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- PDB-2q3h: The crystal structure of RhouA in the GDP-bound state. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2q3h
タイトルThe crystal structure of RhouA in the GDP-bound state.
要素Ras homolog gene family, member U
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / GTPase / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


Cdc42 protein signal transduction / regulation of small GTPase mediated signal transduction / podosome / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / establishment or maintenance of cell polarity / Rac protein signal transduction / RHOU GTPase cycle / cytoskeleton organization / guanyl-nucleotide exchange factor activity / cell projection ...Cdc42 protein signal transduction / regulation of small GTPase mediated signal transduction / podosome / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / establishment or maintenance of cell polarity / Rac protein signal transduction / RHOU GTPase cycle / cytoskeleton organization / guanyl-nucleotide exchange factor activity / cell projection / actin filament organization / endocytosis / G1/S transition of mitotic cell cycle / regulation of cell shape / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / endosome membrane / Golgi membrane / focal adhesion / GTPase activity / GTP binding / protein kinase binding / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Small GTPase Rho / small GTPase Rho family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases ...Small GTPase Rho / small GTPase Rho family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Rho-related GTP-binding protein RhoU / :
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.73 Å
データ登録者Gileadi, C. / Yang, X. / Papagrigoriou, E. / Elkins, J. / Zhao, Y. / Bray, J. / Gileadi, O. / Umeano, C. / Ugochukwu, E. / Uppenberg, J. ...Gileadi, C. / Yang, X. / Papagrigoriou, E. / Elkins, J. / Zhao, Y. / Bray, J. / Gileadi, O. / Umeano, C. / Ugochukwu, E. / Uppenberg, J. / Bunkoczi, G. / von Delft, F. / Pike, A.C.W. / Phillips, C. / Savitsky, P. / Fedorov, O. / Edwards, A. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Sundstrom, M. / Doyle, D.A. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of RhouA in the GDP-bound state.
著者: Gileadi, C. / Yang, X. / Papagrigoriou, E. / Elkins, J. / Zhao, Y. / Bray, J. / Gileadi, O. / Umeano, C. / Ugochukwu, E. / Uppenberg, J. / Bunkoczi, G. / von Delft, F. / Pike, A.C.W. / ...著者: Gileadi, C. / Yang, X. / Papagrigoriou, E. / Elkins, J. / Zhao, Y. / Bray, J. / Gileadi, O. / Umeano, C. / Ugochukwu, E. / Uppenberg, J. / Bunkoczi, G. / von Delft, F. / Pike, A.C.W. / Phillips, C. / Savitsky, P. / Fedorov, O. / Edwards, A. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Sundstrom, M. / Doyle, D.A.
履歴
登録2007年5月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ras homolog gene family, member U
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1543
ポリマ－21,6871
非ポリマー4682
水2,234124
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)82.068, 53.600, 54.128
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 118.80, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細the monomer in the asu represents a biological unit

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要素

#1: タンパク質 Ras homolog gene family, member U / Ras-like gene family member U / Wrch-1 / Ryu GTPase / CDC42-like GTPase / Rho GTPase-like protein ...Ras-like gene family member U / Wrch-1 / Ryu GTPase / CDC42-like GTPase / Rho GTPase-like protein ARHU / GTP-binding protein like 1


分子量: 21686.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RHOU / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
株 (発現宿主): BL21(DE3) with with pRARE plasmid encoding rare codon tRNAs,(chloramphenicol-resistant)
参照: UniProt: Q9NPY5, UniProt: Q7L0Q8*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.83 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2M MgCl2; 0.1M TRIS; 25% PEG 3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.03315 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月16日 / 詳細: Si(111)
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03315 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.73→47.46 Å / Num. all: 21616 / Num. obs: 21530 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.033 / Rsym value: 0.049
反射 シェル解像度: 1.73→1.79 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Num. unique all: 2077 / Rsym value: 0.387 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.3.0034精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: homology based model

解像度: 1.73→47.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 4.621 / SU ML: 0.083 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.101 / ESU R Free: 0.104 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22198 1107 5.1 %RANDOM
Rwork0.18276 ---
all0.18276 21616 --
obs0.18474 20423 99.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.051 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.62 Å20 Å2-2.01 Å2
2--1.5 Å20 Å2
3----1.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.73→47.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1276 0 29 124 1429
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0221336
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.02861
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6862.0011828
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.97732131
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4765171
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.69925.30649
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.93415213
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.968155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2224
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021458
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02246
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2280.2280
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1970.2913
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1820.2669
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0870.2682
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1670.2113
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.3350.22
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.5330.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2740.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0820.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.423879
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0453341
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.29951398
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.7528521
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.10611429
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.73→1.775 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 84 -
Rwork0.238 1441 -
obs--97.13 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.2441-4.0615-0.57199.68580.46152.17110.58620.6493-0.16-0.3367-0.55960.5989-0.2604-0.523-0.0266-0.16790.1276-0.0609-0.0132-0.0479-0.10449.0861-3.230314.6322
24.3903-3.4276-0.73494.98590.94442.66070.78730.9580.2871-0.8143-0.83360.1182-0.3171-0.42680.0463-0.04470.19770.01470.00130.0535-0.112214.28950.004110.8588
35.7783-1.6892-1.55866.9632-0.04124.99180.22590.62-0.5824-0.3066-0.2541-0.01710.62670.00640.0282-0.14130.0241-0.0693-0.2069-0.0543-0.118426.5595-18.647617.144
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA49 - 7120 - 42
2X-RAY DIFFRACTION2AA80 - 16351 - 134
3X-RAY DIFFRACTION2AA164 - 184135 - 155
4X-RAY DIFFRACTION3AA185 - 227156 - 198

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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