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- PDB-2q3c: 2.1 A Resolution Crystal Structure of O-Acetylserine Sulfhydrylas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2q3c
タイトル2.1 A Resolution Crystal Structure of O-Acetylserine Sulfhydrylase (OASS) Holoenzyme From MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS in Complex with the Inhibitory Peptide DFSI
要素
  • Cysteine synthase A
  • DFSI inhibitory peptide
キーワードTRANSFERASE / Mycobacterium tuberculosis / Pyridoxal-5'-phosphate / sulphur metabolism / cysteine biosynthesis / SAT / peptide-inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


Cysteine synthesis from O-acetylserine / L-cysteine desulfhydrase activity / cysteine synthase / cysteine biosynthetic process / cysteine synthase activity / cysteine biosynthetic process from serine / pyridoxal phosphate binding / extracellular region / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cysteine synthase CysK / Cysteine synthase / Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase, pyridoxal-phosphate attachment site / Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase P-phosphate attachment site. / : / Rossmann fold - #1100 / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / Rossmann fold ...Cysteine synthase CysK / Cysteine synthase / Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase, pyridoxal-phosphate attachment site / Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase P-phosphate attachment site. / : / Rossmann fold - #1100 / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
O-acetylserine sulfhydrylase / O-acetylserine sulfhydrylase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Schneider, G. / Schnell, R.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Structural Insights into Catalysis and Inhibition of O-Acetylserine Sulfhydrylase from Mycobacterium tuberculosis: CRYSTAL STRUCTURES OF THE ENZYME {alpha}-AMINOACRYLATE INTERMEDIATE ...タイトル: Structural Insights into Catalysis and Inhibition of O-Acetylserine Sulfhydrylase from Mycobacterium tuberculosis: CRYSTAL STRUCTURES OF THE ENZYME {alpha}-AMINOACRYLATE INTERMEDIATE AND AN ENZYME-INHIBITOR COMPLEX.
著者: Schnell, R. / Oehlmann, W. / Singh, M. / Schneider, G.
履歴
登録2007年5月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32014年4月2日Group: Source and taxonomy
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cysteine synthase A
B: DFSI inhibitory peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8953
ポリマ－33,7772
非ポリマー1181
水2,936163
1
A: Cysteine synthase A
B: DFSI inhibitory peptide
ヘテロ分子

A: Cysteine synthase A
B: DFSI inhibitory peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,7896
ポリマ－67,5534
非ポリマー2362
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)72.458, 72.458, 178.936
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
詳細The OASS forms a dimer, the second part of the biological assembly is generated by the two fold axis: -y, x, -z.

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要素

#1: タンパク質 Cysteine synthase A / O-acetylserine sulfhydrylase A / O-acetylserine Thiol / lyase A / CSase A


分子量: 33296.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: Rv2334 / 遺伝子: cysK / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P0A534, UniProt: P9WP55*PLUS, cysteine synthase
#2: タンパク質・ペプチド DFSI inhibitory peptide


分子量: 480.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.96 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1 M HEPES, 80% MPD, 4 mM DFSI-peptide, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月3日
放射モノクロメーター: Diamond(111), Ge(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→59.66 Å / Num. all: 26571 / Num. obs: 26571 / % possible obs: 93.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 31 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.352 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 3941 / % possible all: 96.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
ADSCQuantumデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 2Q3B, Holoenzyme

2q3b


解像度: 2.1→51.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 4.219 / SU ML: 0.108 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.165 / ESU R Free: 0.142 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20747 1341 5.1 %RANDOM
Rwork0.18723 ---
all0.18826 25171 --
obs0.18826 25171 92.28 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.734 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.94 Å20 Å20 Å2
2--1.94 Å20 Å2
3----3.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→51.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2276 0 8 163 2447
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0222331
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0214
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1951.9973173
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg6.9328
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8355306
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.04123.87193
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.73615387
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.6141521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.130.2375
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021749
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1920.21112
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.0930.28
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2990.21617
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0470.25
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.140.2187
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2160.249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1090.211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5871.51558
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.00222441
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.5883853
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8184.5730
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.296 101 -
Rwork0.267 1891 -
obs-3941 95.86 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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