensis rxr in tetramer in absence of ligand

要素

Retinoid X receptor

キーワード

TRANSCRIPTION / Nuclear receptor. RXR ligand binding domain / Apo-tetramer

機能・相同性

機能・相同性情報

nuclear steroid receptor activity / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Polyandrocarpa misakiensis (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Borel, F. / De Groot, A. / Juillan-Binard, C. / De Rosny, E. / Laudet, V. / Pebay-Peyroula, E. / Fontecilla-Camps, J.-C. / Ferrer, J.-L.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of the ligand-binding domain of the retinoid X receptor from the ascidian polyandrocarpa misakiensis.
著者: Borel, F. / de Groot, A. / Juillan-Binard, C. / de Rosny, E. / Laudet, V. / Pebay-Peyroula, E. / Fontecilla-Camps, J.C. / Ferrer, J.L.

履歴

登録	2007年6月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年5月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2021年10月20日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2q60.cif.gz	167.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2q60.ent.gz	130.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2q60.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2q60_validation.pdf.gz	470.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2q60_full_validation.pdf.gz	481.5 KB	表示
XML形式データ	2q60_validation.xml.gz	30.4 KB	表示
CIF形式データ	2q60_validation.cif.gz	42.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q6/2q60 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q6/2q60	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1xdkS 1fby 1g1u 1xiu 6hn6 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2xvh-1 5hln-d 4acd-d 4cdf-d 6hns-2 6f30-2 1r0e-d 1jqp-2 3eyb-d 5yf2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Retinoid X receptor

B: Retinoid X receptor

C: Retinoid X receptor

D: Retinoid X receptor

116 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.260, 96.120, 151.720
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

The biological assembly is a tetramer

#1: タンパク質	Retinoid X receptor 分子量: 29067.512 Da / 分子数: 4 / 断片: ligand binding domain / 変異: I247V,L257P / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Polyandrocarpa misakiensis (無脊椎動物) 遺伝子: PmRXR / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q9UAF1
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.29 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1M Pipes. 17% Peg 4K. 15mM Sodium chloride. 1mM n-dodecyl B-D-maltoside, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月1日
放射	モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→48.224 Å / Num. all: 27360 / Num. obs: 27210 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.26 % / B_iso Wilson estimate: 55.294 Å² / R_merge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 18.51
反射シェル	解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 5.22 % / R_merge(I) obs: 0.409 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. measured obs: 13392 / Num. unique all: 2560 / % possible all: 98.6

-
位相決定

Phasing MR

R_factor: 0.553 / Cor.coef. F_o:F_c: 0.384

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3 Å	48.22 Å
Translation	3 Å	48.22 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: RXR part of PDB ENTRY 1XDK

1xdk

解像度: 2.9→48.22 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.892 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.796 / SU B: 46.865 / SU ML: 0.397 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 2.192 / ESU R Free: 0.472 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.325	1361	5 %	RANDOM
R_work	0.269	-	-	-
obs	0.272	27207	100 %	-
all	-	27210	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 59.075 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.9 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	4.66 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.76 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→48.22 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6081	0	0	175	6256

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.021	6209
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	5778
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.003	1.975	8408
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.762	3	13336
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.498	5	788
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.78	23.164	256
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.518	15	1038
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.825	15	46
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.056	0.2	956
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	6887
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1242
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.187	0.2	1782
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.162	0.2	6424
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.168	0.2	3108
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.08	0.2	3528
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.111	0.2	189
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.062	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.106	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.291	1.5	4059
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.02	1.5	1589
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.532	2	6328
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.2	3	2382
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.34	4.5	2080

LS精密化シェル

解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.341	97	-
R_work	0.348	1850	-
obs	-	1947	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.078	-0.5547	4.4507	2.4651	-1.8363	6.8877	0.143	0.6389	-0.3346	-0.0586	-0.3925	-0.6557	-0.1183	0.8738	0.2494	-0.2824	0.1215	0.0153	0.3237	0.0881	-0.0485	57.3954	2.5172	42.8764
2	1.3989	-0.2721	1.0616	0.4268	-0.6273	1.2793	-0.0458	0.1627	-0.0066	0.0001	-0.0555	0.131	-0.1948	0.3696	0.1013	-0.0069	-0.0422	-0.0422	-0.016	0.0247	-0.0059	42.4616	9.9298	38.5384
3	3.1392	-2.0841	1.9097	1.4956	-0.7903	3.1976	0.0528	0.5715	-0.0459	0.8252	0.2471	-0.2778	0.1738	0.0063	-0.2999	0.0138	-0.0033	-0.0087	0.2035	0.0797	-0.2431	29.1221	4.5027	69.7
4	1.2375	0.0333	1.2399	0.0117	0.0037	1.5475	0.0874	-0.5157	-0.0973	-0.0989	-0.0003	0.0034	0.0154	-0.2871	-0.0872	-0.0552	-0.0212	-0.0013	0.089	0.047	-0.0522	25.42	3.316	54.8077
5	0.0418	-0.1047	-0.4281	0.2621	1.072	4.3842	-0.1545	0.1461	-0.1826	0.1003	0.0787	0.0079	-0.3042	0.2402	0.0758	0.0113	-0.0601	-0.034	0.185	0.0083	-0.1561	12.9331	6.9077	-0.3906
6	1.8374	0.2064	1.1989	0.1149	0.3387	1.2364	0.0212	0.3734	-0.0847	0.0994	0.025	-0.0096	0.0096	0.1454	-0.0462	-0.0241	-0.0122	-0.0081	-0.0143	-0.0145	-0.0312	16.7462	4.632	14.4308
7	9.6262	-3.7004	-2.6448	5.548	6.0149	6.7821	-0.197	-0.3464	-0.6369	0.3983	-0.1235	0.9048	0.4234	-1.0916	0.3205	0.0062	-0.0393	-0.0035	0.1249	0.0661	-0.121	-15.3554	1.8401	26.3622
8	2.8716	-0.0264	1.5983	0.2724	-0.0313	0.9613	-0.1031	-0.6184	0.0232	-0.0951	0.0483	-0.0961	-0.2316	-0.5618	0.0548	-0.0571	0.0579	-0.042	0.0506	-0.0079	-0.0108	-0.8451	9.3842	30.5499
9	0.6094	0.1635	0.3562	0.0499	0.0456	0.6216	-0.0082	0.0322	-0.0067	0.054	-0.0182	0.0101	-0.0104	-0.0194	0.0263	-0.0016	0.0334	-0.0301	-0.103	-0.0067	0.0413	21.1366	6.206	33.2952

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	103 - 120
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	145 - 324
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	106 - 121
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	144 - 325
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	105 - 122
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	142 - 326
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	103 - 121
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	146 - 323
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	339 - 387
10	X-RAY DIFFRACTION	9	C	339 - 385
11	X-RAY DIFFRACTION	9	B	339 - 380
12	X-RAY DIFFRACTION	9	D	339 - 375

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