PDB-2q5y: Crystal Structure of the C-terminal domain of hNup98

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2q5y

タイトル

Crystal Structure of the C-terminal domain of hNup98

要素

Nuclear pore complex protein Nup96核膜孔
Nuclear pore complex protein Nup98核膜孔

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / Nup98 /

nucleoporin (ヌクレオポリン) / autoproteolysis

機能・相同性

機能・相同性情報

telomere tethering at nuclear periphery / nuclear pore organization / nuclear pore outer ring /

nuclear pore complex assembly / nuclear pore cytoplasmic filaments / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / Nuclear Pore Complex (NPC) Disassembly / nuclear inclusion body / nuclear pore nuclear basket / Transport of Ribonucleoproteins into the Host Nucleus ...telomere tethering at nuclear periphery / nuclear pore organization / nuclear pore outer ring /

nuclear pore complex assembly / nuclear pore cytoplasmic filaments / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / Nuclear Pore Complex (NPC) Disassembly / nuclear inclusion body / nuclear pore nuclear basket / Transport of Ribonucleoproteins into the Host Nucleus / Regulation of Glucokinase by Glucokinase Regulatory Protein / Defective TPR may confer susceptibility towards thyroid papillary carcinoma (TPC) / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / NS1 Mediated Effects on Host Pathways / SUMOylation of SUMOylation proteins / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / structural constituent of nuclear pore / Rev-mediated nuclear export of HIV RNA / SUMOylation of RNA binding proteins / Nuclear import of Rev protein / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery / RNA export from nucleus / tRNA processing in the nucleus / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / nucleocytoplasmic transport / Viral Messenger RNA Synthesis /

nuclear localization sequence binding / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / Vpr-mediated nuclear import of PICs / SUMOylation of DNA replication proteins /

加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / mRNA transport / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins /

核膜孔 / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / serine-type peptidase activity / SUMOylation of chromatin organization proteins / nuclear periphery / HCMV Late Events / molecular condensate scaffold activity / RHO GTPases Activate Formins / promoter-specific chromatin binding / Transcriptional regulation by small RNAs / ISG15 antiviral mechanism / HCMV Early Events / Separation of Sister Chromatids / protein import into nucleus /

核膜 /

snRNP Assembly /

核膜 /

transcription coactivator activity /

nuclear body /

ribonucleoprotein complex /

mRNA binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses /

タンパク質分解 /

RNA binding /

核質 /

細胞質基質
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Sun, Y. / Guo, H.C.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2008
タイトル: Structural constraints on autoprocessing of the human nucleoporin Nup98.
著者: Sun, Y. / Guo, H.C.

履歴

登録	2007年6月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年10月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年10月18日	Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Advisory / Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb2q5y.ent.gz	55.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2q5y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q5/2q5y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q5/2q5y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

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スライディングクランプ (Sliding Clamps)
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低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
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20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (3)

登録構造単位

A: Nuclear pore complex protein Nup98

B: Nuclear pore complex protein Nup96

C: Nuclear pore complex protein Nup98

D: Nuclear pore complex protein Nup96

36 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Nuclear pore complex protein Nup98

B: Nuclear pore complex protein Nup96

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Nuclear pore complex protein Nup98

D: Nuclear pore complex protein Nup96

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18 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	90.301, 90.301, 97.648
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Nuclear pore complex protein Nup98 / 核膜孔 / Nucleoporin Nup98 / 98 kDa nucleoporin 分子量: 17204.516 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminal domain, residues 729-880 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Truncated 712-870 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NUP98 / プラスミド: pET-21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P52948
#2: タンパク質・ペプチド	Nuclear pore complex protein Nup96 / 核膜孔分子量: 810.873 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 881-887 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence is naturally present in humans / 参照: UniProt: P52948
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.42 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.1 詳細: 0.1M Tris, 0.2M MgAc2, 22% PEG8000, microseeding, pH 8.1, vapor diffusion, hanging drop, temperature 296K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1
3		1
4		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	NSLS	X12C	1	1.1
シンクロトロン	NSLS	X12C	2	0.94793, 0.97788, 0.97834

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 210	1	CCD	2003年10月18日
ADSC QUANTUM 210	2	CCD	2003年10月18日

放射

ID	プロトコル	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	x-ray	1
2	MAD	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.1	1
2	0.94793	1
3	0.97788	1
4	0.97834	1

Reflection

D res high: 3.3 Å / D res low: 100 Å / 冗長度: 2.7 %

ID	Av σ(I) over netI	数	R_merge(I) obs	Χ²	Num. obs	% possible obs
1	9.3	62026	0.106	1.01	7453	98.4
2	9.5	62240	0.106	1.06	7449	98.4
3	8	60639	0.123	1.06	7447	98.3
4	8	60639	0.123	1.06	7447	98.3

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
7.11	100	95.4	1	0.055	1.004	2.6
5.64	7.11	97.5	1	0.091	0.988	2.7
4.93	5.64	98	1	0.085	1.03	2.6
4.48	4.93	98.7	1	0.078	0.983	2.7
4.16	4.48	99.3	1	0.09	1.012	2.7
3.91	4.16	98.7	1	0.119	1.005	2.7
3.72	3.91	99.3	1	0.125	0.997	2.7
3.55	3.72	98.9	1	0.148	0.979	2.7
3.42	3.55	99.1	1	0.185	1.006	2.7
3.3	3.42	99	1	0.231	1.073	2.7
7.11	100	95.3	2	0.059	1.148	2.6
5.64	7.11	97.7	2	0.096	1.172	2.7
4.93	5.64	98.1	2	0.084	1.084	2.6
4.48	4.93	98.7	2	0.078	1.046	2.7
4.16	4.48	99.3	2	0.089	1.029	2.7
3.91	4.16	98.7	2	0.12	1.071	2.7
3.72	3.91	99.3	2	0.122	0.993	2.7
3.55	3.72	98.9	2	0.146	0.998	2.7
3.42	3.55	99.1	2	0.18	1.038	2.7
3.3	3.42	99.2	2	0.225	1.067	2.7
7.11	100	95	3	0.061	1.016	2.6
5.64	7.11	97.5	3	0.108	1.104	2.7
4.93	5.64	98	3	0.097	1.034	2.6
4.48	4.93	98.7	3	0.091	1.023	2.7
4.16	4.48	99.3	3	0.107	1.06	2.7
3.91	4.16	98.7	3	0.144	1.07	2.7
3.72	3.91	99.3	3	0.148	1.037	2.7
3.55	3.72	98.9	3	0.182	1.087	2.7
3.42	3.55	99.1	3	0.215	1.071	2.7
3.3	3.42	98.5	3	0.268	1.077	2.7
7.11	100	95	4	0.061	1.016	2.6
5.64	7.11	97.5	4	0.108	1.104	2.7
4.93	5.64	98	4	0.097	1.034	2.6
4.48	4.93	98.7	4	0.091	1.023	2.7
4.16	4.48	99.3	4	0.107	1.06	2.7
3.91	4.16	98.7	4	0.144	1.07	2.7
3.72	3.91	99.3	4	0.148	1.037	2.7
3.55	3.72	98.9	4	0.182	1.087	2.7
3.42	3.55	99.1	4	0.215	1.071	2.7
3.3	3.42	98.5	4	0.268	1.077	2.7

反射

解像度: 2.3→100 Å / Num. obs: 20739 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.058 / Χ²: 0.989 / Net I/σ(I): 10.1

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.3-2.38	2.7	0.299	2052	0.995	97.6
2.38-2.48	2.7	0.252	2019	1.001	98.6
2.48-2.59	2.7	0.218	2067	0.966	98.8
2.59-2.73	2.7	0.183	2046	0.97	97.5
2.73-2.9	2.7	0.123	2070	0.95	99.5
2.9-3.12	2.7	0.081	2082	0.985	99.3
3.12-3.44	2.7	0.051	2089	1.002	99.1
3.44-3.93	2.6	0.037	2050	0.994	96.1
3.93-4.96	2.7	0.028	2108	0.995	98.9
4.96-100	2.6	0.029	2156	1.037	95.6

-
位相決定

Phasing dm

手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 6975

Phasing dm shell

解像度 (Å)	Delta phi final	FOM	反射
7.93-100	47.4	0.827	509
6.3-7.93	57.7	0.891	508
5.51-6.3	63.3	0.895	511
5-5.51	60.9	0.905	506
4.64-5	66	0.867	515
4.37-4.64	66.7	0.889	508
4.14-4.37	71.1	0.876	513
3.96-4.14	74.6	0.883	515
3.8-3.96	75.3	0.898	511
3.67-3.8	81.9	0.904	506
3.56-3.67	75.5	0.91	503
3.45-3.56	79.7	0.915	512
3.3-3.45	76.8	0.876	858

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
直接法	4.1	位相決定
CNS		精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
CBASS		データ収集
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.3→6 Å / FOM work R set: 0.816 / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.26	1914	9.8 %
R_work	0.228	-	-
obs	-	19412	98.9 %

溶媒の処理

B_sol: 85.148 Å²

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.249 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.546 Å²	-3.576 Å²	0 Å²
2-	-	0.546 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.091 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2439	0	0	89	2528

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.006
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d	1.156

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 38

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection obs
2.3-2.32	0.292	49	0.265	450	499
2.32-2.34	0.307	41	0.255	455	496
2.34-2.36	0.305	45	0.275	470	515
2.36-2.38	0.296	49	0.264	458	507
2.38-2.4	0.263	57	0.245	423	480
2.4-2.43	0.31	54	0.248	470	524
2.43-2.45	0.313	51	0.252	452	503
2.45-2.48	0.282	59	0.271	446	505
2.48-2.5	0.352	62	0.307	462	524
2.5-2.53	0.336	50	0.276	446	496
2.53-2.56	0.233	49	0.232	463	512
2.56-2.59	0.361	54	0.265	441	495
2.59-2.62	0.299	44	0.29	466	510
2.62-2.65	0.398	59	0.283	453	512
2.65-2.69	0.237	48	0.271	436	484
2.69-2.72	0.317	40	0.272	483	523
2.72-2.76	0.306	52	0.259	450	502
2.76-2.8	0.333	43	0.269	482	525
2.8-2.85	0.293	45	0.242	462	507
2.85-2.89	0.34	45	0.268	474	519
2.89-2.94	0.243	47	0.266	458	505
2.94-2.99	0.265	64	0.249	447	511
2.99-3.05	0.34	46	0.25	463	509
3.05-3.11	0.217	57	0.204	468	525
3.11-3.18	0.264	46	0.216	464	510
3.18-3.25	0.225	40	0.215	486	526
3.25-3.33	0.269	42	0.222	474	516
3.33-3.42	0.278	47	0.233	465	512
3.42-3.52	0.24	52	0.229	437	489
3.52-3.63	0.246	61	0.236	459	520
3.63-3.75	0.201	47	0.208	461	508
3.75-3.9	0.299	47	0.207	463	510
3.9-4.07	0.259	51	0.218	451	502
4.07-4.28	0.214	59	0.189	472	531
4.28-4.53	0.231	59	0.182	457	516
4.53-4.86	0.165	48	0.159	481	529
4.86-5.31	0.205	42	0.202	484	526
5.31-6	0.253	63	0.217	466	529

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file
X-RAY DIFFRACTION	1	CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION	2	CNS_TOPPAR:water_rep.param

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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