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万見
- PDB-2q33: Crystal structure of all-D monellin at 1.8 A resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2q33
タイトルCrystal structure of all-D monellin at 1.8 A resolution
要素
  • D-MONELLIN CHAIN A
  • D-MONELLIN CHAIN B
キーワードDE NOVO PROTEIN / ALPHA/BETA / ALL-D PROTEIN
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Hung, L.-W. / Kohmura, M. / Ariyoshi, Y. / Kim, S.-H.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1998
タイトル: Structure of an Enantiomeric Protein, D-Monellin at 1.8 A Resolution.
著者: Hung, L.-W. / Kohmura, M. / Ariyoshi, Y. / Kim, S.-H.
履歴
登録2007年5月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2007年11月13日ID: 1N98
改定 1.02007年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / struct_conn / struct_ref_seq
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end
Remark 999SEQUENCE THE L-AMINO VERSION OF THE PROTEINS IN CHAINS A AND B CORRESPOND TO THE SEQUENCES IN UNP ...SEQUENCE THE L-AMINO VERSION OF THE PROTEINS IN CHAINS A AND B CORRESPOND TO THE SEQUENCES IN UNP ENTRIES MONA_DIOCU AND MONB_DIOCU RESPECTIVELY

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-MONELLIN CHAIN A
B: D-MONELLIN CHAIN B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,6922
ポリマ－10,6922
非ポリマー00
水1,47782
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.400, 32.940, 41.110
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.73, 90.00
Int Tables number3
Space group name H-MP121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-127-

HOH

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要素

#1: タンパク質・ペプチド D-MONELLIN CHAIN A / MONELLIN CHAIN I


分子量: 5098.772 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: The enantiomeric protein was chemically synthesized with all D-amino acids. The sequence of the protein is naturally found in Dioscoreophyllum cumminsii.
#2: タンパク質・ペプチド D-MONELLIN CHAIN B / MONELLIN CHAIN II


分子量: 5593.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: The enantiomeric protein was chemically synthesized with all D-amino acids. The sequence of the protein is naturally found in Dioscoreophyllum cumminsii.
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.59 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 20 MM SODIUM PHOSPHATE BUFFER, 28% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 277K, pH 7.20
結晶化
*PLUS
pH: 7.2 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
120 mMsodium phosphate1reservoirpH7.2
228 %PEG80001reservoir
310 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年9月15日 / 詳細: SYNCHROTRON
放射モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→35 Å / Num. obs: 9511 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 13.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 1.8→1.84 Å / % possible all: 70
反射
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 30 Å / Num. obs: 17490 / Rmerge(I) obs: 0.045

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
X-PLOR3.1精密化
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→6 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 735264.36 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: THE PROTEIN WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED WITH ALL D-AMINO ACIDS. THIS STRUCTURE WAS DETERMINED AND REFINED WITH L-AMINO ACID PARAMETERS. THE ACTUAL ASYMMETRIC UNIT SHOULD CONTAIN THE PROTEIN ...詳細: THE PROTEIN WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED WITH ALL D-AMINO ACIDS. THIS STRUCTURE WAS DETERMINED AND REFINED WITH L-AMINO ACID PARAMETERS. THE ACTUAL ASYMMETRIC UNIT SHOULD CONTAIN THE PROTEIN REPRESENTED BY THIS COORDINATE FILE.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.215 919 10.6 %RANDOM
Rwork0.175 ---
obs0.175 8665 87.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 28.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.67 Å20 Å20.89 Å2
2--0.21 Å20 Å2
3---0.46 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.23 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.22 Å0.19 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数754 0 0 82 836
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d25.6
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.991.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it3.272
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it3.482
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it5.292.5
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.03 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 118 10.2 %
Rwork0.243 1040 -
obs--71.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER.PARAMWATER.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 6 Å / Num. reflection all: 18438 / Num. reflection obs: 17490 / Rfactor Rfree: 0.222 / Rfactor Rwork: 0.18
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.61
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg25.6
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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